攻取哈密後，得葉爾羌降卒一千兩百人，林士奇經過深思熟慮後，還是決定將這些人歸於巴巴克蘇的麾下，但作為鉗制，在這支軍隊的上層將領，全部改調幹軍軍官。
同時巴巴克蘇只是名義上的統領，軍隊真正的指揮權，在副將齊友鄰的手中，而齊友鄰是張應維的舊部。
此番跟隨林士奇出征的有王富貴，吳眺，張應維，以及軍中悍將梁三虎，西征的將士都是精中擇精，勇猛悍戰之卒。
大軍攻取哈密後，林士奇下令留民夫三千人在哈密屯田，並命古爾布哈所部蒙古騎兵，抽調近半，護衛大軍從嘉峪關至哈密的沿途糧道。
此時的林士奇心中有所隱憂，糧道過長，而護衛的騎兵卻太少，若是準噶爾從天山山脈繞過哈密，還是能夠威脅到西征軍團的糧道，而且在西南面，還有高原的烏斯藏。
林士奇對烏斯藏有所瞭解，知道僧格的弟弟噶爾丹在高原中頗有聲望，噶爾丹的老師是五世達賴，若是其出兵，那麼自己在側翼上，就受到了戰略威脅。
因此，雖然戰事進行的還算順利，但林士奇還是向後方請求援兵，或者說並不是援兵，而是維持糧道安危的騎兵隊伍。
不過，林士奇知道，兵貴神速，烏斯藏會不會出兵還另說，而準噶爾現在應該面臨北路黃成的威脅，應該暫時抽不出力量來馳援西域。
隨後林士奇命古爾布哈繼續率領先鋒騎兵，進軍吐魯番城。
吐魯番是西域門戶，駐守此城的守將穆哈拉，是阿帕克和卓的心腹，穆哈拉已經得到了阿帕克和卓與僧格的嚴令，死守吐魯番。
吐魯番地處天山南麓，乃是通往西域的交通要道，也是林士奇無論如何也繞不開的一座城池，而這也是吐魯番號稱西域門戶的緣由。
而作為西域門戶，那吐魯番自然是防禦的重中之重，僧格從波格丹手中買的五門火炮就安置在吐魯番城頭。
本來僧格準備在吐魯番城一共放置四十門火炮，但可惜的是，波格丹的火器還沒運到準噶爾，幹朝就已經出兵，甚至已經兵臨吐魯番城下了。
不過，雖然少了火炮，但是吐魯番作為門戶，在葉爾羌汗國的時代，就已經屢屢修繕，因此，此時的吐魯番城也頗為堅固，甚至和中原的城池比起來，也不乏多讓。
而且城中守軍眾多，有三萬餘眾，也是阿帕克和卓在西域諸城中，兵力最多的一座城池，或者應該說阿帕克和卓已經將大部分的兵力都放在防守吐魯番上面。
至十二月初十，古爾布哈率騎兵五千，奔襲至吐魯番城下，並數次擊敗葉爾羌在城下的遊騎。
城中守將穆哈拉認為此時雖然城下的蒙古騎兵數量不多，但是幹朝的援兵應該很快就會抵達，為了以防萬一，穆哈拉下令，所有人撤入城中，停止出城遊鬥。
在古爾布哈抵達城下十餘日後，林士奇所率的主力也抵達了吐魯番城下，但是火炮等重型輜重還未抵達，因此，林士奇下令，深挖壕溝，嚴整軍寨，暫緩攻城。
而在城中的穆哈拉一直以為幹朝國力強大，人口眾多，因此在城外的這些兵力，穆哈拉認為這應該不是幹軍的全部主力，甚至一度認為這是幹軍的誘敵之計。
穆哈拉想了想，還是決定依靠城池，死守，正所謂不動如山，隨便敵人有什麼陰謀詭計，他堅守城池不出，幹軍再強，又能奈我何。
幹朝號稱出兵二十萬人，但實際上，馬步軍才四萬眾，僧格當初判斷，幹軍必然出動大軍來犯，因此，嚴令葉爾羌不得與幹軍決戰，要利用堅城來消耗幹軍，並等待準噶爾的騎兵來突襲幹軍的糧道。
只是幹朝實際上出動的兵力，遠遠小於僧格的估計，僧格聽說二十萬幹軍西進的訊息後，還嘲笑孟浚不懂戰術，二十萬人，應該號稱五十萬大軍才對。
城中重兵防守，城外大軍雲集，但在進士奇抵達吐魯番一整月的時間，雙方竟然詭異的沒有爆發任何衝突。
在外征戰的將士，便連過年也沒法好好過，只是在大年三十這一天，軍中的伙食豐盛了一些，至於酒水，那是半點也沒。
時間來到了正月十六，火炮終於抵達了吐魯番城下。
此時西征軍團的大營中，諸將齊聚一堂，林士奇攤開巴巴克蘇提供的那份地圖，沉聲問道：“斥候有沒有發現準噶爾騎兵，或是烏斯藏人？”
古爾布哈聞言，搖搖頭道：“大帥，末將抵達吐魯番後，偵騎四出，除了剛開始的時候和吐魯番城內的遊騎有所衝突外，這段時間，一個敵人都沒看到。”
這時張應維摸了摸鄂下的短鬚，皺著眉頭說道：“不應該啊，我看吐魯番城防守很是嚴密，不像是準噶爾要放棄此城的樣子。”
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