重大軍事行動，府內長官需要與皇帝商議。
第西，軍內司法與文書。
中軍都督府內設有五軍斷事官（從五品），該官職作為軍內的最高司法官員，掌管五軍的刑獄事務。
各府還下設經歷司，設有經歷（從五品）和都事（從七品），負責處理往來公文和衙門日常公務。
五軍都督府和兵部存在並不矛盾，因為創立這個制度的朱元璋對這兩個機構的職能作出了極其細緻的劃分。
兵部有任免升調將領的權力，但不能統帥軍隊打仗，即只擁有軍隊的調遣權（調兵權），負責“用”兵。
而五軍都督府雖然有統兵作戰、管理屯田、掌管軍籍、推選將領的職能，但沒有調遣軍隊的權力，即只擁有軍隊的管理權（統兵權），負責“管”兵。
這意味著，五軍都督府可以管理、訓練軍隊，但如果沒有兵部的調令，就無法調動一兵一卒。
這一制度設計的初衷，就是為了防止武將權力過大，將軍隊大權牢牢掌握在皇帝手中。
同理，聖明的陸軍都督府、水師都督府分別是聖明陸軍募兵制軍隊體系、水師募兵制軍隊體系之中的最高軍事管理機構，其核心職責與五軍都督府一致，也可以概括為掌兵籍，管軍政，統帶軍隊，但無調兵之權。
與神洲大明不同的是，聖明的“五軍”、“陸軍”、“水師”三種都督府的內部官職與機構設定，經過乾熙創制、興德增補、正憲調整、景和完善之後，到昌寧初年時己經較為完備，形成了一個結構清晰、分工明確的指揮管理體系。
都督府的核心領導層通常由以下高階將領組成。
左都督一人，正一品，都督府的最高軍事主官，全面負責該軍府的軍事工作，執掌本軍府司令部。
右都督一人，與左都督同級，是軍府日常工作負責人，與左都督共同執掌軍府司令部。
都督同知一人，從一品，協助左都督處理軍務，負責軍府轄區內的作戰指揮、軍事訓練等。
都督僉事一人，正二品，協助右都督處理軍務。
撫宣都督，從二品，執掌撫宣部，負責全軍府的思想、組織框架、軍官紀律作風管理等事務。
後勤都督，從二品，執掌後勤部，負責軍府後勤保障事務。
都督府內部機構設定主要包含以下幾個部分。
司令部，此乃都督府核心指揮機構，負責作戰、訓練、情報、通訊等，由左、右都督共同執掌。
其內設機構從乾熙年間到景和年間，經歷了多次動態調整。
興德年間，司令部設有司務廳和治安勤務、訓練、佇列、通訊等等七個辦事司，各司主官為正五品。
目前，軍府司令部則設有司務廳和作戰、軍訓、通訊、軍務等八個辦事司，各司主官為正五品。
撫宣部，負責全軍府的思想、組織建設和軍官紀律作風等管理。
其內設機構同樣較為龐大，目前設有秘書和組織、宣傳、保衛、聯絡、斷事等六個辦事司，各司主官為正五品。
後勤部，負責全軍府的物資供應、醫療衛生、交通運輸等後勤保障。
總的來說，目前聖明的都督府制度，其官職設定層級分明，從左、右都督到各部都督，職責清晰。
其內部機構如司令部、撫宣部、後勤部等己具備無線電通訊時代軍隊指揮機關的雛形，並下轄眾多軍級作戰單位和軍級司令部，形成了一個結構完整、能獨立執行戰略任務的戰備區指揮體系。
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