關於清理楊玄感餘孽，楊廣給專案組的詔令非常明確：從者一個不留，全部誅殺；不從者褒獎。
專案組長樊子蓋年紀較大，屬於上輩老臣。
樊子蓋出生於南朝陳國。祖父樊道則做過越州（廣西合浦）刺史。侯景之亂時，其父樊儒率全家投奔北齊。樊儒做過仁州（安徽宿州）刺史。
樊子蓋在北齊步入仕途，先後做過慎縣令～東汝郡太守～員外散騎常侍。
北周滅北齊、統一北方時，樊子蓋順應大勢投靠北齊，入了周武帝宇文邕法眼，被授儀同三司、郢州（武漢江夏）刺史。
隋文帝時期，樊子蓋任樅陽（安徽銅陵）太守，受揚州總管楊廣管轄，率軍隨楊廣平陳，立下戰功，加從三品上開府，先後擔任辰州、嵩州刺史。後升循州（廣東惠州）總管，鎮守嶺南南部10年，親手繪製嶺南詳細地理圖志。
楊廣即位後，樊子蓋獻嶺南地圖，受到褒獎，授銀青光祿大夫，先後轉任涼州刺史、武威太守。
609年，楊廣西北巡視吐谷渾時，召回樊子蓋，授其右光祿大夫，升右武衛將軍。
612年，民部尚書李子雄失寵，樊子蓋接任民部尚書。
613年，楊廣二次親征高句麗，樊子蓋被賦予重任，擔任首都洛陽留守，輔佐越王楊侗。
歷史評述樊子蓋人生軌跡和特點，用兩個詞：大局觀準確、忠誠殘酷。
大局觀準確是指樊子蓋由南朝～北齊～北周～隋朝，總是踩準歷史步伐。忠誠殘酷則是說他對每一位新主子的指令都無條件執行，且不擇手段。
忠誠殘酷，楊廣選樊子蓋擔任楊玄感叛亂專案組長，就是看中他這點。
至於副組長裴蘊，身為御史大夫（總檢察長），查辦大案要案是他的職責所在，義不容辭。
另外兩人：骨儀，刑部侍郎（公安部副部長）。刑部尚書衛玄在守大興城，骨儀加入專案組是必須的。
鄭善果，大理寺卿（高院院長），專案組怎能少了這個角色。
……
隨著朝廷平叛大軍推進，楊玄感叛軍全部土崩瓦解，被列入專案組名冊的欽犯也一個個被捉拿歸案：
楊玄感委任的三個刺史：唐禕主動脫離叛軍、向樊子蓋投降，得到赦免，回長安城養老。
趙懷義、元務本，與韋福嗣一同被抓，押送東都洛陽問斬。
洛陽城裡投奔叛軍的勳貴子弟們：楊雄之子楊恭道、韓擒虎之子韓世諤、虞世基之子虞柔、來護兒之子來淵、裴蘊之子裴爽、鄭善果之子鄭儼、周羅睺之子周仲。——全部處決，本家抄沒。但不牽連其家族。
也就是說，楊廣暫時放了這些人的家長一馬。
因為牽扯麵太廣了！要是都順藤摸瓜算賬，朝廷可能得關門大吉。
比如，牽涉其中的虞世基、裴蘊是楊廣身邊高階幕僚；來護兒是水師總督、東征暨平叛軍主力將領；鄭善果身為大理寺卿，是清理叛亂專案組主要成員。
……
專案組查清了一件事：楊玄感起事前，要挾黎陽督運使部監軍遊元加入，後者寧死不從、被楊玄感殺害。
皇帝楊廣下詔：
追贈遊元三品銀青光祿大夫；賜縑500匹；錄用其子游仁宗為正四品正議大夫，授弋陽郡副守（六品）實缺。
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