劫掠時突然登岸，得手後迅速撤離至海島，大明軍隊往往只能“望洋興嘆”，難以追蹤圍剿。
還有方國珍、張士誠等勢力敗亡後，其殘餘部眾散落沿海，並未被完全肅清。
這些人因對大明政權不滿，或為生計所迫，就與倭寇勾結，為其提供情報、補給、避風港，甚至直接參與劫掠。
他們熟悉沿海村鎮佈局、大明軍隊佈防虛實，使得倭寇的行動更具針對性，
而明軍難以分辨“良民”與“內應”，增加了清剿難度。
想要讓小日子約束他們就更不可能了，
這些倭寇多為分散的“浪人集團”，並非受倭國政府統一指揮，
而且大明和小日子關係可不好，也無法透過外交途徑從源頭切斷倭寇的補給與兵員，
只能被動在沿海防禦。
所以，能做的無非幾點
首先就是組建“快速反應海軍”，這時候大明雖然缺乏大型戰船，但可利用方國珍舊部的“近海快船”，
這些船隻小巧靈活，而且他們熟悉浙東海況，可以修復後編入海軍，
再徵召沿海漁民中善水戰的人作為“舵手”、“哨探”，組建30-50艘船的近海艦隊，劃分巡海區域，
每日在倭寇常出沒的“狹水道”巡邏，只要遇到倭寇船隊就直接圍殲，切斷他們登岸的通道。
再有就是針對倭寇以沿海島嶼為據點的特點，趁其劫掠後回島休整時，
集中精銳兵力突襲島嶼，焚燬其船隻、糧草，抓捕或斬殺頭目，讓倭寇“無巢可依”。
比如普陀山、大陳島這些都是後世有記載的倭寇據點，倒是省了不少事。
還有招撫方國珍舊部，孤立死硬分子，
方國珍集團在浙東經營數十年，麾下部眾大多熟悉海事，
而且其中不少人並非真心依附倭寇，只是懼於大明朝廷的清算。
可以釋出詔令：“凡方氏舊部，能獻倭寇情報、繳還船隻者，免其前罪，編入水師或歸農；
執倭寇頭目來獻者，賞銀百兩、授百戶職。”，
對那些拒不歸順、仍然通倭的頑固分子，就聯合水師清剿，拔除他們的據點，
不過估計也不容易，但總要試試嘛，萬一就成了呢。
朱瑞璋推開房門時，天已微亮，
海霧尚未散盡，帶著潮氣的風捲著簷角的銅鈴輕響，
趙承祖正候在廊下，手裡攥著一本翻得起了毛邊的《明州衛海圖》，
見他出來，忙躬身行禮：“王爺徹夜未眠？”
”。事件幾辦去刻即你，使揮指趙“：道圖海過接璋瑞朱，”了困不便，了白明想“
。著聽息屏忙祖承趙，靜沉的後索思夜徹著帶音聲的他
，’船快山蒼‘的下留部舊珍國方凡，塢船海沿與房庫所衛遍查，一其“
。茸修港到拖數盡之日三，否與損破論不
，倍三加錢月的舵掌能，的霧海辨、水識中民漁海沿召徵，示告出再
。的命拼寇倭跟裡浪在能是，的櫓搖會隻是不的要王本，石五糧賞的探哨當能
”……們他？民漁“：愣一祖承趙
”！們他治人的海懂更用便們咱，快船著仗能寇倭“
。你訴告再王本候時到的他其，吧去，言多用不，他斷打璋瑞朱
