告別了依然抱著儀器陷入狂熱研究的芥川博士，小智一行人踏上了離開原始叢林的歸途。
雖然在遺蹟中收穫了君主蛇的進化、滑頭小子的超級進化石，以及透子夢寐以求的鑰石，隊伍戰力得到了質的飛躍，但接連的高強度戰鬥，也讓大家感到了一絲疲憊。
“終於要走出這片林子了，我現在只想在下一個城鎮的寶可夢中心裡，舒舒服服地泡個熱水澡。”透子伸了個懶腰，走在隊伍的中間。
“我也想吃軟綿綿的冰淇淋了……”芽衣揉了揉有些發酸的小腿。
走在最前面的小智正準備轉頭鼓勵大家兩句，肩膀上的皮卡丘卻突然豎起了耳朵，發出了極其低沉且充滿警惕的“皮卡”聲。
幾乎在同一時間，小智敏銳的波導也察覺到了一絲異樣。
“大家噓，先別出聲。”
小智立刻壓低了身體，撥開前方茂密的灌木叢。透子、芽衣、艾莉絲和天桐也紛紛屏住呼吸，順著小智的視線望去。
在叢林深處的一片隱蔽山谷中，竟然停靠著幾輛重型裝甲運輸車。車廂上，印著一個所有人都無比熟悉且厭惡的標誌——猶如黑色盾牌般的“P”字徽章。
“是等離子隊！”天桐眉頭緊鎖。
山谷中，十幾名穿著等離子隊制服的隊員正在忙碌地搬運著一些散發著詭異紫光的巨大金屬儀器。其中一名看似小隊長的男人正在用通訊器向上級彙報。
“報告，‘能量抑制器’的核心部件已經全部運輸到位。只要有這臺儀器在，哪怕是N大人找回了傳說中的萊希拉姆，我們也能強行將其鎮壓並抽取力量！”
小隊長的聲音裡透著狂熱，“真沒想到，魁奇思大人竟然能和之前那個強行帶走捷克羅姆的神秘組織達成合作。有了他們提供的那份絕密基因抑制技術，N大人的背叛根本不足為慮！”
聽到“帶走捷克羅姆的神秘組織”和“N的背叛”，小智的瞳孔猛地一縮。
那個創造了“黑暗超夢”、曾在關東掀起腥風血雨的神秘組織，果然沒有在合眾地區徹底銷聲匿跡！
“不可原諒……絕對不能讓他們把這種危險的東西運走！”小智咬緊了牙關，手已經摸向了腰間的精靈球。
就在小智準備發難的時候。
“嗷嗚！”
一隻潛伏在樹冠上的酷豹突然發出了一聲尖銳的嚎叫，一雙猩紅的眼睛死死地鎖定了小智等人藏身的灌木叢。
“誰在那裡？！被發現了，幹掉他們！”
等離子隊的小隊長猛地拔出精靈球，“去吧，飯匙蛇！酷豹！灰塵山！”
“既然被發現了，那就正面擊潰他們！皮卡丘，【十萬伏特】！”小智一躍而出。
“我們也來幫忙！炎武王，【噴射火焰】！”透子和芽衣也紛紛丟擲了精靈球。
戰鬥瞬間在山谷中打響。
然而，小智一行人畢竟剛剛經歷過遺蹟的連番血戰，寶可夢們的體力還沒有完全恢復。而等離子隊這次顯然是有備而來，十幾名精英隊員指揮著近三十隻寶可夢，憑藉著數量的絕對優勢，交織出了一張密不透風的火力網，硬生生地將小智等人壓制在了山谷的邊緣。
“可惡，數量太多了！而且它們在利用地形掩護！”艾莉絲的龍頭地鼠用【挖洞】避開了一波【汙泥炸彈】，氣喘吁吁地退了回來。
