就在江南的叛亂硝煙漸散，朝廷上下剛剛鬆了口氣，將更多精力投入到內部治理與新政鞏固之際，一股來自西北的凜冽寒流，以猝不及防之勢，狠狠撞向了帝國新築的北疆防線。
準噶爾，這個在明末清初悄然崛起於天山南北的蒙古衛拉特（瓦剌）部落聯盟，在其雄主巴圖爾琿臺吉的統領下，經過二十餘年東征西討，已然統一了漠西蒙古諸部，吞併了葉爾羌汗國，控制了青海和碩特部，勢力東抵哈密，西接哈薩克，北抗沙俄，南窺西藏，建立起一個幅員遼闊、兵強馬壯的游牧汗國。
巴圖爾琿臺吉志在恢復也先、達延汗時代的蒙古榮光，甚至夢想著重現成吉思汗的帝國。
對於南方漢地政權的更迭，他始終冷眼旁觀，甚至暗中欣喜——明清交戰，兩敗俱傷，正是他南下擴張的良機。
此前，因大陳立國未穩，內部叛亂，加之秦玉鳳坐鎮宣大，趙勇經營遼東，孫傳庭扼守河套，北疆防線看似穩固，巴圖爾琿臺吉未敢大舉妄動，只是不斷派出小股騎兵，越過阿爾泰山，在漠北喀爾喀蒙古諸部與河套以西地區進行偵察、襲擾，試探大陳的反應和邊防虛實。
啟明三年秋，當江南叛亂的訊息（被有意誇大）透過商隊和探子傳到遙遠的伊犁河谷準噶爾王庭時，巴圖爾琿臺吉認為時機已到。
他召叢集臣，慷慨陳詞：“南方的漢人皇帝，正在屠殺他們自己的讀書人和富人，國家內亂！
他們的精銳軍隊都被吸引到了南方！
長生天將漠南豐美的草原，賜給了懦弱的漢人，如今又將奪取它的機會，賜給了我們！
我的勇士們，磨亮你們的刀箭，餵飽你們的戰馬，跟隨我，去奪取那陽光下最肥美的牧場，讓漢人的皇帝，在我們的鐵蹄下顫抖吧！”
九月，巴圖爾琿臺吉盡起準噶爾精銳，以其次子、勇猛善戰的僧格為先鋒，長子車臣臺吉掌中軍，鄂齊爾圖（和碩特部）為側翼，並脅迫部分漠北喀爾喀部落出兵助戰，組成了一支號稱十萬、實有六萬餘騎的龐大軍隊，兵分兩路，大舉東侵：
北路，由僧格率領，兩萬五千騎，翻越阿爾泰山，直撲漠北喀爾喀蒙古的腹地。
巴圖爾琿臺吉意圖先以雷霆之勢，壓服或擊潰喀爾喀三部（土謝圖汗、車臣汗、札薩克圖汗），消除側翼隱患，並迫使其提供嚮導、補給，甚至加入聯軍，然後順勢南下，威脅河套、大同。
南路，由巴圖爾琿臺吉親率主力四萬餘騎，避開大陳重兵佈防的嘉峪關—肅州一線，選擇從哈密以東，穿越黑戈壁，迂迴攻擊河西走廊北側的亦集乃（今額濟納）地區，企圖由此突破長城防線，直入寧夏、甘州（張掖），切斷河西走廊，震動關中。
戰報以八百里加急，火速傳至北京。
陳遠在武英殿緊急召見樞密院、兵部及北疆主要將領。
兵部尚書孫傳庭面色凝重，指著巨大的北疆沙盤：“陛下，賊勢浩大，且來勢洶洶。北路僧格，意在喀爾喀。
喀爾喀三部向來首鼠兩端，既畏我朝，又怕準噶爾。
若其迅速潰敗或倒向準噶爾，則漠北盡失，河套、宣大側翼完全暴露，歸化城亦將受到威脅。
南路巴圖爾琿臺吉主力，選擇亦集乃方向，此處長城年久失修，衛所空虛，守軍僅數千，恐難抵擋。
若其突破，則河西危矣，西安震動！”
鎮守寧夏的總兵賀人龍的急報也同時送到，稱已發現大股準噶爾遊騎在亦集乃附近活動，長城多處烽燧被拔，情勢危急。
趙勝怒道：“韃虜安敢如此猖狂！陛下，請給臣精兵十萬，臣願出塞千里，與那巴圖爾決一死戰，提其頭來獻！”
秦玉鳳卻更為冷靜，她仔細檢視沙盤，沉吟道：“朔國公勇氣可嘉。
然準噶爾騎兵來去如風，聚散無常，我軍若倉促以大軍出塞尋其主力決戰，極易被其牽著鼻子走，後勤不濟，反受其制。
且如今江南初定，新政未固，國庫雖有起色，然支撐兩線（內政與大規模遠征）大作戰，力猶有未逮。”
