整頓軍務時，袁崇煥發現關內外弊端重重。
總兵冗餘、官員尸位素餐、堡壘驛站佈置混亂。
他大刀闊斧改革：
停推遼東、登萊兩巡撫，將原本三四員總兵縮減為兩員。
由趙率教守關內、祖大壽守關外，以親信何可綱為中軍坐鎮寧遠；
淘汰參將、游擊等官員近百名，重新規劃堡壘驛站；
敦促工部改進武器質量，令戶部向沿邊各鎮訂購戰馬，全力打造“精兵、壯馬、堅甲、利兵”。
對外，他派人招撫察哈爾、喀喇沁等蒙古部落，以“撫賞”和救濟防止他們倒向後金；
又悄悄恢復與皇太極的通訊，不關閉議和之門。
這是他的緩兵之計，五年復遼，需要時間積蓄力量。
可這些舉措，卻被朝中言官彈劾為“通敵”，袁崇煥看著奏疏，只覺得胸口發悶。
真正讓他頭疼的，還是東江總兵毛文龍。
毛文龍自天啟元年起，以朝鮮半島西北部的皮島為基地。
構築了海上防線，多次襲擾後金後方，號稱“海上長城”，手裡也握有尚方寶劍，深得天啟帝信任。
可隨著勢力壯大，他逐漸變得“難馭”：截留糧餉、擅行任免、私通商賈，甚至被彈劾“虛功冒餉、私通外番”。
崇禎帝繼位後，毛文龍的處境則變的愈發艱難。
新帝任用的兵部尚書閻鳴泰曾主張“將毛文龍移鎮蓋州”，對其持懷疑態度；
崇禎元年正月至二月，原登萊巡撫武之望、御史範汝梓等接連上疏彈劾毛文龍。
雖無實據，卻加深了崇禎帝的猜忌。
朝廷下令“查核東江兵額”，豐城侯李承祚上疏辯解“毛文龍孤軍海外，牽制後金有功”，反被崇禎帝斥為“浮談市德”。
面對朝廷的懷疑與移鎮壓力。
毛文龍多次上疏辯解：“蓋州四圍沙漠，無地樵蘇，且隔海百里，糧草難繼，此兵志所忌之地，不可移鎮。”
他強調東江鎮“連線朝鮮，威懾後金後方，移鎮則失牽制作用”。
最終，因新任兵部尚書王在晉對移鎮持謹慎態度，此事才暫時擱置。
但明廷明確規定“毛文龍受登萊巡撫節制”，削弱了他的自主權。
隨後，戶部員外郎黃中色奉命前往皮島核查兵額。
毛文龍出示花名冊稱“有兵六萬二千人”，可黃中色實地清點後發現“僅三萬六千人”。
毛文龍不服，上疏辯解“黃中色未計入其他島嶼及出哨、屯田官兵，實際精壯合計十五萬”。
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