為了調查神秘寶可夢線索的小智一行人來到了衝島，並與目標相同的阿弘再一次重逢，他們也如願以償的見到了神秘的洛奇亞母子
可是企圖得到洛奇亞母子的火箭隊，卻跑了出來，此次行動目標帶頭的南波博士為了實驗新開發的寶可夢增強機與研究小智體內的奇怪能量，抓走了洛奇亞的孩子小銀與小智
而在火箭隊的海底基地內，洛奇亞和小智被關進了一個巨大的鐵籠中，南波博士正站在外面打量著兩個全新的實驗體
“嘿嘿嘿，你們再怎麼掙扎也是跑不出去的，這個鐵籠可是為你們專門打造的，而且為了防止你這個小鬼頭用那股奇怪的力量把這個籠子打碎，我專門在上面加固了屏障裝置”
就在南波博士正準備開始進行研究時，身後雅瑪多和小三郎忽然到來，站到了他的身後
“南波博士，這個寶可夢就是傳說中的洛奇亞嗎？而且為什麼要把這個小鬼也一起抓過來？”
“嗯，確實沒錯，這個小東西就是洛奇亞的孩子，只要有小的在，大的肯定也在附近，利用它就能把那隻成年體的洛奇亞吸引過來
至於這個小鬼嘛，他體內那股奇怪神秘的力量，如果能研究透徹的話，一定能加強我們火箭隊的整體實力”
“不過南波博士，你揹著坂木大人研究這個小鬼的力量，如果被他知道了，我們一定會很慘的”
說著，南波博士就大笑出聲，雅瑪多和小三郎，也想趁此機會向小智報復一下，之前被真鳥折磨的事情，與此同時，在衝島的岸邊，娜姿和小霞雙眼無神的望著那一望無際的海洋，小剛和阿弘則垂頭喪氣的坐在岩石上
這時出去採購物資的露佳小姐也駕船來到這裡，見到眾人的情況不由好奇的詢問起來
“你們這是怎麼了？”
“小智，還有小銀被火箭隊抓走了”
“我們阻止不了”
就在這時，感知到小銀和小智出事的洛奇亞從海中出現，眼神憤怒的看著周圍的一切，並在空中不斷的旋轉製造出暴風雨，海中的海浪也因此變得洶湧
而在海底基地內，南波博士一邊將從小智手腕上扒下來已經石化的阿爾宙斯手環放到儀器上檢測，一邊操作著困住小智的檢測機開始分析他體內的那股波導之力
“嘿嘿嘿，你體內的那股力量真是神奇呀，只要把它研究透徹，我就可以向坂木大人邀功了”
“你這個可惡的怪老頭，快放我出去！”
然而，就在南波博士忘我的研究著小智體內波導之力情況的同時，一名火箭隊隊員走進實驗室內，彙報其關於探查到洛奇亞的事情
“南波博士，分析結果出來了，現在海面的風力是875點，暴風雨的威力是972點，諾基亞的攻擊力是5532點，而且威力還在持續上升”
“我就知道憤怒是發揮寶可夢實力的最佳途徑，他越是發怒就越能激發他的力量，我的理論是沒有問題的，而且這個小鬼體內的力量很有趣，只要能研究出來，我的理論就可以更上一層樓了，順便把那個石化了手環送到坂木大人手裡”
聽到下屬的彙報，南波博士嘴角咧起了一個惡劣的笑容，繼續壓榨著小智的身體，研究著他體內的波導之力
而此刻，天空中的洛奇亞憤怒的不斷髮射，破壞死光破壞著周遭的一切，小霞也雙眼猩紅的放出了自己的水系寶可夢們潛入水中，尋找著火箭隊他們的海底基地
“暴鯉龍，水精靈，太陽珊瑚，蚊香蛙，海星星，一定要把那個破海底基地給我找出來，我要把它拆了，把小智救出來”
接到命令的寶可夢們在海中不斷地尋找著海底基地的線索，在看到火箭隊三人組所駕駛的鯉魚王潛水艇後，由太陽珊瑚浮上海面，帶領著換好潛水服的幾人一起跟在潛艇後方找到了那處基地
同時，在海面上的洛奇亞雙眼中的憤怒被一股柔和的力量逐漸撫平，慢慢的恢復了平靜
“無能狂怒是找不到小智的，那些傢伙的基地在海里面，娜姿和小霞他們已經過去了，你先靜等訊息”
虛空中響起的威嚴溫和的女聲，讓洛奇亞緩緩的點了點頭飛向了天空，同時，跟著火箭隊，他們來到海底基地的幾人見到了那巨大的平臺，開始緩緩的向海面浮去，直到離開了海底，將被困在鐵籠中的小銀放到了一處陸地上
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