劉義隆任命馮毅為益州刺史後第一時間將益州軍將領換了一茬，除了參與這次謀反的將領抓捕之外，其他一些將領調到荊州軍與檀道濟帶來的豫州軍，之後又從荊州軍提拔一些軍官進入益州軍。
之後又在益州招兵，然後按照荊州軍的待遇重組益州軍，又在益州軍士兵中提拔一些軍官。
然後開始在成都清除薛懷和司馬炆之餘黨。
一時間成都人心惶惶，不過沒有持續多久成都就恢復穩定。
薛軫回到薛家成為家主，並且將薛家中當初支援薛懷的人交給刺史府發落。
又以薛家家主公開表示支援刺史府。
薛軫自幼就討厭世家的利益至上，他有他的志向，自幼喜歡讀書，想要成為治世之臣。
但是他也知道這個時代想要做官沒有世家支援是不行的，本來這次他不想管薛家的事，但是這次薛家到了生死存亡之際，他如果不管薛家也就不存在的，至少他能保住薛家一些人，不過薛家的沒落確實必然的。
處理完薛家的事後，薛軫來到刺史府見劉義隆，“拜見公子。”
“坐吧，薛家的事處理完了？”
“嗯，多謝公子網開一面。”
“以後約束好家人，對了，聽聞薛參軍飽讀詩書，博古通今，不知可否對益州的發展有什麼建議？”
薛軫知道這是劉義隆要重用自己，現在是在考驗自己，隨即說道:“公子，益州地處後方，易守難攻，自古以來有天府之國之稱，且物產豐富，可為大軍提供大量糧草，昔日大秦得巴蜀而國力大增，進而橫掃六國，所以益州之發展至關重要。”
“嗯，那益州該如何發展？”
“公子在荊州之策可以借鑑，巴蜀之地現已用上筒車和曲轅犁，今年當是豐收之年，唯一與荊襄不同的是益州百姓多種桑養蠶，山區一些百姓所種植物可用於染布，況且蜀錦遠近聞名，公子何不以此為生財之道，且現今荊露與香皂在益州也頗受歡迎，何不互通有無。”
劉義隆似乎又發現一個從世家兜裡掏錢的方法，蜀錦，除了那些世家大族誰還能穿得起蜀錦，雖然現在北方戰亂，但是南北商人之間聯絡未斷，尤其拓拔氏建立魏國，黃河大部已屬魏國，相對安定，蜀錦，荊露，香皂必然受魏國上層歡迎，而且從魏國賺錢豈不妙哉。
“蜀錦之事就交由你去辦吧，現在起你就暫代益州長史，待我上奏皇帝正式任命。”
“謝公子。”薛軫十分高興，益州長史，這個算是封疆大吏了，而且現在自己算是三公子的下屬，劉氏早晚取司馬家代之，而且聽聞宋公大力扶植三公子，其定有讓三公子取代太子之意，自己到時候定會成為心腹，那是可就一步登天了。
“薛參軍……哦，薛長史，蜀錦之事可由你薛家商人專門打理，但要記住，我希望出自你薛家的蜀錦定要上乘。”
“公子放心，我會選得力之人去辦此事。”
“這樣，你可以以刺史府名義建紡織坊，由薛家管理，薛家可拿三成收益，如何。”
“公子的意思是集中紡織蜀錦？”
“正是，而且有刺史府做後盾，你薛家只要保證蜀錦的質量。”
薛軫沒想到三公子竟然想到由刺史府出面，這樣紡織坊可就算是刺史府的，其他人哪怕世家都不敢隨便對紡織坊不利，這樣薛家可就好管理多了。
兩人商議完後劉義隆給劉裕寫信，把益州之事，包括髮展益州，益州刺史和長史的人選都告知劉裕，派快馬加急送往建康。
劉義隆又開始對益州各郡縣下手，大力推行荊襄的田地策略，由於薛懷事件牽扯諸多世家，不論是否是自願還是脅迫，劉義隆都沒有手軟，直接全部下獄，這樣不少土地都空出來，這也讓劉義隆又收割一波民心。
之後又將益州官員進行調換，大多都是信得過的，他們到任後直接開始實施劉義隆的政策，各郡世家苦不堪言，眼看土地卻不敢吃下去。
世家也不傻，本來多次戰亂世家勢力就有所下降，現在劉義隆又十分強勢，又有劉裕支援，每次處理世家都是有理有據，其他世家也不敢說什麼，而且人家有聖旨在手，誰敢反抗。
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