“很好小智，我們再跑一圈！”
“呦西，衝啊！”
正如大家所見，小智他們現在還在武鬥島，去凱那市的船票訂是訂好了，但小智買錯航班了，買成明天的船了，所以也是沒事做，小剛就給小智制定了一個訓練計劃。
此時小剛領著小智小勝還有小瑤還有他們的寶可夢在沙灘上跑步，林凱和孩子們在不遠處看他們訓練。
“父親，你說我們隊里人收服的寶可夢真的正常嗎？”在隊伍後面，仙靈問了林凱一句，“小剛我尋思是岩石系道館館主吧，為啥收服了兩隻水系寶可夢還有一隻蟲系、鋼系的寶可夢？”
“可能是因為小剛他想當培育家，所以就沒那麼多限制了？反正也沒人規定專精某種屬性的訓練家不能抓其他的寶可夢。”小剛這看起來確實有些難繃，但嚴格來說他現在不是尼比道館的訓練家了，所以他想怎麼樣他們也管不著。
“對了，古拉法特他們，還有卡利斯先生，他們又去哪了？”
“不知道，我又管不了他們的日常活動。”
在前面，小智他們正好遇到了來武鬥島實地考察的小田卷博士，於是就跑上前去跟他打招呼。
“你就是小田卷博士嗎？”林凱也上前去打招呼，“你好，在下林凱，目前正在和小智一起旅行。”
“哎呦，你就是林凱啊？！之前就聽說過你了，小智也談到過你，今天也終於是見到了！”小田卷博士也是客套了幾句，然後目光就集中在孩子們身上了，“這些是你的寶可夢，培育的真不錯啊！”
不知為何孩子們看到小田卷博士在看自己後，不禁感到身體發寒，就像大木博士當初說要他們配合他研究一樣。只能說研究員間的共通性，還是挺一致的。
之後小田卷博士提議讓小智他們跟他一起去觀察一下野生寶可夢的生活環境，小智也是覺得這比光訓練有意思，於是就同意了。
與此同時，武鬥島上正發生著一些不尋常的事情，一架紅色的運輸機降落在島上一個無人的地方，又有一艘藍色的潛艇在武鬥島附近的水域浮出水面。
一群身穿紅色制服的人和穿藍色制服的人分別從飛機上、潛艇中出來，似乎是想要尋找什麼東西。
“那些人，看樣子有點兒像火巖隊的啊？”雷明頓他們正好路過，躲在樹叢中看著火巖隊的人搬下一個類似盾構機的機器。
“跟老闆彙報下情況。”歐陽跟其他“人”說，火巖隊是豐緣當地的不法組織，他們來到這裡肯定是帶有目的性的，所以還是通知一下林凱比較好。
“那些人是幹什麼的？跟之前的那個什麼水艦隊的長的好像啊。”而在海邊散步的卡利斯看到水艦隊的人正在潛入水底，一股不好的預感湧上心頭，“得通知一下林先生才行。”
“嗯？雷明頓和卡利斯怎麼都給我打電話了？”而林凱接到二人的電話時一頭霧水的，他在分別接通二人的電話後，得知了發生的事情，“這一天天的，真是……孩子們，先跟我走一趟。”
與此同時，小智他們在一個山洞裡發現了一個不是那麼隱蔽的秘密基地，然後就被這個秘密基地的主人，一個小孩給趕出去了。
“怎麼這樣啊？動不動就趕人走。”
“好了小智，也是我們私自闖進去的，還是先走吧。”
“好吧，嗯，先生又跑哪去了？”小智發完牢騷後，發現林凱又不見了，“算了，先生可能是回去了，咱們還是繼續去考察吧！”
在小智他們走了沒多久，一直跟著他們的火箭隊就趁虛而入，搶了那個小孩的秘密基地，還把他的土居忍士給抓了。
“奇怪了，火巖隊和水艦隊的人怎麼跑這兒來了？”在和古拉法特他們匯合後，林凱他們一路跟隨火巖隊成員來到了剛才的那個山洞，而卡利斯則在追蹤著水艦隊並和林凱保持著聯絡。
火巖隊領頭的那個拿著一個儀器，在把房間裡的火箭隊三人組趕走後探查了一下，發現他們要找的東西在牆裡面，就叫手下用機器開始挖洞。
“這麼大陣仗，難道固拉多和蓋歐卡搬到武鬥島住了？”林凱聽卡利斯說水艦隊成員正在透過一個海底隧道，貌似跟火巖隊前進的方向一致。
