夜不收出城後，清軍巴布泰、金聲桓、柯永盛等聽聞探馬所報，說流賊全都蜂擁進入吉安城，還有百姓簞食壺漿相迎等等。巴布泰因此深信不疑，馬上催軍大進，第四日到了吉安城下。
巴布泰看到吉安城城門緊閉，全城戒備。對左右笑道:“流賊必定兵力戰力皆不如我，才狼狽逃避入城，妄想嬰城固守。可如今流賊已如甕中之鱉，只要攻下吉安，我大清八旗鐵騎就可大獲全勝，贛北平定。”
金聲桓和柯永盛也認為大順軍應當躲進城內守城了。只是要攻下吉安，他們兩個漢軍將領並沒有那麼樂觀。因為城內兵馬必不少，攻打起來不比贛州輕鬆。
金聲桓問巴布泰道:“固山額真將軍，我們是否等南京的援兵來了後再攻城，彼時前後夾攻，勝算更大。”
巴布泰冷冷一笑，金聲桓心裡想的什麼，他難道不知道嗎？不就是想避戰，不想出力。
“不趁此時流賊立足未穩，加緊進攻，還等流賊和刁民把城池經營得像鐵桶一樣再進攻嗎？我意已決，明日攻城！”
金聲桓碰了一鼻子灰，和柯永盛兩位漢兵將領都無言以對，他們惟有順從，沒有反對的資格。因為漢人在滿人面前，永遠是低人二等，是包衣奴才。
此時，駐守在南京城裡的洪承疇也是焦頭爛額，湖廣和江西的急遞不斷，都在催促要援兵。但是南京城內已經無兵可派。
此月上旬，南京城外有幾股義軍叛亂，秘密勾連城內的義民，準備趁清軍主力被派往浙江和江西，城內兵馬空虛之機，發動叛亂，在這月的初七奪取城門。
可惜義軍舉事不密，被滿清探子偵知。洪承疇提前關閉城門，在城內大肆搜捕，抓出內應一百餘人，更透過審訊招出一批城內城外的義軍義民來。無數的人受牽連，被懷疑而逮捕的人都被押解在南京城門外斬首示眾。洪承疇派出城內的滿漢駐守兵丁，向南京城外義軍 藏身的地方實行圍剿，南京附近的義民叛亂遂被鎮壓。
所以當洪承疇接到巴布泰等人的塘報時，先是大吃一驚，想不到江西的局勢如此惡化，有危及南京的趨勢。一方面痛恨巴布泰、金聲桓等滿漢將領的無能，一面對他們的求援感到無力，南京城內也是危機四起，城內更無兵可派。
惟今之計只有向北京的清廷和攝政王多爾 滾請求援兵，最好是能夠派一員親王那樣的將帥來徹底平定江西和湖廣。
數日後，急遞到了北京。多爾袞看了洪承疇的奏報，也為江南的形勢大發雷霆。深恨一年前勒克德渾的虛假戰報，矇蔽了他，以為南方數省已經徹底平定，不料南明僵而不死，流賊捲土重來，各地叛亂蜂起。
多爾袞召來勒克德渾，深責他虛報戰功，姑息養奸，沒能徹底剿除流賊。本要剝奪他的親王爵位，革職拿辦。但是念及勒克德渾乃叔父代善之孫、奴爾哈赤之曾孫，祖上功高蓋世，且本是血脈一門，不忍痛下狠手。
最後准許其戴罪立功，再度率領一支滿清八旗鐵騎南下，平定江西和湖廣。
從北京到江南，有數千裡之遙，一來一回，非止一月。等勒克德渾率滿清八旗軍到達，已是另一番情景了。
卻說南京城裡的洪承疇手裡無兵可派，自顧不暇。遠在北京的多爾袞也是鞭長莫及，一時間援兵來不及到江南。
但是洪承疇在巴布泰的催促下，還是蒐羅出了五百滿洲兵 ，兩千漢兵。由一個滿清將領，梅勒章京馬喇希統領南下贛北。
巴布泰和金聲桓、柯永盛等清軍兵臨吉安城下，準備攻城。後又得到馬喇希率軍南下增援的訊息，完全放心。意圖兩面夾攻，一舉攻破吉安城。
金聲桓、柯永盛等漢軍將領也為援兵就要到達而更加賣力。清軍四面圍城攻打，豎梯築臺，以楯車先行，用紅夷大炮來輪番轟擊城牆。
吉安城內的義軍一萬多人，在金聲的率領下，早已經加固修復了城牆和敵樓、懸樓等。後又嫌兵力不夠，從義民中徵得三千義軍，一起協力守城。
但是義軍畢竟是四鄉的農民、商販和工人舉義旗而來。他們平時疏於軍事操練，更沒有什麼戰場經驗，和滿漢兵丁相比，直可以算得上是烏合之眾。
幸虧城內軍民心齊，滿清的暴政，剃髮易服等倒行逆施逼得漢民團結起來，一致對敵。清軍動輒屠城的惡名，更打退了許多人投降乞生的想法。
因此攻城雖然已經進行了三日了，吉安城竟還奇蹟般地屹立著。
清軍將領巴布泰和金聲桓、柯永盛等，還以為流賊就在城內，所以也並不急著攻打，對於吉安城三日未下，一點也不感到驚訝。
清軍的十餘門紅夷大炮日日轟擊城牆，每一次轟擊都顯得城牆好像要搖搖欲墜。但是吉安城在數輪轟擊中竟然沒有倒塌 。
吉安府城歷來是江西的軍事必爭之地，又是商業交通的樞紐，經濟也較為發達，明朝數代以來，官府數次修繕城牆，將原來的城牆擴建了兩倍長，更加高加厚、增設敵樓和甕城等。
城牆在外面的厚厚的青磚包裹中，裡面是數丈厚的堅實的夯土。穩固異常，非一般的州府城牆可比。有時紅夷大炮將磚石打掉了一層，露出裡面的夯土來，但是城牆也紋絲不動。
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