馬尼拉總督達戈麥斯強徵二百五十名華人漿手，但是西班牙人把華人當成奴隸使用，苦役他們，動不動加以鞭打或刺殺，《敬和堂集》記載，“番酋（指戈麥斯）暴虐，要我商人日夜撐架，不勝苦楚。及至撐架不齊，即將鄭玉廷一槍戮死，又將一人串起桅頭，亂箭射死，高肖等一十三人跳水淹死......”由於船上的華人槳手被西班牙人肆意屠殺，不堪折磨的華人密謀曰“叛死，棰死，等死耳，否亦且戰死，曷若刺殺此酋以救死？勝則揚帆歸，不勝而見縛，死未晚也。”（見《明史·呂宋傳》）
十月二十五日，以潘和五為首的華人船員決定發動起義。將馬尼拉總督戈麥斯殺死。潘和五等華人僱傭兵因不滿西班牙士兵對他們的暴虐，近百名西班牙士兵也被華人們一同殺死，潘和五帶著二百五十人搶走了西班牙旗艦，分別逃到了越南和中國老家。
西班牙人從此變得不再信任華人，中西雙方的矛盾不斷加深。
後來萬曆皇帝派人到馬尼拉附近尋金，這一行動引起了西班牙人的恐慌，西班牙人在馬尼拉只有一千來人，可是華人在馬尼拉足有三萬人。一旦萬曆皇帝有奪取馬尼拉的想法，西班牙根本無力反抗。
而且由於西班牙人對華人殘暴統治，收取重稅等行為，已經引起華人嚴重不滿。
西班牙人認定如果萬曆皇帝一旦派兵，這些華人必然反叛。
因此西班牙人在中國官員離境後，便立即開始加固城牆，強化馬尼拉城的防禦，並以將要征討南邊的摩洛人為名，高價收購華人切肉刀具以及各種鐵器，打算使華人“無復寸鐵”。
八月的一天，澗內唐人街衝進來大批的西班牙士兵、還有馬尼拉日本人町的倭人武士和邦邦牙土著，以收繳金屬器具為名，大肆洗劫了一些商鋪，殺死了幾名潮州商人。
華人奮起反抗，幾名倭人武士被殺死。
澗內的華人甲必丹（總管）黃康出面安撫眾人，並代表眾華人去向總督陳情；他回來時聲稱總督大人保證合法商人的安全，並要求大家把所有的金屬器具都賣給干係臘人，黃康甚至願意替干係臘人高價收購華人切肉小刀。
黃康本人住在澗內對岸的華人基督徒居住區比農多，是個受洗禮的華人天主教徒。而其他不信教的華人見了西班牙人的舉動，也打聽了西班牙人的計劃，心生懷疑，擔心遭到西班牙人毒手，加上平時受到西班牙人欺壓的華人不在少數，有冤無處申訴，於是一些人開始秘密集會，商討如何自衛。
1603年九月二十六日中午，人心惶惶的馬尼拉城內，一名黑人女奴突然口吐白沫，翻著白眼預言：聖弗朗西斯節當天（天主教紀念方濟各會教派創始人聖弗朗西斯的日子），馬尼拉將發生大火，屍橫滿街。當天這個預言傳遍了馬尼拉城，所有歐洲人都在默默祈禱。
十月三日，聖弗朗西斯節前夕，菲律賓總督阿古納接獲密報，有三百名生理人秘密聚會，密謀舉事，其中多為種菜的華人菜園戶，當即召開作戰會議，下令軍士準備打仗。
在事發前，澗內的中國人本著同胞情分去比農多的華人基督徒居住區，打算聯絡他們，但是華人基督徒並不認為西班牙人會對他們動手，拒絕了澗內華人同胞的好意。
但是，西班牙人進行的第一個屠殺行動就是對著比農多的華人基督徒去的。總督大人還在集結人手時，一夥西班牙士兵帶著土著邦邦牙人僕從衝入比農多的幾處莊園，將300名華人基督徒以檢查戶口的名義集體帶出門，然後把他們趕進馬奎那莊園的農場大棚。接著，西班牙軍官馬奎那上尉開槍射擊，所有計程車兵都向大棚開火，邦邦牙土著則是向內射箭。事先已經佈置了引火物的大棚立即著火，伴隨著火苗和濃煙的，是無數悽慘絕望的哭號。一個尚未冒出火苗的視窗，一名剃著短髮的華人基督徒趴到視窗用西班牙語大叫：“Soy cristiano！”（我是基督徒！）
結果他被西班牙上尉馬奎那抬手一槍打死了，有身手敏捷的華人從視窗跳出來，但沒等落地就被火槍打死，或者被土著的弓箭射中，要不就是被長矛刺死。
上尉馬奎那在昨天晚上子時正式執行了誘殺計劃，他把土兵中的幾十名華人都叫到一間木屋子。然後，反鎖大門，命令其他士兵將木屋堆上柴草，點火一舉清除了部隊中的華人士卒。
上尉馬奎那已經帶人殺死了至少一百多個華人，看到一名明豔的華人少女，他不顧女孩的反抗，發洩著獸慾，少女一直哭著喊：“不要，為什麼？……”
上尉馬奎那獰笑著：“因為你是大明人。”
西班牙士兵們興奮地開著槍，土著熱情地射箭、捅長矛，毫不留情地殺死一切企圖逃離火海的華人基督徒。一名西班牙軍官拎起一小桶火藥，從冒出火焰的視窗中扔了進去。
不管這些華人是否信仰天主教，他們洗不白自己的膚色，作為天生種族主義者的西班牙人並不放心他們。
第二天，被西班牙人集體屠殺的訊息驚呆的華人們開始渡過巴石河，為數有數千，去北面沼澤區的通多避難。很多他加祿婦女緊跟著自己的華人丈夫渡河，懷中抱著的嬰兒也在啼哭不止。通多遠離馬尼拉王城，當時是未開發的沼澤地帶。比農多的另外一部分華人還對西班牙人抱有幻想，沒有離開。
華人渡過巴石河，河面上密密麻麻的都是人。有幾名西班牙軍官騎著高頭大馬，帶著十幾個西班牙士兵出現在河岸，一群邦邦牙弓箭手跟在後面，在接近華人人群后，開始拉弓射箭。西班牙軍官指揮人馬揮劍衝向華人，趕得人們四散奔逃，留下了遍地的死者和傷者。
西班牙人的史料中，記載到：被逼急的華人們拿著竹棒、木棍、石頭、樹枝，在一名大漢帶領下，冒著箭矢和槍彈聚集起來，不斷有人中箭中彈倒地，但華人們堅持衝向西班牙人，河灘一帶聚集了近兩千多華人，幾名邦邦牙土著被華人們反擊得手，有幾人立刻被砸得腦殼崩裂，死的很慘。
騎在馬上的西班牙軍官吃了一驚，趕緊帶著人撤退。邦邦牙弓箭手也跟著轉向，跟在西班牙人身後走了。
