話說大明萬曆年間，終南山中有個劍客，姓燕名赤霞，本是秦地人氏。此人生得虯髯環眼，虎背熊腰，自幼得異人傳授，能飛劍取人首級於百里之外，更兼通曉符籙咒法，專一降妖除魔。因見世間濁氣熏天，遂隱於終南深處結廬而居，終日與青松明月為伴。
這一日，燕赤霞採藥歸來，見山道上橫著三具屍首，皆被剖心挖肝，死狀悽慘。蹲身細察時，但見傷口處黑氣縈繞，顯是妖物所為。正自蹙眉，忽聞林中有啜泣之聲，撥開荒草一看，卻是個十五六歲的樵童縮在石隙間發抖。
燕赤霞聲如洪鐘：“小兒莫怕，可知這是何物作祟？”樵童戰戰兢兢道：“好教道長得知，近日山中出了個黑煞神，專掏人心肝。方才眼見它擄了張秀才往北去了...”燕赤霞掐指一算，勃然怒道：“孽畜安敢！”當即解下背上劍匣，取硃砂畫符三道貼於樵童額前胸後，囑咐道：“你且下山報官，待某前去誅妖。”
言罷縱身而起，但見一道青光掠地，人已躍出十丈開外。循著妖氣追至北山坳，忽見黑風捲地，腥臭撲鼻。有個青面獠牙的怪物正按著個文弱書生，尖爪已將觸及心口。燕赤霞大喝：“妖孽看劍！”劍匣中嗡鳴驟起，一柄秋水也似的長劍破空飛出，直取妖物後心。
那妖物竟十分了得，反手一拍格開劍鋒，發出金鐵交鳴之聲。轉身露出赤紅雙目，桀桀怪笑：“哪來的牛鼻子，敢壞本座好事？”燕赤霞更不答話，左手掐訣右手引劍，但見劍光分化如雨，將妖物罩在當中。鬥得二十回合，妖物漸露敗相，忽地噴出黑煙欲遁。燕赤霞早取銅鏡照定，喝聲：“疾！”鏡中射出白光，黑煙頓時消散，現出原形——竟是隻七尺長的黑毛惡猿。
惡猿伏地哀鳴：“上仙饒命！小畜本在峨眉修行，只因誤食毒果迷了心性...”燕赤霞冷笑：“你腹中尚有三顆人心，也說是毒果麼？”劍光一閃，猿首落地，腔子裡滾出顆赤紅妖丹。燕赤霞嘆道：“可惜百年道行。”遂以真火焚化屍身，超度亡魂。
救下的書生名喚寧採臣，原是赴京趕考的舉子。當下拜謝不已，燕赤霞見他正氣凜然，邀至草廬歇腳。二人烹茶論道，竟十分投契。寧採臣說起此行要經郭北縣，燕赤霞忽道：“巧矣，某正欲往金華府訪友，可同行一程。”
次日途經荒山，忽遇暴雨傾盆。見山腰有古寺一座，匾額上書“蘭若寺”三字。進得殿中，但見蛛網密佈，神像剝落，唯偏殿似有人跡。推門一看，有個白面書生正在榻上讀書，自稱姓夏侯，亦是避雨之人。
夜深雨急，忽聞女子哭泣聲。夏侯書生坐立不安，循聲而出。燕赤霞蹙眉道：“此間妖氣甚重，寧兄切莫妄動。”話音未落，東廂忽傳來夏侯驚叫。二人趕去時，但見夏侯癱軟在地，窗外有個白衣女子飄然而逝。燕赤霞擲出符紙，空中爆起團綠火，傳來淒厲慘呼。
寧採臣顫聲道：“莫非是鬼物？”燕赤霞冷笑：“比鬼更毒——是畫皮妖！”說著掀開夏侯衣襟，心口已現出青黑手印。當即取銀針封住七竅，畫符燒灰灌下。五更時分，夏侯嘔出黑血數升，方才醒轉。
原來昨夜有妙齡女子叩門，自稱被惡人追捕。夏侯見她衣衫盡溼，心生憐惜讓進屋內。不料寬衣時忽見其麵皮脫落，竟是個青面獠牙的惡鬼！燕赤霞嘆道：“畫皮妖最善幻化美人，專掏負心人之心。閣下可是有虧心事？”夏侯面如死灰，良久才道：“三年前曾辜負一青樓女子，致其投繯自盡...”燕赤霞搖頭：“冤孽，此妖必是其怨氣所化。”
天明雨住，三人正要離去，忽聞鐘鼓齊鳴。出殿一看，但見寺中煥然一新，香客如織，哪有半分荒廢模樣？有個老僧迎上前來：“貴客光臨，敝寺蓬蓽生輝。”燕赤霞瞳孔驟縮，暗扯二人衣袖：“閉眼莫看，這是百鬼幻術！”
寧採臣慌忙閉目，再睜眼時仍處破廟之中，哪有什麼香客僧侶？唯見燕赤霞劍指老僧，喝問：“樹妖姥姥何在？”老僧怪笑一聲，身形暴漲，化作三丈高的夜叉，赤發藍膚，手持鋼叉殺來。燕赤霞飛劍迎戰，鬥得飛沙走石。正酣戰時，地底突現巨藤，將寧採臣、夏侯捲入地下。
燕赤霞怒極，咬破舌尖噴血於劍，喝道：“天地無極，乾坤借法！”劍光大盛，斬斷夜叉左臂。妖物哀嚎遁地，燕赤霞跺腳唸咒，地面開裂，現出巨大洞窟。縱身躍入，但見地下別有洞天：虯根盤結如宮殿，處處懸著人皮燈籠。有個陰陽怪氣的聲音笑道：“燕赤霞，老身等你多時了！”
妖窟深處坐著個半男半女的老妖，面若枯樹，發如藤蔓。左右列著無數豔鬼，正是昨夜所見畫皮妖。樹妖尖笑：“這兩個書生好純的陽氣，待老身吸了精氣，必能功力大增！”燕赤霞冷笑：“只怕你無福消受！”劍匣驟開，飛出七十二把金錢劍，佈下天罡伏魔陣。
群鬼撲來，被劍陣絞得粉碎。樹妖怒吼，萬千根鬚破土而出。燕赤霞且戰且退，忽瞥見寧採臣懷中掉出本《孟子》，靈機一動，喝道：“寧兄快誦浩然篇！”寧採臣忙拾書朗朗誦讀。但見字字化作金光，根鬚觸之即燃。樹妖慘叫：“酸儒壞我好事！”燕赤霞趁機擲出軒轅神劍，貫穿妖心。
妖窟崩塌之際，燕赤霞救出二人。回看古寺，已陷地底不復存焉。夏侯經此一劫，決意出家修行。寧採臣則嘆道：“若非燕兄，吾命休矣！”燕赤霞道：“世道紛亂，妖孽橫行。某觀寧兄身懷正氣，他日必為棟樑之材。”
三人行至金華地界，忽見城外貼著海捕文書。寧採臣驚道：“這不是慈航道長麼？”原來有妖人假冒高僧，以祈福為名擄掠童男童女。燕赤霞細看圖形，勃然變色：“哪是什麼慈航，分明是蜈蚣精幻化！”
當下直奔府衙，知府卻嗤之以鼻：“慈航聖僧乃護國法丈，豈容汙衊？”燕赤霞冷笑：“待某取來證見！”夜探慈航禪寺，果見妖氣沖天。殿中供奉的並非佛祖，而是隻三眼六臂的妖神像。地窖裡鎖著百餘童子，皆被妖法迷魂。
正欲解救，忽聞鐘響，忙隱身樑上。但見“慈航”率眾僧入殿，脫下人皮後，竟是丈長蜈蚣精！群妖正要分食童子，燕赤霞怒不可遏，現身高喝：“孽畜受死！”軒轅劍出鞘，斬落兩個妖僧首級。
蜈蚣精現出原形，百足如刀，毒霧噴湧。燕赤霞祭出法寶“日月乾坤鏡”，金光過處毒霧盡散。惡戰至天明，燕赤霞終以血咒引天雷，將蜈蚣精劈得焦黑。不料妖物臨死反撲，毒顎刺入燕赤霞肩頭。
待官兵趕到，寺中只餘滿地蜈蚣屍首。知府伏地請罪，燕赤霞卻毒發昏迷。寧採臣延醫診治，皆搖頭道：“此乃千年妖毒，非藥石能醫。”正當絕望時，有個遊方道人登門，觀其面相驚道：“可是終南劍俠燕赤霞？貧道師祖曾受他大恩！”當即取金針逼毒，又遣藥童往崑崙求取雪蓮。
七七四十九日，燕赤霞方醒。見寧採臣衣不解帶在旁照料，嘆道：“某縱橫半生，未嘗欠人情誼。今蒙寧兄再造之恩，當以薄技相報。”遂傳其護身咒法，贈辟邪符三卷。寧採臣泣別赴考，後來果然高中進士，官至禮部侍郎，一生正氣凜然，此是後話。
燕赤霞養好傷後，繼續雲遊四方。這日行至山西地界，見某村戶戶掛白，悲聲不絕。問之，方知有蛇妖作祟，每月要獻童女一人。今當祭期，村人正欲將族長之女投入深潭。
燕赤霞至潭邊觀瞧，但見黑水翻湧，妖氣彌空。對村民道：“某願代女童入水誅妖。”眾人將信將疑，見他氣勢非凡，只得應允。燕赤霞負劍躍入寒潭，直下百丈，果見水晶宮殿。有個白面書生迎出，笑道：“本王乃涇河龍君，道長何故犯我境界？”
燕赤霞冷笑：“區區蛇妖也敢妄稱龍君？”揮劍便斬。妖王現出原形，竟是條獨角巨蟒。激鬥間忽有巡天夜經過，見狀驚道：“此妖乃天庭逃犯，有勞道長擒拿！”遂借雷部正神相助，佈下九霄神雷陣。霹靂聲聲，妖蟒伏誅。
村民感念恩德，欲立長生牌位。燕赤霞婉拒道：“斬妖除魔乃份內事。”連夜飄然而去。行至華山腳下，忽聞幽咽簫聲。循聲覓去，見個青衣女子對月吹簫，身旁躺著個黃衣書生，已然氣絕。
女子泣道：“奴本洞庭龍女，因違天規被貶凡間。與書生柳毅相戀，觸怒涇河龍王，遣夜叉害他性命...”燕赤霞查驗屍身，搖頭道：“魂魄未散，尚有救法。”遂設招魂陣，以還陽符聚魂。五更時分，書生果然轉醒。
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