孫可望的意思很快就傳回永曆朝廷中，丁魁楚和瞿式耜一聽便知這是孫可望反對天子還都。
永曆心中也不信，但還是有那麼一絲的幻想，對著丁瞿二人說道：“朕雖薄德，但亦非殘暴之君，若是周王奉詔，朕必待之以誠。”
丁魁楚以己度人，便是連喝三斤米酒，也不敢這般幻想，孟浚會拋棄基業，轉而跑到孫可望手底下當囚犯？
瞿式耜搖搖頭，對永曆帝說道：“陛下，正所謂君子不立危牆之下，昆明遠隔千里，路途遙遠，況且雲貴之地，皆為秦王所轄，周王豈會前來，這詔書，不可發，發之則傷朝廷威望。”
永曆帝暗自垂淚，泣道：“秦王不願朕還復南都，那朕也願移駐長沙，離中原更近一些！”
丁魁楚當即回道：“去長沙也是脫離秦王控制，況秦晉二王已有間隙，秦王絕不會同意朝廷移陛長沙！”
君臣商議許久，皆認為詔令不可發，孟浚絕不可能奉詔，反而會對本就威望不高的永曆帝，更是一個打擊。
而隨著永曆朝廷拒絕釋出詔令，孫可望大怒，命人逼迫永曆發詔，但被張鐫當庭怒罵，孫可望雖不願永曆離開昆明，但對諸多朝臣卻也是愈發不滿。
孫可望於昆明，徵發民工，開始營造宮殿，設立五府六部三衙門，分封文武百官，又命令雲南，貴州，廣西三省的文臣武將，剋期到秦王府朝見。
同時還建立太廟和社稷，制訂朝儀，名義上是建立大明朝廷的秩序，實則是加緊了篡位的步伐，表示忠於孫可望之人被大力提拔，不願臣服者，皆被貶斥，這些舉動，無不令永曆君臣感到不安。
永曆帝懾於孫可望勢力，日夜不安，半夜不時驚慌而起，猶恐大兵衝入殿中，屆時一壺鴆酒，便讓自己無聲無息的消失。
永曆為擺脫控制，逃離昆明，與吳貞毓，李元開，胡士端，蔣幹昌等十餘名朝臣密謀藉助尚在長沙的李定國，令其回師，逼迫孫可望釋放天子離開。
吳貞毓，李元開等人精心策劃，擬定密詔，私鑄屏翰親臣金印，遣密使急赴長沙密詔李定國回師。
永曆三年，六月十八日，密使抵達長沙，將天子密詔交於李定國。
詔書：“朕自即位以來，夙夜憂勤，然命運多舛，舉步維艱，秦王擅權昆明，逼凌天子，鞭笞群臣，營建宮闕，自立朝綱，分封文武，號令西南，覬覦神器，妄圖逆篡。
此心已昭然若揭，朕寢食難安，日夜惶恐，每至深夜，皆懼大兵突襲，毒鴆降臨，以至社稷傾覆。
晉王國之幹臣，朕之股肱，朕寄望於晉王，揮師而救大明於危難之際，望晉王接詔之時，萬速回師，勿負朕望，慎藏此詔，以防不測。”
這份密詔，字裡行間無不露出朱由榔的憂慮和恐慌，同時對李定國猶如最後一根稻草般哀求。
李定國接密敕後，大驚失色，言：“陛下竟受此屈辱，萬望陛下暫時忍受，吾即刻率軍回返！”
李定國當即整軍向南，湖廣之地僅留維持治安之軍，餘者盡數開赴昆明。
永曆三年，六月二十四日，李定國所部，全軍五萬八千餘人向著雲南方向而進，李定國又遣派密使，聯絡劉文秀，勸其定要護得天子周全。
而在密使離開不久後，馬吉翔便密告孫可望，將永曆聯絡李定國之事全盤托出，事情敗露，孫可望怒不可遏，一面以朝廷之令命李定國留駐長沙，守衛湖廣，一面又以兄長之情義，勸李定國停兵勿進，不要同室操戈，自相殘殺。
同時孫可望緊急集合軍隊，一時間西南戰雲密佈，大軍雲集，正所謂天下如同戲臺一般，你方唱罷我登場，湖廣大戰剛剛停歇，多鐸所預測之南面數月間便會爆發內戰的讖語便成為了現實。
而孫可望的怒火自然需要永曆朝廷來承擔，永曆不願詔令孟浚來昆明之事，已經是駁了孫可望的面子，現在又在秘密串連，聯絡李定國，想要將自己趕下來，正所謂是可忍孰不可忍，孫可望一動便是血雨腥風。
孫可望派兵將所有朝臣盡數囚於宮中，連番拷打，龐天壽趁機將與自己不合之臣，盡數誣告，言這些人皆有合謀暗害秦王之嫌。
永曆三年，六月二十六日，大學士吳貞毓，兵科給事張鐫，翰林院檢討蔣圪昌，李開元，大理寺少卿楊鍾，太僕寺少卿趙賡禹，光祿寺少卿蔡績，武安侯鄭允元，江西道御史周允吉，御史李頎，福建道御史胡士瑞，司禮太監張福祿，全為國等三十二名大小官吏，盡數被抓。
孫可望以欺君誤國，盜寶矯詔之罪，賜吳貞毓自縊，內監張福祿，全為國和怒罵孫可望的張鐫三人凌遲處死，其餘全部斬首。
臨刑前，諸多大臣們大義凜然，跪拜永曆帝行宮完畢，寫下了絕命詩，從容而死，昆明城人皆惶惶，路上行人步履匆匆，不敢互相言語。
…………
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