最後經過整編，黑山方面軍設立黑山方面軍總司令部，下轄三個司令部，分別是黑山太空司令部、黑山陸軍司令部、黑山太空陸戰軍司令部。
方面軍總司令由江遠流擔任，總參謀長由江遠流兼任，黎曄和孫程遠任副總參謀長，夏世傑任方面軍名譽總司令，劉雲飛任名譽總參謀長。
原本江遠流有意請夏世傑擔任方面軍總司令、劉雲飛任總參謀長的。
但在徵求夏世傑的意見時，他不同意這個方案，理由是黑山方面軍由江遠流一手建立，他任總司令、劉雲飛任總參謀長難以服眾。
而葉卡捷琳娜和巴爾沙夫等人也反對這個方案，理由是弗拉基米爾家族完全是看在江遠流的面子上才和黑山方面軍合作，如果換一個人任總司令，這種合作不好進行，利益分配上更是不好處理。
於是江遠流最後採用了折中方案。
黑山太空司令部司令由江遠流兼任，總參謀長由黎曄兼任，巴爾沙夫任副總參謀長。
巴爾沙夫等人對黎曄並不瞭解，對她任黑山方面軍副總參謀長和太空司令部總參謀長是不太同意的。
江遠流卻一力堅持，並告訴他們黎曄目前正在混亂星海指揮兩個艦隊作戰，完全有能力勝任這個職務。
由於江遠流的堅持再加上葉卡捷琳娜的勸說，巴爾沙夫等人最終同意了。
黑山陸軍司令部司令由夏世傑擔任，總參謀長由劉雲飛擔任。這個任命沒有疑問，各方面都說得過去。
江遠流的意思是以後陸軍方面都由夏世傑負責，他自己的精力主要放在太空作戰上。
黑山太空陸戰軍司令部司令由江遠流兼任，副司令由嚴正明擔任，不設參謀長。
本來江遠流是準備讓嚴正明直接擔任司令的，但考慮到他的資歷有些淺，軍銜也不夠高，所以自己任了司令，實際上作戰指揮由嚴正明負責。
太空司令部下轄十個整編艦隊和一個訓練基地。
第一艦隊司令巴爾沙夫，第二艦隊司令伊斯塔夫，第三艦隊司令林楠基，第四艦隊司令魏明昌，第五艦隊司令靳煜城。
第六艦隊司令葉戈爾，第七艦隊司令溫鐵如，第八艦隊司令馮偉清，第九艦隊司令杜大海，第十艦隊司令袁正罡，訓練基地司令劉華常。
由於前期繳獲了大量戰艦和解救了大量戰俘，加上近期又有不少打散的太空艦隊官兵偷渡到虎山星系，冰熊軍工這三個多月也生產了一萬多艘戰艦，所以十個艦隊的兵員和戰艦都補充滿了。
淘汰下來的四千多艘戰艦被放到訓練基地，用來進行預備役士兵的訓練。
在各艦隊的戰艦配備和兵員安排上，江遠流還是有所區別的。
第一、二、三、七、十等五個艦隊全部配備冰熊軍工生產的戰艦，兵員也是優先挑選的。
其它五個艦隊則主要配備繳獲的太和戰艦，兵員素質也要差一些。
裝備最好、兵員素質最高的是袁正罡的第十艦隊，戰艦主炮全部是反物質炮，兵員也是從除一、二、三、六艦隊之外的所有艦隊中挑選出來。
這個艦隊將作為江遠流的一支王牌。
另外，除了第十艦隊外，其它所有艦隊都有一個分艦隊的戰艦換裝了反物質炮。
當然，由於伊斯塔夫的第二艦隊、林楠基的第三艦隊和葉戈爾的第六艦隊駐守在虎山星系跳躍點，戰艦和兵員的補充、反物質炮的換裝需要過一段時間才能完成。
為了便於作戰指揮，尤其是在江遠流不在的情況下，太空司令部下面還設立了一個集團艦隊，下轄第一、第二、第六艦隊。
集團艦隊司令由巴爾沙夫擔任，副司令由伊斯塔夫擔任。
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