康有為在戊戌變法以後逃到了日本，隨後在世界各地流竄。不論到了哪裡，他都會打出“衣帶詔”“光緒密旨”的旗號。到處蠱惑華人華僑，募集資金，美其名曰圖強維新、拯救皇上。八國聯軍攻破了北京城，慈禧被迫“西巡”。
這讓他感覺機會來了，於是想盡辦法遊說日本、美國等政府。結果沒人支援他的政治主張，甚至沒人搭理他。眼見政府層面進展緩慢，他決定在民間搞搞事情。自上而下不行，那就自下而上吧！
康有為的得意弟子、譚嗣同的湖南老鄉唐才長，奉命從日本回國。唐才常回到上海，組織“正氣會”（不久改名“自立會”），對外則以“東文譯社”之名進行活動。接著，唐在上海組織“富有山堂”，作為自立會聯絡會黨的機構，又仿哥老會之法，於沿江各地會黨中廣發“富有票”，僅兩湖就發放了二萬多張。在聯絡會黨的基礎上，唐才常組織了自立軍，全軍分五路，入會者達10餘萬人，自任總司令。
李雲彪正是在這個時候來到濟寧，與王定邊進行軍火貿易。這次起義規模很大，需要的武器裝備也多，哥老會深度介入，積極為起義奔走。
孫文與唐才長私交不錯，唐在起義的準備階段就與孫文透過氣，所以，孫文也從日本前往香港準備起事。
七月上旬，唐才長派遣秦力山秘密到大通活動。立即得到了童年好友、哥老會會員、安徽巡撫署衛隊管帶孫道毅的密助軍械。又透過大通地方哥老會首領符煥章，秦老耀等人發展組織。
大通附近居民踴躍參與。南陵，青陽，裕溪等地會黨，也積極準備，秘密向大通靠攏。還有清軍長江水師駐大通的一營士兵(絕大部分是哥老會員)也願反戈。
十三日，自立軍開始在長江北岸桐城境內聚集。由於發動工作非常的倉促，組織內部成員魚龍混雜，完全沒有保密的意識，結果訊息洩露引起了清廷的察覺。秦力山得知起兵的訊息暴露，決定立即發動起義，並且在大通鎮建立起起義指揮部。
十四日上午，秦力山率自立軍數百人，舉行宰牲祭旗後，打響了進攻大通的第一槍。
清軍駐紮在大通鎮的水師炮船四艘，首先反戈一擊，調轉炮口。大炮對著岸上的督銷局，厘金局就是一頓猛轟。
水師炮營的頭頭是清營參將張華，他是個關係戶，憑藉裙帶關係升上來的。聽說手下的部隊兵變了，嚇得投江自殺。
自立軍隨即又俘獲釐卡炮船八艘。登岸後連續攻下鹽務，厘金、藥械三局和一些庫房及衙門。不久後完全佔領了大通鎮。
十五日，安徽巡撫王之春派出營官邱顯銘帶領武衛楚軍、蕪湖防營管帶李本欽率部前來圍攻大通。
接著，兩江總督劉坤一派龍驤、虎威，策電兵輪三艘與長江水師提督黃少春調江明水師三營，湖標舳板三十隻，分水陸兩路進攻大通鎮。
清軍兵力大增，自立軍兵力不繼，退出大通，向南陵退卻，等待援軍。自立軍與清軍在橫港，楊家山、汀家洲、南陵境內等地激戰，前後共相持七晝夜，終因孤軍奮戰全部殉難。
組織者唐才長被捕入獄。月底時，連同其他被捕的起義人員共十一人，斬首於武昌城內。頭顱被懸掛在漢陽門，以儆效尤。
與此同時，孫文派出了自己的心腹鄭鄭士良、史堅如，前往了廣州、惠州一帶，聯絡會黨、組織起義。原本他是想自己親自前去組織領導，結果船到了香港以後，他被港英政府拒絕入境，只能前往臺灣。
鄭士良等人經過艱難的努力，說服了三合會等綠林社團參與起義。廣州方向也是進展迅速，聯絡了不少幫派勢力。只要孫文從日本購買的軍火到位，起義隨時可以進行。偏偏這時候，軍火出問題了。日本首相伊藤博文發出政令，禁止日本軍火出口。
沒辦法，孫文只得通知兩人，暫時解散隊伍，等機會再集結人員起義。他的指令在廣州順利執行，在惠州因為傳信緩慢出了問題。
原來，因為大量人員的莫名聚集，引起了當地清軍的警覺。
水師提督何長清的部隊約二百人佔領了距義軍集結點三洲田不足八里的沙灣集鎮，派出的輕騎偵察兵甚至到了義軍營地附近。
鄭士良的副將黃福不知道孫文有讓部隊分散的命令，眼見敵人逼近，決定先下手為強，率領八十人的隊伍對沙灣發動了攻擊。惠州起義就此爆發。
義軍雖然人數不多，卻攻勢如虹，把清軍打得落花流水，斃敵四十，俘敵三十，繳獲了他們的槍支和幾箱子彈，還將俘虜們的辮子統統剪掉了。
緊接著，義軍迅速佔領沙灣，得到了從鄰近城鎮來計程車兵補充，然後揮師北上，向離惠州城不到十五英里的鎮隆推進。
儘管許多戰士僅僅裝備了梭鏢，但義軍還是擊潰了一支清軍並佔領了該城，繳槍七百條，算是一次重大勝利了。義軍在博羅和惠州城的支持者也投入了戰鬥，從甘蔗地裡向南援的清軍發動攻擊，並圍困了這兩個城鎮。如惠州城陷落，那通向廣州的門戶就打開了。
因此清軍傾全力防守惠州和博羅。武器彈藥不足的義軍並未戀戰，放棄了向西進攻廣州的計劃，調頭向東北的廈門方向前進。
廈門這裡與臺灣隔海相望，相對容易得到補給。這段時間，孫文積極聯絡日本各界人士，希望能夠得到日本政府的支援，最起碼能夠運送軍火到廈門。可沒能如願，自始至終，日本都沒有提供支援。
遲遲得不到海上補給的義軍，一路上秋毫無犯，只滿足於得到剛好夠用的糧食，以及儘可能多的武器。因此，人民到處都對他們表示友好，還有幾千農民加入了隊伍。
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