李軒把在雞籠和淡水城俘虜的西班牙殖民者，包括軍人和西班牙商人及傳教士統統打包關進了俘虜船的船艙。
然後帶到赤嵌城統一關押。李軒在臺灣留下一部分希望學堂和軍政學堂的學生，和三千名海軍陸戰隊隊員，以原定的李軒的學生李勁山為臨時軍政負責人，和即將到來的移民負責人進行對接。
李軒決定趁熱打鐵，把菲律賓的西班牙勢力和印尼的荷蘭勢力給徹底清除出去。臥榻之側豈容他人鼾睡。
李軒把西班牙俘虜關押起來後，在熱蘭遮城的大員港，李軒的一千多艘戰船入港檢修補給，士兵則輪流上岸休整。
在臺南休整了大約十天左右，李軒補充了淡水和蔬菜，全體啟航，在海圖指導和方向前的嚮導下。全體艦隊向菲律賓馬尼拉駛去。
經過十天的航行，李軒船隊到達馬尼拉灣，由於在臺灣的西班牙人被一網打盡。
由於當時資訊傳輸的落後，李軒的船隊進入馬尼拉灣時，在馬尼拉灣入口處有一個小島，西班牙人對該島命名為科雷希多島，該島上設有炮臺，駐有五十名西班牙士兵。
李軒船隊到達該島十五里時，李軒透過熱氣球觀察員提供的距離和方位資料，一個十連發炮擊，將該島的炮臺給掀翻在地。
雖然李軒將該島炮臺摧毀，但島上預警計程車兵卻點燃了烽火臺上的烽火。一時間從烽火順著科雷希多島，一直透過中間大約六個小島的烽火臺傳到馬尼拉城。
西班牙駐菲律賓總督胡安·尼尼奧·德·塔博拉立刻命令全體西班牙士兵進入戰鬥崗位，同時命令將馬尼拉的一萬多華人全部抓捕關押並帶入集中營。並在馬尼拉執行戒嚴和宵禁。
任何馬尼拉城內居民未經總督府的同意，嚴禁走出家門，否則格殺勿論。
你不得不說，總督胡安·尼尼奧·德·塔博拉的命令和處置絕對可圈可點。但是在實力的代差面前，一切行動都是徒勞的。
李軒敲掉科雷希多島的守軍炮臺後，直接將科雷希多島的堡寨轟了個十發炮彈，就這十發炮彈竟然引爆了科雷希多島上守軍稜堡內的彈藥庫。
西班牙人在科雷希多島的堡寨是按經典的西班牙稜堡建設的，如果採用人工進攻，無論從哪個方向進攻，裡面計程車兵都可以無死角的用交叉火力將進攻者擊斃。
可是李軒根本就不和你拼人，直接用火炮把你的稜堡內的彈藥庫和士兵給你轟死。
隨著稜堡內彈藥庫被引爆，再加上熱氣球觀察員對內部兵營的距離和方位的準確報告。戰船上的火炮只用了僅僅十幾發炮彈就把稜堡內計程車兵消滅殆盡。
隨著五十名海軍陸戰隊員透過繩梯爬上稜堡，從內部開啟稜堡，進去的海軍陸戰隊隊員對這個稜堡進行搜查，最後只有三個西班牙士兵沒有被炸死 但是受了重傷。
為了他們仁慈的上帝，也為了我們的糧食不被浪費，我們的陸戰隊隊員極不情願的用子彈，把這三個西班牙士兵送進了天堂。
李軒安排船上過去五百多人幫助清理現場，將西班牙士兵的屍體進行掩埋。
因為菲律賓這個位置處於熱帶地區，如果不掩埋極易造成瘟疫。
人多力量大，五百多人經過一個上午的清理將稜堡內的建築垃圾才清理乾淨。
於此同時李軒的艦隊並沒有在科雷希多島停留，消滅稜堡內計程車兵後，李軒的船隊順著馬尼拉灣的水道向馬尼拉城撲去。
在馬尼拉灣通向馬尼拉城的水道中間，有六個小島上建有烽火臺和炮臺，李軒都是十五里外直接給予摧毀，同時將島上士兵全部消滅。然後李軒派駐一個班帶著青山軍的軍旗，暫時駐守原來的小島。
終於在下午兩點左右，船隊出現在馬尼拉城外馬尼拉軍港外十五里的地方。因為西班牙炮臺上紅夷大炮的最遠射程就是十里。
馬尼拉港口上有六個炮臺，這六個炮臺可以形成交叉火力，對進入射程的船隻可以進行無死角射擊。
馬尼拉港口的最外面炮臺計程車兵，一看敵方船隻在距離炮臺十五里的地方停了下來，也以為敵船害怕了。
但是看到對方船隊空中漂浮的大傢伙，一時間不知道怎麼對付。也從來沒有見過呀。
對未知的東西，人的第一本能就是害怕。
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