回到基地之後，隗囂就重新招募聚集兵眾，佔據原來的地盤，依然自稱是西州上將軍。到劉玄失敗以後，三輔的年高德劭者和士大夫都投奔到天水來歸附於隗囂。
建武二年，劉秀的大司徒鄧禹向西攻打赤眉大軍，駐紮在雲陽。
鄧禹的副將馮愔率領本部兵馬反叛鄧禹，逃向西邊的天水。隗囂迎擊，在高平縣打敗了叛將馮愔，繳獲了他的全部輜重。
於是，鄧禹按照皇帝劉秀的命令，派遣使者手持符節，任命隗囂為西州大將軍，可以獨立管理涼州、朔方的政務軍務。
等到赤眉大軍離開長安，打算西上隴地時，隗囂派遣自己的將軍楊廣帶領軍隊迎擊，打敗了赤眉部隊。後來，他又在烏氏、涇陽之間追上並再次打敗了赤眉軍隊。
隗囂已經對漢室有功，又接受了鄧禹的封爵，所以得以任命自己的心腹將領。那時，出主意的人大多勸隗囂直接與劉秀的漢室京師溝通訊息。
於是，建武三年，隗囂就上書到朝舟，請求內附。劉秀向來知道他的名聲，就以特殊的禮節回報他，稱呼時一定用他的字號，並且用對等國家的禮儀，用非常高的規格慰問和安撫隗囂。
這時陳倉人呂鮪擁兵數萬人，並與公孫述相勾結，侵犯三輔。隗囂再次派兵輔助徵西大將軍馮異攻打他們，呂鮪敗逃，隗囂便派遣使者上書朝舟。
從此以後，劉秀對隗囂的恩德更厚，禮遇更高。
此後，公孫述多次出兵漢中，並派遣使者把大司空扶安王的印綬交給隗囂，希望隗囂歸順自己。
隗囂自認為曾經與公孫述是敵國，感到做他的臣子是很可恥的，便斬了公孫述的來使，並出兵攻打他的軍隊，並且接連打敗公孫述的大軍。
所以，蜀地兵馬不再向北出兵。
建武六年，劉秀終於把函谷關以東的土地全都平定了。
劉秀苦於長時間的戰爭折磨，又因為隗囂已經送自己的兒子作為了內侍，公孫述也已經牢牢佔據了遠方的邊陲。
劉秀便對諸將說道：
“朕長年累月征戰不息，已經對戰爭深惡痛疾。朕暫時就把這兩個人置之度外吧！”
因此，劉秀多次傳書到隴地與蜀地，宣講致禍或得福的道理，希望能夠收復他們歸順。
劉秀認為隗囂是忠厚長者，所以想千方百計把他招來，作為自己的部下。
而且，因為隗囂的門客和掾史中有很多是儒士文人，每次討論政務的上書，當世計程車大夫都爭相諷讀他們的上疏，所以劉秀對隗囂回覆的答辭也特別注意。
可是，後來，劉秀與隗囂交往中，一些不順利的事件的發生，促使局勢發生了偏移。
當隗囂再次派遣自己的親信使者周遊到漢朝舟報訊時，卻發生了一件意外之事，影響了他與漢庭的關係。
周遊先到漢徵西大將軍馮異的營中住宿，不料，周遊卻在漢營中被他的仇家所殺。這件事引起了軒然大波，從此在隗囂心中留下了陰影，甚至使隗囂產生了這是漢朝舟故意所為的感覺。
接著，劉秀派遣衛尉銚期作為自己的使者，帶著珍寶繒帛，前去賞賜給隗囂。
可當銚期到達鄭地時，又遇到了盜賊的黑手，珍寶財物都被賊人盜走了。
聽到自己所賜珍寶丟失一事後，劉秀也非常不快。他慨嘆說道：“諸事這麼不順，難道是我與隗囂的友好關係不能和諧了嗎？為什麼他派來的使者會被別人謀殺了，朕賜給他的財物也會在半路上被盜賊盜光了呢？這難道是天意如此？”
從此，劉秀的心中也是陰雲密佈，難以晴朗。
後來，果然就出現了隗囂與劉秀漢朝舟的對立。而班彪等人的勸說，隗囂也是置若罔聞。
無可奈何之下，班彪只好獨自離開隗囂，前往河西走廊，投奔竇融。
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