等房玄齡、杜如晦、薛收三人都到了之後，密謀計劃正式開始。
整個過程都是李二親自主導，沒有誰勸他說“太子已經對您動手，你不可能再猶豫”之類勸進的話。
李二是帶頭大哥，這種事情只能他親自組織，哪裡輪得到別人來勸他？
密謀的計劃大概是：
第一步，找個理由，讓陛下命大王和太子、齊王一同覲見。
第二步，提前控制宮禁，並且以陛下的名義，先一步將三省的主官們全部召集起來控制住。避免在動手後他們傳出訊息、或者下達不利的命令。
第三步，控制玄武門，然後在太子和齊王進宮前就將陛下控制起來。這也是整個計劃最關鍵的一步，這一步成功了，計劃就成功一大半了。
第四步，等太子和齊王進入玄武門後，以伏兵直接幹掉他們。
第五步，以他們的首級，逼迫陛下承認他們的罪行，罷黜他們。然後讓李二做太子，行監國之權。
計劃定下後，所有人都十分認同。
接下來，就是溝通細節。
比如，時間怎麼選？用什麼方法讓陛下同時召集三王覲見？如何保證封鎖訊息？需要出動多少軍力？具體如何分工等等。
最終，時間選在了六月初四，原因是這一天玄武門是由常何值守。
常何是李二安插在李建成身邊的人。但李建成並不知道，反而將常何引為心腹，對其十分看重。這幾年對常何是傾力培養，才能讓常何這麼快成為玄武門的輪值主將之一。
如果選在常何值守玄武門的時間，可以最大程度的消除李建成的戒心，他中計的可能性會大上很多。
至於怎麼讓皇帝同時在六月初四召三王覲見，秦時給李二出主意：實名舉報太子和齊王淫亂陛下後宮，陛下一定會讓你們當庭對質。
然後就是封鎖訊息不外洩，李二的計劃是將宮城所有的門，其守衛和軍官都換成自己的人。
至於需要動用多少兵力，經過一番討論後，確定由李二安排六百山嶽軍潛入大內。以山嶽軍的能力，出其不意之下，六百人控制太極宮，幾乎沒有難度。
因為此時的李淵能夠調動的禁軍，只有張鎮周以及張鎮周從舒州帶入京的親衛二百人。
另外，因為擔心李建成和李元吉坐下的寶馬速度太快，山嶽軍追不上，李二決定還要安排一支騎兵。兵員是奔雷鐵騎，但數量在秦時的建議下，從歷史上的七十人，提升到了二百人。
另外，西宮（即李二的宏義宮）安排一千玄甲軍和五百山嶽軍駐守，避免東宮和齊王府魚死網破，攻打西宮。
同時，這一千五百兵力，也可以作為備用兵力隨時支援。
此外，李二給高儉撥付了一批武器。如果戰局不利，就讓高儉將雍州府關押的囚犯們武裝起來。給囚犯們許諾免罪、金錢、甚至官位，讓他們也參戰。
最後，是分工安排。
大概是：
通知三省主官的任務則是由宇文士及和長孫無忌完成。
李二這個十二衛大將軍和秦時這個左衛大將軍負責將軍隊帶入大內，然後完成控制三省主官和皇帝的任務。
之後和尉遲敬德、裴行儼一起率兵幹掉李建成和李元吉。
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