大明王朝接手南洋府後，一場關乎海外疆土治理的制度設計在此展開。
實際上，在葉夢熊前來上任之前，制度都已經擬定的差不多了。
朝廷以“因地制宜，恩威並施”為原則，迅速構建起一套融合中原官制與地方特色的政治軍事體系。
南洋府下設八縣四州，每處州縣的核心權力中樞均由大明秀才擔綱。
知州、知縣為一州一縣之首，總攬行政、司法、賦稅等要務，皆由吏部選派的大明秀才擔任，確保總督府以及中央政令暢通。
縣衙核心屬官，縣丞，佐理知縣政務，分管糧馬、戶籍等具體事務，亦為大明秀才出身……
主簿，掌管文書、簿籍，協助縣丞處理庶務，同樣由科舉出身的文人擔任……
典史，負責監察獄囚、治安緝捕。
教諭，主管推行漢話教學，儒學教化。
當然，也設定土人官吏，在保留部分傳統治理架構的基礎上，朝廷對塔順國下轄的區域進行了特殊安排，原本官員中威望較高、願歸順大明的首領，可被任命為巡檢、驛丞等職，負責本族內部的事務協調與驛站管理，但需接受州縣主官的節制。
這些官吏的任免需州縣衙們上奏總督府核准，其治所內亦會派駐一名大明秀才擔任“監吏”，既傳達政令，也監督其施政是否符合大明律例。
軍事力量部署，這也是重中之重。
朝廷調五千六百餘名名精銳士卒駐守南洋府，按“上中下”三營編制，分別駐紮於府城及戰略要地。
士兵皆來自大明內地，裝備精良，訓練有素，是維護區域穩定的核心力量。
除此之外，爪窪設立福建水師駐屯地，派駐六千餘名水師官兵。
他們不僅負責沿海防務，還承擔著海上貿易護航、抵禦倭寇及海盜的職責，使南洋府的海陸防禦連為一體。
除了這些正規軍之外，還有本土的塔順國協從軍。
選拔一萬多名塔順國青壯年組成協從軍，成員多為南宋移民後裔，以漢人為主。
這支軍隊按大明軍制編練，裝備由朝廷供給，戰時聽從大明正規軍將領調遣，平時協助維護地方治安，既是對本地力量的整合，也減輕了大明駐軍的防務壓力。
因為在對付荷蘭人的時候，馬六甲區域的漢人海盜們立下了功勞，這次總督府設定，允許他們建造一城居住，但，他們也需給南洋府提供一千多人的壯丁安置在中部地區。
與內地不同，每個縣衙，州衙都設定一千餘人的武裝衙役，擁有常規衙役所不具備的殺傷性武器，如腰刀、弓箭甚至少量火器……
他們的人員構成多從從塔順國中選拔，他們熟悉本地風土人情，便於在官衙處理與土人的衝突時發揮作用……
這支武裝衙役，也可以稱之為防暴武裝隊，直接受知縣指揮，不納入正規軍序列，主要用於應對土人騷亂、鎮壓小規模叛亂，是維護區域穩定的“快速反應力量”……
“以漢治漢”
“以土製土”
這是南洋府的最新政治架構，軍政架構。
中原官制與地方實際相互結合。
大明秀才主導的文官體系確保了治理的正統性與規範性，而土人官吏的設定則安撫了地方勢力，軍事力量的多層部署與防暴隊的存在，更形成了從戰略威懾到基層管控的完整體系。
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