軌道追擊編隊全部歸位，三層梯次攔截陣型穩定運轉，星塵號駐守中央指揮空域，被俘兩艘黑暗旗艦封存於隔離空間站等待拆解，整片外層星際空域已無大規模黑暗編隊，但隕石縫隙、大氣層低空、軌道廢棄補給站、地底地層裂隙等處仍散落零散暗能殘渣、重傷傀儡、失靈黑霧機甲，聯盟啟動全域分層肅清行動，軌道機械小隊、地面巖晶分隊、覺醒巡防隊三線同步推進，不留一處暗能隱患，徹底清除先鋒軍團所有殘餘勢力，杜絕微小隱患在虛無主力抵達時演變為致命威脅。
軌道肅清工作由羅格全權統籌，劃分隕石帶、廢棄補給空間站、低空大氣層三大清掃區域，調配兩百臺多功能淨化維修機甲，兩兩一組全域巡防。隕石帶內部殘留自爆艇破碎殘骸，暗能微粒依附碎石持續緩慢釋放反意識波動，機甲搭載微型淨化熔爐，抵達後投放濃縮水晶熔漿，包裹碎石逐層中和暗能，直至監測儀器數值迴歸安全標準，再將無害化隕石碎片收集轉運至軌道廢料處理站；廢棄補給空間站曾被黑霧運輸艇臨時佔據，艙室角落淤積大量暗能殘渣，機甲開啟全域淨化光幕逐層清掃，意識干擾炮消除殘留虛無操控印記，防止空間站內部遺留隱匿訊號發射器，向深空傳遞座標。
低空大氣層交由阿強、李偉的覺醒飛梭小隊負責，上千架小型飛梭分散排布，搭載便攜頻譜監測儀，捕捉微弱暗能波動。部分登陸艙墜落谷地後艙體破損，重傷傀儡躲進巖縫、洞穴深處，失去旗艦能源供給後意識紊亂，無固定進攻目標，僅會靠近活物釋放分解波。李偉帶領意識之刃突擊手率先定位暗能訊號源頭，飛梭懸停洞口，先投放稀釋喚醒藥劑霧靄，大部分傀儡接觸藥劑後恢復神智，自行走出洞穴交由後方安置小隊接管；少數暗能核心紮根體內、無法喚醒的頑固個體，由意識之刃精準擊碎體內暗能脈絡，再用水晶原液淨化軀體，全程優先保全異族生命，遵循聯盟不濫殺準則。
地面深層肅清由莫克、凱恩帶領巖晶戰士執行，此前登陸作戰中部分傀儡鑽入地底岩層裂隙，藉助地層隔絕表層淨化洪流，潛藏在地底能量管線周邊，意圖伺機破壞意識能量輸送通道。凱恩將三千巖晶戰士拆分數十支地底巡防小隊，攜帶地層暗能探測儀，順著地底貫通通道逐段排查，土黃色大地本源滲入岩層縫隙，逼出潛藏傀儡；巖晶禁錮石批次投放，困住逃竄傀儡後，水晶醫療隊員跟進投放濃縮喚醒劑，地底受損能量管線同步由巖工匠融合岩層修補，杜絕後續能量洩漏隱患。核心峽谷、星塵共鳴陣地下夾層列為重點清掃區域，多重巖晶隔離牆臨時搭建，杜絕任何暗能載體靠近能量核心。
水晶文明卡恩長老調配浮空淨化熔爐全天不間斷全域巡遊，大氣層內外迴圈釋放淡青色淨化洪流，清掃遺漏漂浮暗能微粒，填補飛梭、機甲巡防遺漏死角；莉婭雖仍在醫療艙休養，殘留水晶本源透過地底能量管線輸送至各大清掃區域，提升喚醒藥劑中和效率，大幅降低傀儡狂暴機率。跨文明醫療浮空艇緊隨各支肅清小隊，一旦隊員遭遇暗能侵蝕，即刻投放修復原液，即時緩解意識刺痛損傷，保障清掃作業不間斷推進。
陳默帶領機械技術團隊進駐隔離空間站，對兩艘被俘黑暗旗艦展開全面拆解，一邊抽取暗能核心能量樣本，記錄虛無能源運轉邏輯，一邊搜查艦內殘存虛無操作人員，以溫和意識疏導瓦解暗能洗腦印記，多數虛無底層士兵原本只是被掠奪星系的平民，經喚醒劑淨化後主動交代虛無主力編制、旗艦武器引數、意識黑洞發生器相關情報，為聯盟總攻戰術調整提供海量關鍵依據。提取的暗能資料即時同步至機械樞紐生產線，淨化導彈、意識干擾炮快速迭代改良，量產速度再度提升三成。
全域肅清推進至第六個標準星時，所有隕石帶、廢棄空間站、地底裂隙、山谷洞穴暗能訊號盡數清零，監測光屏紅色高危標記全部轉為綠色安全標識。軌道機甲完成廢料轉運，大氣層飛梭小隊回收破損登陸艙殘骸，地底巖晶小隊修復全部受損能量管線，近萬名被俘傀儡、虛無底層人員安置於四大臨時隔離營地，專職疏導員分組開展意識修復，戰後統一規劃送返所屬星系。
蘇曉彙總全域肅清資料，無一處暗能隱患遺漏，先鋒軍團相關探測裝置、通訊發射器、暗能儲存載體全部銷燬或封存，不存在任何向虛無主力傳遞情報的渠道。但監測深空的上千枚浮標傳來持續增強的暗能波動，虛無百萬主力艦隊行進速度加快，距離意識起源星僅剩十標準星時，全域肅清任務完成後，聯盟無需再分兵處理殘餘隱患，所有人力、物資、生產線可全部投入決戰備戰工作。
林澈召開全域指揮層臨時會議，根據拆解旗艦獲取的虛無情報，重新調整三層軌道攔截、多層地面防禦戰術，針對性佈置對抗意識黑洞發生器的重型淨化主炮陣地；莫克下令地面所有巖晶工事完成最終加厚加固，陳默加速武器量產與星塵號二次升級，卡恩推進全域水晶屏障擴容，蘇曉最佳化跨文明意識網路冗餘備份，聯盟全線藉助肅清完畢的平穩視窗期，全力夯實所有防禦、攻擊、後勤體系，靜待虛無之主總攻降臨。
