跑向南京城第二城區域，也就是京城的明軍殘餘士兵擁擠在京城的城門處，但是京城城門的守城士兵拒絕開啟城門。
熱氣球觀察員發現這個資訊後，迅速報告給青山軍指揮部，李軒迅速命令靠近長江南岸的戰船不僅炮擊城門處擁擠計程車兵，還順勢清除了京城城牆上所有的城防炮。
京城城牆上的城防炮相對較少，但是紅夷大炮卻不少，有一百八十多門。很快京城上的紅夷大炮等城防炮悉數被摧毀。
而擁擠在京城城門處的明軍士兵一看不給開門，而且在外郭區域又沒有任何活路，這些人很快精神崩潰，他們四處逃竄，有的拼命鑽進平民的房屋中去。
有十幾個士兵一怒之下跑到觀音門處直接把城門開啟，用長矛掛了一個白色孝布向青山軍表示投降。
本來青山軍準備把城門轟開的，在觀音門附近的青山軍戰士迅速佔領城門，接著五千多青山軍戰士迅速透過馬道搶佔了外郭城牆。
等青山軍戰士來到城牆上，上面除了殘肢斷臂和滿地的各種滾木壘石垃圾外，空無一人。
這時外郭其他方向城門的黃得功和高傑的部隊，有的已經準備開啟城門出逃，剛擠到城門洞口，在三百米開外的青山軍士兵，對著城門就集火射擊了。打的黃得功和高傑計程車兵根本出不來，沒辦法這些士兵又退回到外郭城區內，他們又跑到城牆上看看能不能堅守住城牆。
這時已有三萬多青山軍士兵佔領大部分外郭城牆，從觀音門過來的青山軍很快和黃得功計程車兵在城牆上相遇了。
在三百米外青山軍士兵三排士兵集體開火，在七米寬的城牆上黃得功計程車兵根本沒有躲避的空間，自己這面的火銃和弓箭又射不到對方，只有幹捱打。
所以黃得功的軍官還沒有下令衝鋒，一幫士兵已經崩潰了，也不管軍官怎麼吆喝，全都跑下城牆。
過了有一個時辰後，外部城牆已經全部被青山軍士兵佔領。這時的城內的明軍已成甕中之鱉。
佔領城牆後的青山軍士兵對外郭的散兵遊勇更是擊斃的得心應手。遠的用迫擊炮，單個的用步槍點明，集合到一起的明軍被青山軍士兵用槍榴彈轟擊。
而要衝到城牆下的明軍殘餘，青山軍士兵只需幾個手雷就可以把明軍報銷。在上天無路入地無門的情況下，許多士兵紛紛選擇跪地投降。
人有時就是有綿羊效應，一個士兵看到別的士兵投降了，也紛紛跪地投降，畢竟誰也不想當城牆上青山軍的活靶子。
最後黃得功和高傑計程車兵也基本都跪地投降，就連高傑也帶著他的親衛隊，扔掉武器後選擇投降。
只有黃得功和他的親衛看沒法衝出南京城，就躲到一處大院內，俘虜計程車兵交代了黃得功躲藏的位置。
一開始青山軍士兵喊話，讓黃得功放下武器投降。可是黃得功根本不予理會。為了減少傷亡，青山軍直接在那個大院的鄰間屋頂上將槍榴彈紛紛射進房屋內。
隨著一陣陣爆炸聲，一代名將被炸死在瓦礫堆裡。青山軍士兵於是把俘虜就地圈禁。
京城城牆上的城防炮和炮兵已經被清除乾淨。而青山軍士兵在熱氣球觀察員的報告下，迫擊炮兵迅速靠近京城的城牆，隨著每門迫擊炮五發極速射，京城城牆根的明軍士兵，很快被炸死炸傷，僥倖逃過一劫的也迅速逃離城牆。
接著青山軍炮兵推過來十門普通線膛炮，炮兵直接發射十發線膛炮炮彈將京城的鳳儀門給轟成稀巴爛。
外郭的俘虜暫時由輔兵看管，三萬多青山軍陸續衝上京城城牆。要不然說兵敗如山倒。京城城牆內計程車兵還沒有等青山軍士兵全部佔領京城城牆，在京城城牆上青山軍打死了不到一千南明士兵，京城裡面計程車兵就一窩蜂跪地投降啦。
佔領京城區域後，青山軍攜帶一百多門普通線膛炮直接清除了皇城城牆上的城防炮。
皇城城牆上的城防炮剛剛清除完，皇城城門就吱吱呀呀就被士兵打開了。
原來皇城城防總指揮是一個名叫包慧林的太監，他原來是福王府的安全總管，後來福王朱常洵在黃得功和高傑等軍閥的支援下登基稱帝，他也被安排為皇城城防提督，也就是現代意義上的城防總指揮。
本來皇城的城防提督一般由留守南京的勳貴擔任，但是朱常洵在黃得功等軍閥的支援下，任命了朱常洵提名的他的太監包慧林擔任皇城城防提督。
但是包慧林的訊息非常靈通，他得知北京的太監、宮女青山軍沒有殺一人，而且安排的都很好。
青山軍把太監宮女列入受殘害的人員，而且下令以後不準再有閹割人的事情出現。所以他才敢開啟京皇城城門，放青山軍進來。
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