內資部，負責宗門內資產統計事務。
查審部，負責宗門一切資產的審查工作。
以上是三殿下屬五部的主要職責。
戒密院下屬六科分別是：密保科，情報科，稽查科，警備科，戒律科，禁秘科。
密保科，負責宗門密保工作，主要是對宗門內部弟子的調查。
情報科，負責宗門情報工作，主要是對魔宗及修行世家的策反滲透。
稽查科，負責宗門對外稽查工作，主要是對宗門弟子的遇害失蹤，還有一些非法組織的調查。
警備科，負責宗門的警備工作，主要是對宗門各處禁制的看守。
戒律科，負責宗門法規的執行，及對違反宗門規章弟子的審判。
禁秘科，負責宗門禁法秘術的研究。
內務院下屬六科分別是：丹藥科，器法科，符籙科，陣旗科，藥草科，內勤科。
丹藥科，負責煉製丹藥，傳授教導煉丹之法。
器法科，負責煉製器法，傳授教導煉器之法。
符籙科，負責製造符籙，傳授教導制符之法。
陣旗科，負責製造陣旗，傳授教導制陣之法。
藥草科，負責宗門靈藥的培植管理。
內勤科，負責宗門弟子的內勤事務，主要是弟子命魂石的看管。
外務院下屬六科分別是：護山科，外聯科，經貿科，靈牧科，教務科，通訊科。
護山科負責宗門內部巡視安全，主要是對宗門弟子內外出入登記及宗門大陣的管理。
外聯科，負責宗門外部聯絡事宜，主要是各地主事對轄下修行世家資源的徵繳。
經貿科，負責宗門對外的經貿事宜，主要是對商會直接交接的資源貿易。
靈牧科，負責宗門靈獸的培育與養殖。
教務科，負責宗門未蛻凡弟子的修行指導。
通訊科，負責宗門內外的資訊通傳。
以上是三院下屬六科的主要職責。
除此之外，還有戒密院直屬司，內務院直屬司，外務院直屬司，掌門直隸部。
各直屬司只聽命於各院院主，他們沒有具體職責，不受三殿命令，屬於三院院主的護衛隊。
掌門直隸也是一般，獨立於三殿三院之外，只聽從掌教之令。
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