1949年後，他沒有回大陸，也沒有去臺灣，而是選擇留在美國。虞嘯卿透過陳嘉庚的關係，三次寫信邀請，他終於答應來南洋。
“總司令，”趙忠堯說，“建一所大學，不是蓋幾棟樓、請幾個教授那麼簡單。需要學科規劃、師資隊伍、實驗室建設、學術制度，缺一不可。”
“我在美國待了二十年，深知一所好大學是怎麼運轉的。我願意盡我所能，但需要時間，需要資金，需要自主權。”
虞嘯卿的回答很乾脆：“時間，我給你五年；資金，專項劃撥，優先保障；自主權，學術的事，你們說了算，我不插手。”
校址選在吉隆坡以北二十公里的山谷裡，佔地三千畝。這裡原來是英國人留下的橡膠園，地勢平坦，環境清幽。
1960年3月，南洋大學破土動工。虞嘯卿親自剷下第一鍬土。
校園規劃是請美國建築師設計的，融合了現代主義建築風格和南洋傳統元素。教學樓、實驗樓、圖書館、體育館、學生宿舍、教師公寓，一應俱全。
最引人注目的是圖書館，十二層高，藏書容量一百萬冊，是當時東南亞最大的大學圖書館。
實驗室的建設標準極高。物理實驗室配備了從美國進口的精密儀器，包括當時最先進的粒子加速器、質譜儀、光譜儀。
化學實驗室配備了通風櫥、分析天平、色譜儀。生物實驗室配備了電子顯微鏡、培養箱、離心機。
陳嘉庚負責化學系的籌建。他原是劍橋大學的化學博士，在英國帝國化學工業集團工作了十五年，是高分子材料領域的專家。
為了建好化學實驗室，他親自列出裝置清單，從歐美採購，光是訂單就寫了三十多頁。
“實驗室是理科的根基。”陳嘉庚說，“沒有好的實驗室，就培養不出好的科學家。”
師資招聘是全球撒網。南洋大學開出的條件極具競爭力：教授年薪一萬二千南洋元，相當於美國大學教授的一點五倍；免費提供獨棟別墅；每年提供科研經費；子女免費入讀南洋大學附屬學校。
到1961年底，南洋大學己招聘教授、副教授六十餘人，全部是華人學者，來自美國、英國、法國、德國、日本、香港等十幾個國家和地區。
他們中有諾貝爾獎得主的弟子，有國際知名學術期刊的編委，有在歐美頂尖大學任教多年的資深教授。
1962年9月，南洋國立大學正式開學。
首屆招生八百人，是從全國高中畢業生中選拔出來的尖子生。他們中，有工人的孩子，有農民的孩子，有教師的子女，也有歸國華人的後代。
開學典禮在大學禮堂舉行。禮堂裡坐滿了人，臺上掛著南洋大學的校徽——一本開啟的書，托起一輪金色的太陽。
虞嘯卿在致辭中說：“今天，南洋有了自己的大學。這不是我虞嘯卿的功勞，是全體南洋人民的功勞。你們知道，建這所大學花了多少錢嗎？兩千萬南洋元。”
“這筆錢，是工人一錘一錘敲出來的，是農民一顆一顆橡膠割出來的，是漁民一網一網打上來的。每一分錢，都是老百姓的血汗。”
“所以，你們在這裡讀書，不是為自己讀，是為國家讀，為兩千萬南洋百姓讀。你們學到的知識，將來要用來建設這個國家，讓千千萬萬像你們父母一樣的老百姓，過上好日子。”
臺下掌聲雷動。不少學生眼眶紅了。一個來自橡膠園工人家庭的男生後來在作文裡寫道：“總司令說得對，我不是為自己讀書。阿爸割了二十年膠，手上的老繭比樹皮還厚，才供我讀完中學。”
“我考上大學那天，阿爸哭了。他說，咱家祖祖輩輩沒出過讀書人，你是第一個。我不能讓阿爸失望，不能讓國家失望。”
南洋大學的課程設定很有特色。除了專業課程，所有學生必修三門通識課：《南洋史》《中華文明史》《現代社會思潮》。目的是培養學生既有專業能力，又有家國情懷，還有國際視野。
1963年，南洋大學有了第一屆畢業生。雖然還要等三年，但學校己經在規劃研究生教育。趙忠堯提出，要儘快建立碩士點、博士點，培養南洋自己的高層次科研人才。
“本科教育是培養人才，研究生教育是培養精英。”趙忠堯在教務會議上說，“南洋不能永遠引進外國專家，必須有自己的頂尖學者。”
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