劉義隆和徐羨之等人開始商議如何處理世家問題，然後開始實行三省六部。
首先又劉義隆按劉裕旨意，把周義和魏文傑凌遲，由於世家平日名聲不好，這次又刺殺太子，弒君叛亂，百姓不管其他，太子對他們好他們就擁護太子，有人要殺太子這就讓百姓憤怒了，紛紛觀看行刑過程，從頭罵到兩人死為止。
之後劉義隆率禁軍查抄兩家，收繳大量錢財，糧食，地契，世家的財力確實雄厚，而且土地多是良田。
隨後兩家九族近萬餘口在建康等地分批處死，真是天子一怒血流成河。
這些劉義隆沒有去管，都交給下面的人去辦，畢竟他不是弒殺之人。
期間劉義隆還代劉裕到太廟告知列祖列宗，正式將劉義真驅逐族籍。
又派人把他送往荊州，讓人分給他一些土地、錢財，至於王府已經收回，爵位都被罷了，已經成為普通百姓了。
劉義隆特意去給劉義真送行，不是劉義隆聖母，不管怎樣都是兄弟，雖然互有爭鬥，但是劉義隆卻下不了殺手。
“二哥，不管怎樣我們都是兄弟，皇權的爭鬥從來都是血雨腥風，可是我不希望我的手上沾上兄弟的鮮血，到了荊州好好生活吧。”
劉義隆沒有多說什麼，劉義真很平靜，成王敗寇，他的結局已經很不錯了，至少留了一條命。
“三弟，你的性子太柔了，記住對待敵人不能仁慈，作為帝王要殺伐果斷。”
劉義真沒有多說什麼，自從得知世家九族近萬人被殺，他就醒悟了，自己是被野心矇蔽了，要不是他，這些人可能都不會死，又看了看旁邊的劉義符，“大哥真羨慕你。”
劉義符沒多說什麼，拍了拍劉義真的肩膀，“二弟，保重。”
劉義真上了馬車離開了建康。
這時候三人才像真正的兄弟一樣，不過這只是小插曲。
除了兩大世家，還有一些小世家和官員參與密謀，透過傅亮的審訊，大多數都是不知道兩大世傢俱體的計劃，都是屬於脅從，所以除了家族主要成員被髮配之外，其他人都沒受到牽連。
但劉義隆請劉裕下旨，這些獲罪世家三族內的人不允許參加科舉，劉裕想都沒想直接答應了。
至於那些官員，輕則丟官重則發配。
這樣，這次世家之亂就這樣落下帷幕。
接下來劉義隆著手實行三省六部，同時把荊州的王曇首和孔寧子調到建康，由到顏之擔任荊州刺史。
然後與徐羨之等四人商議準備實行三省六部。
當眾人計劃妥當準備呈給劉裕時，宮中內侍傳來訊息，劉裕突然病倒，劉義隆立即進宮。
來到寢殿，看到老爹躺在榻上，來到近前，看到劉裕雙眼無神，頭上白髮比幾日前多了許多，臉色也十分蒼白。
劉裕看了一眼劉義隆，眼中有了些許色彩，抓住劉義隆的手道:“車兒，為父可能挺不了多久了，朝中之事就交給你了。”
這時外面的妃子聽聞開始了哭泣，劉義隆看著老爹這樣心情本來就不好，“哭什麼，皇帝還活著呢。”
這一聲大喝妃子們老實多了，劉義隆把太醫叫到一邊詢問，“我父皇怎麼突然這樣了？”
“殿下，陛下由於傷心過度導致身體虛弱，只要好好靜養很快會恢復的。”
劉義隆這下放心了，看著那幾個妃子和弟弟，道:“各位母妃，皇弟，父皇只是傷心過度，並無大礙，不要外傳，否則別怪本太子無情。”
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