緊接著，大夏工兵開始從第一道平行壕向前挖掘「之」字形的鋸齒形交通壕，向著城堡方向緩慢而堅定地延伸。
這種壕溝可以有效減少守軍直射火力的殺傷。荷蘭人用火炮和火繩槍猛烈射擊，給挖掘工作造成了一些傷亡，但無法阻止壕溝一寸寸地逼近。
「不能讓這些黃皮猴子再挖了！組織出擊，摧毀他們的壕溝！」揆一下令。
一天深夜，數百名荷蘭士兵在夜色的掩護下，悄悄開啟側門，吶喊著衝向最近的一段交通壕。
然而，大夏軍對此早有防備。埋伏在壕溝中的鳥銃手和弓箭手立即開火，側翼的預備隊也迅速包抄上來。
夜戰中，荷蘭人未能討到便宜，丟下幾十具屍體，狼狽地退回城中。而大夏軍的壕溝，在第二天繼續向前延伸。
圍城進入了枯燥而殘酷的消耗階段。每一天，雙方都會進行零星的炮擊和冷槍狙擊。
大夏軍的壕溝像蠕動的蚯蚓，不斷逼近城堡。而熱蘭遮城，則如同沉默的巨獸，用猛烈的炮火回應著每一次靠近的企圖。
時間一天天過去，鄭芝龍的眉頭漸漸鎖緊。壕溝推進的速度比他預想的要慢，守軍的抵抗異常頑強，而大軍在外，每日消耗的糧草彈藥都是一個驚人的數字。
更重要的是，他心中始終懸著一把劍——巴達維亞的援軍。
一旦荷蘭援軍抵達，內外夾擊，戰局將瞬間逆轉。
「不能等了。」鄭芝龍看著地圖上那已經推進到距離城堡外牆不足百步的最後一段交通壕，做出了決定。
「傳令給甘輝，玄武號和其他幾艘吃水較淺的新艦，前出至熱蘭遮城正面最近的安全距離，用艦炮，集中轟擊城堡東南角那段看起來比較舊的城牆！陸師所有火炮，也集中轟擊那個區域！」
「玄武」號，是龍江船廠繼「青龍」。「白虎」。「朱雀」之後下水的又一級新式戰艦，火力更加兇猛。
數日後，這艘黑色的巨獸在幾艘護衛艦的簇擁下，駛近熱蘭遮城。與此同時，陸地上的三十餘門各型火炮也調整了炮口。
「目標，敵城東南角牆體——全艦齊射！」
「陸師炮隊，目標一致——放！」
隨著鄭芝龍一聲令下，海陸兩個方向的炮火，在同一時間發出了怒吼！
數十枚沉重的實心彈，拖著死亡的軌跡，狠狠砸向熱蘭遮城東南角的一段城牆。
那裡據觀察和俘虜供述，是城堡早年修建時相對薄弱的部分，後來雖經加固，但仍是可能的突破口。
「轟！轟！轟！轟！」
炮彈如同冰雹般砸落在城牆上，磚石碎屑亂飛，煙塵瀰漫。
守軍被這突如其來的猛烈炮火打懵了，雖然他們很快組織反擊，但「玄武」號等戰艦的艦炮威力巨大，且在海面上機動靈活，難以被完全壓制。
持續了整整一個上午的猛烈炮擊後，東南角城牆的一段，終於出現了明顯的裂紋和凹陷。
「停火！」鄭芝龍看到效果，下令暫停炮擊。
然後，他召來了工兵營的統領和幾個從澳門招募的。懂得使用炸藥的葡萄牙裔工匠。
「看到那段裂縫了嗎？」
鄭芝龍指著城牆，「本侯要你們，從最後那條交通壕的盡頭，挖一條地道，一直挖到那段城牆的正下方！然後，埋上我們所有的炸藥！」
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