於是林丹汗重整大軍，企圖以呼和浩特城為依託，與皇太極再度決戰。林丹汗的態度很明確，你皇太極很牛逼是不是？那老子就學明人，以堅城呼和浩特為依託，跟你打消耗戰，就算打不贏你，老子耗也耗死你！
就這樣，到崇禎五年八月，雙方再度在呼和浩特城外擺開陣勢對峙，這一次，林丹汗擁兵十萬，皇太極大軍六萬，開始了第二次決戰。
然而蒙古軍剛剛遭逢大敗，又一路逃遁，士氣低落，反觀清軍，以得勝之勢窮追猛打，士氣高昂。
結局毫無疑問，這一戰，林丹汗又敗了。隨後，林丹汗收攏潰軍，據城而守，想要與皇太極打消耗戰。
結果皇太極絲毫不慌，命佟養性拖來了紅衣大炮（原名紅夷大炮，因避諱清朝蠻夷，改名紅衣大炮），對著呼和浩特城就是一頓猛轟。
最終，清軍依託紅衣大炮轟塌了呼和浩特城牆，清軍趁勢攻入城內，大殺特殺。
林丹汗沒想到皇太極這麼陰險，慌亂之中，率領殘部倉皇渡過黃河，逃往鄂爾多斯，與皇太極大軍隔河相望。而林丹汗在呼和浩特城囤積的大量物資給養，則通通便宜了皇太極…
…
崇禎五年八月下旬，林丹汗在鄂爾多斯的成吉思汗陵墓前舉行儀式，並宣稱自己為全蒙古的“林丹巴圖魯汗”，隨後帶領剩餘部眾逃至大草灘（現甘肅天祝藏族自治縣）。
經此一役，林丹汗不但元氣大傷，還在逃跑途中將自己的老婆孩子都丟了個乾淨，當真是狼狽至極。
而皇太極見林丹汗渡黃河遠去也不再追擊，率軍凱旋而歸。在歸途中，皇太極又收攏林丹汗殘部數萬，便將其一併編入蒙古八旗之內。
此戰，清軍軍勢大盛，實力也攀升了一大截。皇太極再度控制了蒙古草原大部分地區。而此時，明朝內部正忙於內鬥，朱由檢團隊並未察覺到清軍西征草原的動向…
另一邊，在西渡黃河之後，林丹汗於大草原永固城（今甘肅民樂縣永固鄉駐地一帶）駐紮，但因資源匱乏，糧食所剩無幾，林丹汗殘部陷入巨大危機。
林丹汗部所屬兩翼大總管塔什海見日子實在難熬，便給了林丹汗三個建議：
一，率殘部繼續西遷，遠離東亞這個是非之地；
二，向大明稱臣，歸附大明，尋求庇護；
三，攻打大明邊境，扣關掠奪，以戰養戰，快速恢復。
說完三個建議，塔什海再度向林丹汗說道：
“大汗，如今我部已經到了生死存亡的時刻，手下的軍隊心思浮動。如果您不快速做出決定，後果不堪設想。臣建議您攻打大明，掠奪物資，這樣，我們黃金家族才能快速的恢復生機。”
說完，塔什海便低下頭去，等待著林丹汗的回覆。他已經想好了，若是大汗優柔寡斷，他也將棄大汗而去，投奔女真人…
林丹汗聽完塔什海的建議，一時間陷入了沉思。他擁有野心，西遷是不可能西遷的，這第一項就被他給自動排除了。
再者，林丹汗內心是傾向於大明的，而且之前他也經常在與女真人作戰中，用斬獲的女真人頭向大明換取獎金。
若是現在大明強盛，林丹汗自然會考慮歸附稱臣，但此時大明國力羸弱，自顧不暇，那稱臣自然也是不可能了。
於是，林丹汗一咬牙便選擇了第三個建議。
“塔什海，你是本汗最為看中的人，如今我們處境困難，我會聽從你的建議。你去傳令，今晚我們休整一番，明日開始，咱們就去闖明人的關口，掠奪財富與食物！”
塔什海聞言心中非常高興，自從大汗統御蒙古草原之後，就對他冷落了很多。如今看來，大汗還是很器重他的…
“是，大汗，您做出了英明睿智的選擇，長生天一定會保佑我們的！”
…
