他想告訴她，威脅解除了，他安全了，他很快就能變回原來的樣子了！他想和她分享這份巨大的喜悅和解脫！
然而，就在他即將按下撥號鍵的瞬間，他的動作猛地頓住了。
藤井樹那張冰冷而充滿掌控欲的臉，突兀地浮現在他的眼前，如同一盆冰水，瞬間澆滅了他所有的熱情和衝動。
組織的威脅解除了，但另一個……更貼近、更 personal 的威脅，卻依然存在，甚至可能因為他的“恢復”而變得更加不可預測和危險。
他緩緩放下手機，眼中的狂喜漸漸被一種複雜的、沉重的情緒所取代。
道路上的障礙清除了，但前方的路，似乎並未因此而變得平坦。
紅方聯合行動的巨大成功，如同摧枯拉朽般摧毀了黑暗組織的核心架構。雖然仍有零星餘黨在逃，但已難成氣候，後續的追捕和清理工作有條不紊地進行著。
對江戶川柯南（工藤新一）而言，最大的好訊息是——阿笠博士和灰原哀（宮野志保）根據從組織實驗室繳獲的部分資料，結合之前的研究，終於成功研製出了APTX-4869的永久性解藥！
當那枚小小的膠囊擺在面前時，工藤新一的手甚至因為激動而有些顫抖。他等待這一刻，實在等了太久太久。
他沒有絲毫猶豫，立刻服下了解藥。
熟悉的、彷彿每一個細胞都在燃燒撕裂的劇痛再次襲來，但這一次，伴隨著痛苦的是巨大的希望和狂喜。當他從難以忍受的痛楚中醒來，看著鏡子裡那張熟悉又有些陌生的、屬於17歲工藤新一的臉龐時，他幾乎喜極而泣。
他終於……回來了！
然而，恢復身份帶來的不僅僅是喜悅，還有一系列必須面對的、甜蜜又苦澀的告別。
他不能再以“江戶川柯南”的身份存在了。這個身份已經完成了它的使命，也必須有一個合理的結局。
他找到了小蘭和毛利小五郎。看著小蘭關切地詢問“柯南”去哪了的眼神，他的心中充滿了愧疚和不捨。他編造了一個早已準備好的、無懈可擊的理由——遠在美國的父母終於處理完了棘手的工作，決定接他回去一起生活，並且因為工作性質，可能需要長期定居，聯絡也會變得很不方便。
“這麼突然嗎？”小蘭的眼眶瞬間就紅了，蹲下身緊緊抱住他（工藤新一不得不繼續扮演著柯南），“雖然很捨不得，但是……能和爸爸媽媽在一起生活，對柯南來說是最好的事情了。一定要照顧好自己，記得給我們打電話啊！”
她的善良和溫柔讓工藤新一的心像是被針扎一樣疼。他只能用力地回抱她，將那份不捨和歉意深深埋藏在心底：“嗯！我會的！小蘭姐姐也要照顧好自己！謝謝你和叔叔這麼久以來的照顧！”
毛利小五郎雖然嘴上嘟囔著“麻煩的小鬼總算走了”，但眼神中也流露出了一絲不易察覺的落寞和不習慣。
隨後，是與少年偵探團的孩子們告別。步美哭得稀里嘩啦，光彥和元太也強忍著眼淚，一遍遍地問著他什麼時候回來。工藤新一（以柯南的身份）耐心地安慰著他們，心中充滿了對這些單純夥伴的感激和懷念。
最後，他深深地看了一眼生活了許久的毛利偵探事務所和阿笠博士的家，這裡承載了他作為柯南的太多記憶和情感。
儘管有萬般不捨，但對恢復本來身份、迴歸正常生活的渴望，以及對未來（尤其是對某個人的）期待，最終壓倒了一切離愁別緒。
告別儀式結束後，工藤新一在阿笠博士和灰原哀的幫助下，徹底抹去了“江戶川柯南”存在過的痕跡。從此，這個世界上，只有工藤新一。
站在熟悉的街道上，感受著久違的、以原本身高視角看到的世界，呼吸著自由的空氣，工藤新一的心中充滿了新生的激動和對未來的無限憧憬。
結束了……終於都結束了。
我可以……重新開始了。
他拿出手機，第一個想要撥通的號碼，依然是星奈靈夕。他迫不及待地想要告訴她一切，想要以工藤新一的身份，正式地、毫無隱瞞地站在她的面前。
然而，就在他準備按下撥號鍵的那一刻，他的動作再次遲疑了。
他想起了藤井樹，想起了那個男人冰冷的警告和可怕的佔有慾。組織的威脅消失了，但藤井樹的威脅卻依然存在，甚至可能因為他的“歸來”而升級。
。機手了起收緩緩，氣口一吸深他
。樣麼怎得過底到……在現夕靈，楚清弄先要需我。些一慎謹更須必，己自誡告他 ……急能不還
。戰挑的正真來下接他是才，山大的”樹井藤“為名座那的間之夕靈與他在亙橫決解和對面何如，步一第是只份復恢
