劉秀一見馮異，兩位英雄之間就開始惺惺相惜。馮異的氣度，風采與劉秀是那樣的投契，馮異也深深地折服於劉秀的英明睿智。
從那以後，劉秀就給予了馮異極大的信任。馮異歸順後，劉秀當即任命馮異為自己的主簿，苗萌為自己的從事。
從此，馮異就成為劉秀的重要謀士和得力戰將。
馮異是劉秀的第一任主簿（相當於現在的秘書長，主簿是與劉秀等高層接觸最密切的官職）。劉秀當時讓馮異當主簿，就是看中了馮異自身的才能，也表明了劉秀對馮異的信賴，是要把馮異納入劉秀自己的心腹的範圍。
馮異果然沒有辜負劉秀的厚望，在劉秀的諸將中，馮異是總能夠保持頭腦的冷靜與清醒，深得劉秀賞識的人。
在劉秀艱苦創業的過程中，最重要的三步棋全都是在馮異的協助下才得以完成的。
第一步，是馮異告誡劉秀要韜光養晦。
想起那年(王莽地皇四年--西元年)六月，哥哥劉縯被更始帝劉玄殺死，劉秀也被更始帝猜忌。劉秀深知自己的處境險惡，只能暗忍悲痛，強作歡顏。那時，部將朱佑、臧宮等都勸劉秀起兵，殺掉更始帝劉玄。
只有馮異單獨前去安慰劉秀，阻止勸說劉秀：“主公啊，貿然起兵，無異於自取滅亡，萬萬不可如此。今更始帝挾綠林諸將的力量，勢力不可小視。此時貿然起兵，正是掉入他們的陷阱。主公只宜隱忍不發，以待時機。
綠林諸將縱橫暴虐，所至擄掠，百姓失望，無所依戴。今主公不如奉命去專命一方，那正是施行恩德，招致民心的良機。
夫有桀紂之亂，乃見湯武之功；百姓久經飢渴，易為充飽。主公只宜急急地分遣部屬，徇行郡縣，理冤結，布惠澤，必定可以收穫民心。”劉秀大是讚賞。
這一席話，不僅使劉秀找到了得以自保的正確道路，而且最終使劉秀能夠發展壯大，自立門戶，建立帝業。
步，是馮異鼓勵劉秀巡行河北，脫離更始帝劉玄的勢力範圍。
其時，更始帝劉玄打算接受堂兄劉賜的建議，幾次都想派劉秀前去巡行河北。但以綠林豪傑為代表的大臣們卻都堅決不同意。
當時，曹竟為左丞相，他的兒子曹詡任尚書，父子貴幸，當朝用事。是馮異勸劉秀跟他們深交結納。劉秀信服，最終依計行事。
由於曹氏父子，堂兄劉賜的力勸，更始帝劉玄才命劉秀持節渡河，鎮撫河北諸郡。
劉秀一到河北，便派馮異和銚期撫巡屬縣。
馮異等能夠深刻地理解劉秀的意圖，所到之處，就平釋囚徒，撫卹鰥寡，逐一瞭解河北的地方官員，暗中考察他們的意願，並把名單上報給劉秀，終使劉秀有了判斷的依據，從而使河北諸郡最終成了劉秀的堅實根據地。
步，是馮異，鄧禹等促成了劉秀順應人心，登極稱帝。
建武元年（西元年），劉秀雖然已經佔有了許多的地盤，將領們也紛紛勸劉秀速登帝位。但劉秀心中沒底，便對馮異講述了自己的夢境，終於讓劉秀拿定主意，遂在柏鄉即位，改元建武。
馮異還是劉秀患難中的摯友，一個值得終身信任的人。
劉秀初到河北之時，河北諸郡縣幾乎已全部落入他人之手。劉秀率領百餘人北上，即遭到劉子輿的通緝，一路奔波，飢寒交迫。
那天，劉秀一行來到河北饒陽蕪蔞亭，天氣寒冷，北風凜冽。是馮異到附近的村子裡乞討，才給劉秀弄來了一碗豆粥，劉秀至今還感覺甘美無比。
當走到滹沱河邊時，忽遇大風暴雨。劉秀只好與部眾一起到河邊的幾間屋子避雨。那時，馮異抱來柴薪，鄧禹生好爐子，讓劉秀對著爐火烘乾被淋溼的衣服。
不一會兒，馮異從房子裡找到了一點麥子和菟肩(一種蔬菜)，給劉秀做了一碗菟肩麥飯。
對於這一段君臣的患難經歷，劉秀一直念念不忘。
登基以後，劉秀還專門給馮異寫信：“朕時時記著將軍當年在蕪萎亭端給朕的豆粥，在滹沱河遞給朕的麥飯。這些深情厚意，朕至今還未報答呢！”
