謝琰率軍擊斬了孫恩的部將許允之，迎回魏隱恢復其太守職務。接著謝琰進擊丘尪並將其擊敗，隨後與劉牢之並肩作戰，一路轉戰向前，所到之處戰無不勝。
謝琰留守駐紮在烏程，派遣司馬高素去協助劉牢之，大軍推進到了浙江（錢塘江）岸邊。朝廷下詔，任命劉牢之為都督吳都諸軍事。
此刻劉裕方才登上歷史舞臺，劉牢之以劉裕為參軍，派他帶領幾十個人去偵察敵情。不料遭遇幾千名敵軍，劉裕立刻迎頭痛擊，隨行計程車兵全都戰死，劉裕也掉到了河岸下面。
敵軍來到岸邊準備下去抓他，劉裕奮力揮舞長刀從下往上砍殺，殺死了幾個敵人，這才得以爬上河岸。接著他大聲呼喊著追擊敵軍，敵軍紛紛逃跑，被劉裕殺傷的人非常多。
劉敬宣見劉裕很久沒回來，覺得奇怪，帶兵去尋找，看到劉裕一個人正驅趕著幾千名敵軍，大家都為之驚歎。於是乘勢進擊敵軍，大獲全勝，斬殺俘虜了一千多人。
當初，孫恩聽說八郡響應他的叛亂，對他的部下說：“天下再也沒有什麼可擔心的了，我們應當穿著朝服前往建康（東晉首都）。”
但不久後聽說劉牢之已經兵臨江岸，他又改口說：“我割據浙江以東的地區，也不失為第二個勾踐！”
戊申日，劉牢之率軍渡過浙江。孫恩聽說後，說：“我逃跑也不覺得羞恥。”
於是驅趕著男女二十多萬口向東逃跑，一路上丟棄了許多珍寶和子女，官軍爭相搶奪這些財物，孫恩因此得以脫身，再次逃入海島。
高素在山陰擊敗了孫恩的黨羽，斬殺了孫恩任命的吳郡太守陸瑰、吳興太守丘尪、餘姚令沈穆夫（吳興人）。
東方地區遭受戰亂，百姓原本翹首期盼官軍的到來，但隨後劉牢之等人放縱士兵殘暴掠奪，令士人百姓大失所望。
郡縣城中連個人影都沒有了，過了一個多月才漸漸有人回來。朝廷擔憂孫恩會再次進犯，任命謝琰為會稽太守、都督五郡軍事，率領徐州的文武官員戍守沿海港口。
謝琰無論資歷和名望都在會稽極有地位，當時議論的人都認為他必定能安定當地。
而謝琰亦輕敵，到郡後既不安撫士民，亦不修整武備。史載琰“及至郡，無綏撫之能，而不為武備”。
將帥進諫說：“強賊在海，伺人形便，宜振揚仁風，開其自新之路。”
謝琰不以為然說道：““苻堅百萬之眾，尚且送死淮南，何況倉皇逃到海上的孫恩，怎能東山再起！如果孫恩再來，正是上天不容國賊，讓他快來送死而已。”
東晉朝廷任命司馬元顯為錄尚書事。
當時的人稱司馬道子為“東錄”，稱司馬元顯為“西錄”。
司馬元顯的西府門前車馬擁擠，而道子的東府門前卻冷清得可以張網捕鳥了。
司馬元顯沒有好的老師和朋友，他親近信任的人全都是些阿諛奉承之徒，有的人被（元顯）看作是一時的英傑，有的人被看作是風流名士。
司馬元顯一天比一天驕橫奢侈，暗示禮官提出建議，認為自己道德高尚、名望極重，既然已經總攬百官事務，百官都應當對自己盡敬。於是公卿以下的官員，見到他都要下拜。
當時戰事頻繁，國家財政枯竭，自司徒以下的官員，每天只能領到七升糧食，而司馬元顯卻不停地搜刮聚斂，財富超過了皇室。
此時為了應對接下來的局勢慕容衝南巡洛陽。
歷經三四年治理西北逐漸穩固，隨即撤銷姑臧、天水、長安軍鎮，增設南陽、彭城軍鎮，以慕容鳳、慕容嶽軍南陽、慕容德軍彭城。
慕容隆出鎮漢中。
燕國開始整軍備戰。
乾元九年盛夏，江南水汽蒸騰，三吳大地瘡痍未平，錢塘江岸的硝煙尚且散盡，長江上游的荊楚腹地已然狼煙驟起。
荊州大水滔天，平地水深三丈，經年蓄積的倉廩糧儲盡數泡毀，江陵城內米價飛漲，餓殍遍野。殷仲堪無糧治軍，無民可撫，偌大荊州藩鎮，已然只剩空殼一副。蟄伏尋陽、蓄勢已久的桓玄，終於撕開了所有偽善面具，以“討伐楊佺期、肅清北疆”為名，盡起江州水師、荊南銳卒，溯江急速西進。
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。圖輿淮江的新嶄開鋪前，座坐端衝容慕
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”！機良載千的南江割分、水漢控、襄取賜天乃此。力之伐北無更，暇不且尚顧自，疲兵竭財，虛空樞中顯元馬司
……
