啟動資金到位了，後續運作的資金也有了著落。練兵的實際操作也就開始了。
1903年，練兵處在北京正式成立。清廷任命皇族奕匡為總理練兵事務大臣，袁世凱為練兵會辦大臣，滿人鐵良為練兵襄辦大臣。可是，奕匡太老，昏庸無能，關鍵是從沒帶過兵；鐵良年輕，缺乏實際經驗；練兵處的大權自然歸於袁世凱。獨攬大權以後，他開始進行練兵處骨幹班子的建設。
袁世凱能夠任職直隸總督，手下兩萬新建陸軍起了大作用的。小站練兵時，他網羅了一大批人才進入自己的幕府，這裡面既有他的舊友和昔日幕僚，也有天津武備學堂的畢業生和淮軍老將，還有留學生和外國教習。
編練新軍時，他將幕僚安插進練兵處的各個機構。練兵處的三大機構是：軍政司，軍令司，軍學司。每司設正副使各一名。
他推薦徐世昌為總提調，段祺瑞、馮國璋為軍令司正副使，劉永慶、陸嘉穀為軍政司正副使，王士珍、陸建章為軍學司正副使。除了陸嘉穀是袁世凱任山東巡撫時提拔的外，其餘都是他的練兵骨幹。
徐世昌是袁的結拜之交，學識出眾，謹慎機變。劉永慶是袁的同鄉、同學、得力助手，也是袁世凱的表弟。段祺瑞、馮國璋、王士珍人稱“北洋三傑”，再加上陸建章，都是天津武備學堂畢業，理論知識豐富，知道如何訓練一支近代軍隊。
練兵處設定以後，制定了各種編練新軍的制度與標準，後續朝廷編練軍隊，不論是中央還是地方，都加以遵循。後世的國人都知道，當一個行業的標準是某家企業制定的時候，其他企業只能在該企業陰影下生活，想打破規則難如登天。袁世凱也有藉此機構，統領天下兵馬的企圖。
庚子以後，地方上的獨立勢頭已成，僅僅用這個辦法是收不了地方兵權的，況且自家練兵還得地方上支援。於是，袁世凱奏請，在地方上設立督練公所。這是一個省級軍事機構，由練兵處指定督練大臣，本意是收攏地方練兵大權，實際上仍聽命於各督撫。這是袁世凱與地方妥協的產物。
洋務運動開始以後，中國人將武器裝備的更新看做是軍事改革的第一要務，特別是自己製造槍炮彈藥的能力。師夷長技以制夷就是這種思想。
然而，機器製造、武器生產受制於科技、資金、經驗等因素，不可能一蹴而就，經營軍工企業多年，清廷基本上只有一個湖北槍炮廠拿得出手。張之洞曾上奏稱：“鄂廠現有造槍機器，每日出槍50支，機器力量已盡，無可再加，通年出數僅止支，實不足以供數省之用。”可見，中國的軍工廠產量遠遠滿足不了新軍的發展。
自己造的不夠用，那就對外採購！誰的好用買誰的，誰的先進用誰的。從天津小站練兵的時候，袁世凱就大量採購武器。炮兵裝備德國軍火巨頭克虜伯生產的57毫米山炮和75毫米野炮，步兵裝備奧地利造的曼利夏步槍，騎兵裝備曼利夏馬槍和戰刀，軍官裝備六響左輪手槍，均是當時世界最先進的武器。
使用對外採購的武器，和平時期問題不大，如果在戰時，就會遇到重大困境。甲午戰爭的時候，中國軍隊遭遇到了以英國為首列強的武器禁運。後世有人做過統計。
一戰中，要殺死一名敵方士兵，需要多少發子彈？發子彈，如果是炮彈的話，需要30~40發炮彈。中國軍人並不比別國優秀多少，完全能夠借用該資料。
抗日戰爭時期，國軍平均每2000發子彈、12枚炮彈、30枚手榴彈才能擊斃一個日本兵。八路軍的資料好看許多，但是情況特殊，不做對比。
蘇聯軍隊消滅一個德國鬼子，需要耗費30發炮彈、1300發子彈、9枚手榴彈和230公斤的空投炸彈。
美軍與日軍交戰，美軍打死一個日本兵，需要消耗高達3噸的彈藥。大約5萬發子彈才能打死一個日本士兵。
在朝鮮戰場上，志願軍打死一個美國兵，需要4700發子彈；而美軍要打死一個志願軍，需要5萬發子彈。
上面的統計有些可能有水分，但是幾千發子彈打死一個人是正常的。依靠中國年產不到兩萬支槍，連個中等規模的戰爭都打不了。這也是中國對外戰爭經常會有彈藥不足的原因，沒有彈藥就沒有戰鬥力。
還有一點。朝廷對外的武器採購，不同時期的負責人不同，不同部隊的採購渠道也不一樣。這就造成了，中華大地成了萬國武器博覽會。英式的、法式的、德式的、日式的、美式的、奧式的、意式的。不僅武器工藝不同，裝備口徑也不一樣。一支部隊有十幾種槍，請問，怎麼準備彈藥？把75毫米的炮彈用銼刀搓一搓，湊合著用？
袁世凱對此有擔憂，卻無能為力。只是儘量保持北洋新軍採用同樣的裝備。人的能力和精力是有限的，袁大人也不過是一時之人傑，不能求全責備。
裝備上了先進武器，兵員素質又被袁大人關注起來。傳統軍隊向來以低素質著稱，招募的基本是無賴、罪犯、鴉片鬼、遊手好閒之徒。社會瞧不起軍人，但凡有出路，誰也不會想要去參軍。想要練新軍，必須招“新人”。全社會都在呼籲尚武精神，重塑軍人形象，但這些必須建立在實打實的待遇上。簡單而言，軍官的地位不能比文官、士紳低，士兵的生活不能比農民、工人差。
新軍的待遇遠高於舊軍。傳統清軍的主力是八旗兵和綠營兵。
綠營兵主要分馬兵、戰兵、守兵三種，月餉和歲米都遞減。順治元年剛開始定的標準是馬兵月餉1.5兩，戰兵和守兵1兩，月米4鬥，結果執行沒幾年，朝廷就發現“發不起”，只好調整到馬兵2兩、戰兵守兵1兩，月米也從5鬥減到3鬥。
八旗兵的待遇能好點嗎？京營的像前鋒、護軍、領帥這些高級別的，月餉能拿到4兩銀子；馬甲和匠役稍低點，3兩；步甲最慘，只有1.5兩。駐防八旗的待遇就弱了不少，不同地方的標準千差萬別，但是普遍的是每月1~2兩銀子。好在還有歲米補充。在京八旗兵的歲米定額是22石2鬥，步甲稍少，只有10石6鬥。但駐防八旗的歲米卻高得離譜，江南地區的前鋒、領催、馬甲這些兵種甚至能拿到30石。
新軍的普通士兵，月薪在4.5兩，能達到社會的中等水平。而且，士兵有服役期限，常備三年，續備三年，後備四年，生活有盼頭。這樣，軍隊不至於暮氣沉沉。老兵和軍官的待遇更高，一個道員（正四品）僅與管帶（營長）平起平坐，最下級的列兵（下士）也有個“從九品”的頭銜。管帶的年收入為1200兩，每月另有公費140兩，而知府的年收入為1531兩。鎮統（相當於師長）的年收入為4800兩，和一個布政使的年收入（5200兩）差不多。
古代多次的經驗教訓告訴我們，想要國家軍力強盛，就要提高軍人地位。提高地位後的軍人又總是會有別的想法。漢末如此，唐末如此，明末如此。
新軍是清朝的保護者還是終結者呢？
