看到小智走了出來，正在打掃衛生的山本走上前來詢問著：“小智君，博士的講課結束了是嗎？”
“大概還沒有吧，因為我是被攆出來罰站的。嘿嘿！”小智有些不好意思地撓了撓後腦勺說道。
山本彎腰道歉著：“實在是對不起，本來你們只是來觀光的。卻被博士單方面地拽過來聽課了。不過還請見諒，畢竟博士是真的熱愛考古，才會做出這些事。”
“我也看得出來啊，有這種品質的人才是令人敬佩的。”小智笑著說道，“不過罰站，還是算了吧。我可不想承受被同學們目光包圍的羞恥。”
話剛說完，一個身穿黑袍的黑影，從旁邊走過。光天化日之下，居然穿成這樣，很難不引起兩人的注意。可當兩人扭頭看去時，黑袍人突然加速，消失在兩人的視線中。
“那是······”
“喂，給我站住！”山本衝出研究所想要追上去，但已經看不到任何人影了。這個時候，穿成這樣，進到遺蹟中，怎麼看也不像是來觀光的。
正這麼想著，小智穿過山本，朝著一個方向跑去。似乎還跟著一隻皮卡丘。“誒，小智君。你要去哪？”
“啊？我，我也不知道啊！”小智留下這麼一句，也消失在了山本的視線中。山本立即追了上去，直到他追上了小智，才發現小智是在跟著皮卡丘跑的。
“小智，這到底怎麼回事？你為什麼會······”“你為什麼會跟著皮卡丘？”這句話還沒說完，小智就一指前方，“快看！”
山本順著小智指的方向看去，看到那個黑袍人正要進入一間石室。“那傢伙要幹什麼？喂，給我站住。”
黑袍人看到兩人追了上來，立即進入到了石室中。小智和皮卡丘猛然加快速度，隨後跟了上去。而等到山本跑進去時，卻發現石室裡空無一人。
“這······”山本驚訝地說不出話，扭頭觀察著這並不多寬敞的石室，居然一下子“吞”了兩個大活人，還有一隻皮卡丘。“還、還是先回去報告博士吧。”
時間到回到小智追進了石室中後，就看到那個黑袍人用什麼儀器對著牆壁比劃了下，石壁上突然閃耀出奇異的光芒，黑袍人一頭撞上光芒，真的穿過了牆壁，消失不見。
皮卡丘也是毫不猶豫，跳進了光芒中。小智見狀也只好跟上。
進到這“奇異之光”的內部後，看到面前是一處寬大的走廊，走廊兩邊有微弱的火焰，給漆黑的空間中帶來一點光亮。
小智疑惑地問皮卡丘：“皮卡丘，你差不多能告訴我了吧，到底是怎麼回事？那個黑袍人很危險嗎？而這又是哪？”
在研究所時，黑袍人一齣現，皮卡丘就從寶貝球裡跳了出來。小智知道，皮卡丘是不會隨隨便便就自己出來的，除非是有什麼強敵是小智對付不了的。
“皮卡，皮卡皮卡，皮卡——皮卡丘！（嗯，那傢伙確實很危險。奇怪的是，那傢伙身上有著熟悉的能量波動，說明是我們見過的人。但我能感覺到，現在的他異常的危險。至於這裡是什麼地方，我並不知道。）”皮卡丘解釋道。
“危險的人，那我們為什麼還要追上來啊？”小智吐槽道，“要是這是什麼陷阱，我們不就完了嗎！”
“皮卡！”皮卡丘一尾巴打在小智膝蓋上，冷冷地說，“皮卡丘，皮卡丘皮卡，皮卡皮卡？（不盯緊那傢伙，不弄清楚那傢伙的目的，就不怕你身邊的人遭殃嗎？）”
小智立馬明白了，皮卡丘還是擔心黑袍人在遺蹟內的行動，會波及到克麗絲以及寶可夢蛋。看來皮卡丘還是挺關心自己的孩子的。“那這裡真的不是什麼陷阱嗎？”
“皮卡丘。（不知道。）”皮卡丘直接了當地說。小智差點倒地。搞了半天，這傢伙也是熱血上頭，沒想那麼多。
“皮卡，皮卡皮卡。（但我對這個地方散發出的能量波動，有種熟悉的感覺。）”皮卡丘一邊說著，一邊用小手摸了下胸口，似乎在感應著什麼。
皮卡丘微閉雙眼，一手放在胸口，突然猛地一睜眼，說到：“皮卡！（感應到了！）”
“什麼？那個黑袍人嗎？”小智急忙問道。
“皮卡皮，皮卡丘。（沒時間解釋了，跟上。）”皮卡丘用不可置疑地語氣說道。說著，快速地朝一個方向跑去。搞了半天小智還是什麼都沒弄清楚，算了還是跟上吧。
可就在一個轉角時，小智一頭撞到了什麼東西，捂著鼻子叫著：“唔~這什麼啊？怎麼會有人在這裡放障······”
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