賭館老闆黃二和打手被青山軍押走。而沈重陽和其他賭徒也被押進了集中營。全城二千多賭館老闆和打手被宣佈勞動教養二年，發往山西青山已經控制的煤礦挖煤。
而近一萬被抓獲的賭徒經教育後，作為移民發往勒拿河太白城定居。而南京城所有乞丐、流民，收容後有三萬多人全部發往呂宋島開墾荒地。
由於南京城周邊人口稠密，青山軍為了加強海外領地的漢人人口，直接把南京城周邊監獄的囚犯，和士紳家屬的下人在經過訴苦出氣大會後，他們打死了欺負他們計程車紳，然後青山軍把他們集中到一起陸陸續續運往新神州，中南半島、加里曼丹島和新東方島。
那些剩下僥倖沒死計程車紳家屬則發往山西煤礦挖煤。在青山軍攻克南京後，從南京周邊抽調這樣的人員接近五百多萬，把他們全部移民到青山軍的海外領地，以增加海外領地漢人人口的數量。
至此從新神州到撒馬爾罕城一直到庫頁島的漢人人口已經接近三千萬。再加上青山軍在當地和漢人民兵一起消滅了大量的襲擊漢人的原住民，使得漢人在當地逐漸成為主體民族。
青山軍在南京的各項工作進入正軌後，李軒從原來江北的老解放區的輔兵中又徵召了六萬正兵組建四個軍，同時又從現役部隊中抽調一批老兵幹部，擔任這四個軍中的基層和中層軍官。
四個軍分別駐紮在南京城及其周圍。這四個軍組成南京衛戍區由李香任衛戍區司令。
另一位李軒的學生，早年遷安講武堂畢業的童成業任政委，調左應選來南京擔任南京軍管會民事部負責人，負責執行青山軍的方針政策。
安排好南京城的相關事宜後，李軒率領青山軍及其一千五百艘戰船，逆流而上，前往武漢。
而劉破虜則率領東路軍繼續向浙江、福建地區攻擊前進，收復所有領土。
李軒率領青山軍西征武漢時帶上了弘光帝的世子朱由崧，同時帶上弘光帝的玉璽，看是否可以由朱由崧勸降沿途南明守城官員。
從南京到安慶的馬鞍山、銅陵、池州和安慶都很順利的由朱由崧勸降成功，但是到了九江，朱由崧的勸降失去了作用。
駐守九江的是九江兵備道王思任，王思任是浙江山陰人，他讓朱由崧進來後，直接扣留了朱由崧，宣稱他是效忠崇禎帝的，一臣不事二主。除非青山軍踏著他的屍體開啟城門，否則他決不投降。
李軒不得已決定武力攻下九江城，隨後按照先炮轟，清理九江城牆上下所有士兵，然後轟開城門佔領城池的模式，不到一個時辰的時間就徹底拿下九江城。
而王思任也是求仁得仁，在青山軍炮轟城牆的過程中，他親自點燃城牆上的紅夷大炮，可是紅夷大炮的射程也就是五里多地，有效射程也就是三里地，而青山軍的戰船在十五里以外。但他也盡到了崇禎帝忠臣的責任了。
最後和殉爆的紅夷大炮火藥桶一起升上了天空。
王思任被炸死後，很快九江的南明軍隊全體投降。最後這些俘虜經過對他們長官訴苦出氣大會後，這些士兵及其家屬全部被送往遷安鐵路工程隊，加入到修築北京到山西再到陝西、甘肅、最後到達撒馬爾罕城的雙線鐵路。
隨後在九江地區採用和蘇州同樣的社會改革模式，青山軍派出武裝工作隊開展轟轟隆隆的以土地改革為核心的社會改革運動。李軒在九江留下三千正兵和從江北調來五千輔兵共同鎮守九江地區。
就在此時，探子傳來訊息，從湖廣承天府，也就是現在的湖北鍾祥，逃跑的永明王朱由榔，在南京被收復後。他竟然在廣州宣佈登基，年號“永曆”，後世尊稱他為昭武帝。
朱由榔任命洪承疇為內閣首輔，劉良佐和劉澤清分別任西北五省總督掛兵部尚書，和東南五省總督掛兵部尚書。
號召天下共同討伐“逆賊”李軒。李軒合計老朱家的王爺還真不能隨便放人，稍不留神他就給你整出一個明朝朝廷來。
由此可見想當皇帝的誘惑力是多麼巨大，新中國成立後一直到2019年還有清朝遺老遺少想恢復清朝統治，結果當年十八名骨幹就被公安部抓獲。
不管他朱由榔啦，先打下武漢再說。於此同時李軒又讓遷安家裡，把遷安到徐州一線兩側的土改完成較早的地方，從輔兵中再徵召五萬正兵，以備江南駐兵之用。
同時將遷安軍政學堂和遷安軍政學堂北京校區短期培訓的近一萬名學員，儘快由部隊護送前來長江沿岸，擔任武裝工作隊地方工作人員。
在九江王思任被炸死時，福王世子朱由崧一直被扣在兵備府，他倒是安然無恙。
九江被攻克後，朱由崧跟著青山軍繼續說服長江沿線各府縣的文官武將投降青山軍。武穴、大冶、黃岡的知府縣令在朱由崧的勸說下，都選擇了歸順青山軍。
大軍經過十五天的航行，青山軍來到武漢的漢陽東二十里的長江北岸駐紮，第二東路軍司令孫繼元，政委李勁山帶著警衛團的人員來到李軒所在船隊，向李軒彙報工作。
雙方暫時合兵一處共同攻克武漢。此時長江北岸的漢口已經被孫繼元他們攻克。
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