沒人想到，原本攔路的巨獸，竟成了救了一村子人性命的恩人，那片被亂石封住的山坡，年年春天都開著淡藍色的小花，風一吹就輕輕晃，像是誰在輕輕點頭打招呼。又過了幾年，趙凡再次踏上這片土地。他看著那石冢，心中感慨萬千。這時，小聒噪鳥又落在他肩頭，嘰嘰喳喳叫個不停，彷彿在訴說著什麼。趙凡跟著它往山林深處走去，在一處隱蔽的山谷中，竟看到了那巨獸。它並沒有死，只是受了重傷後在此休養。趙凡驚訝地發現，巨獸身上纏繞著淡藍色的光芒，與山坡上的小花顏色一樣。
原來，這巨獸本是守護這片山林的靈獸，因被邪惡力量侵襲才迷失心智。那次重傷後，它體內的力量與冰藍草融合，竟驅散了邪惡力量，也讓它重獲新生。巨獸緩緩走到趙凡面前，用頭蹭了蹭他，像是在表達感激。此後，趙凡與巨獸成了好友，他時常來看望它，而巨獸也會在山林有危險時守護著村落，那片山坡上的淡藍色小花，開得愈發燦爛。
趙凡看著那個神秘的巨獸，知道他還有其他的使命，就帶著快龍，袋龍耿鬼和神獸鋼鐵海龍獸離開了山谷。一路上，趙凡心裡還回味著與巨獸相處的時光。然而平靜並未持續太久，當他們路過一片荒蕪之地時，察覺到一股極其邪惡的氣息撲面而來。只見一群黑影自廢墟中湧出，竟是被黑暗能量操控的寶可夢，它們眼神空洞，充滿攻擊性。
戰鬥瞬間爆發，快龍率先出擊，在空中釋放出強大的龍捲風，將部分黑影卷飛。袋龍則揮舞著粗壯的手臂，每一擊都帶著巨大的衝擊力。耿鬼利用幽靈系技能，神出鬼沒地攻擊敵人。鋼鐵海龍獸更是以其堅硬的身軀撞向敵方陣營，所到之處黑影紛紛倒地。但敵人源源不斷，就在眾人有些力不從心之時，一道熟悉的淡藍色光芒閃過，巨獸趕到戰場。它怒吼一聲，身上光芒大盛，輕鬆驅散了大部分黑暗能量，那些失去控制的寶可夢也恢復了正常。危機解除後，趙凡明白，這片大陸上仍存在諸多邪惡勢力等待他去挑戰。
趙凡握緊手中的精靈球，望著巨獸消散大半黑暗後依舊微微震顫的山林，指尖能感受到精靈球裡夥伴們躍躍欲試的溫度。淡藍色的光芒慢慢收斂，巨獸甩了甩覆著鱗甲的頭顱，低沉的吼聲順著山谷滾出去，殘留的零星黑影在餘震裡化作細碎的黑霧，徹底消散在風裡。
恢復神智的寶可夢們晃了晃腦袋，眼神里重新浮出生機，它們對著趙凡和巨獸輕聲叫了幾聲，慢慢退回了林間深處。袋龍甩了甩有些痠麻的臂膀，湊到趙凡腳邊蹭了蹭他的褲腿，快龍落在他身旁，翅膀帶起的風掀動了他貼在頸側的碎髮，耿鬼從陰影裡飄出來，圓圓的鬼火晃了晃，像是在提醒趙凡剛才敵人出現的方向深處還有異常的能量波動。
趙凡摸了摸快龍冰涼的龍鱗，抬眼望向遠山翻湧的黑霧——那裡的黑暗氣息哪怕被巨獸衝散了大半，依舊能聞到令人作嘔的腐敗味道。他清楚這些黑暗能量不是憑空出現，一定有幕後的勢力在暗中控御，試圖把這片大陸的寶可夢全都變成失去理智的殺戮工具。
“我們往那邊走。”趙凡抬手指向遠山黑霧翻湧的方向，回頭看向身邊的夥伴，每雙眼睛裡都沒有退縮，只有和他一樣的堅定。鋼鐵海龍獸發出一聲厚重的低鳴，率先朝著海邊的方向邁開腳步，巨獸甩了甩尾巴跟上隊伍，淡藍色的微光順著它走過的草地漫開，被黑暗汙染的草葉重新抽出了嫩綠的芽。
一路上趙凡都在梳理之前的線索：從最初小鎮上突然暴走的腕力，到山道里成群失控的黑暗鴉，再到此刻整片山林被侵染的黑影，敵人的地盤在慢慢擴大，手段也越來越兇狠。他摸了摸懷裡從第一個暴走寶可夢身上取下的、沾著黑暗能量的黑色晶石，冰涼的觸感蹭著掌心，越發堅定了他要找到源頭的想法。
入夜的時候隊伍停在溪邊休息，耿鬼飄在半空中放哨，袋龍靠著大樹打盹，快龍落在溪邊低頭飲水，趙凡坐在岩石上翻看著爺爺留下的筆記，泛黃的紙頁上清楚記著百年前也曾出現過相同的黑暗能量，當時是被一位帶著寶可夢的旅人找到源頭，用古代遺蹟裡的淨化水晶才徹底封印了黑暗勢力。筆記最後畫著和他懷裡那塊紋路一模一樣的黑色晶石，旁邊標註著黑暗勢力的核心據點，就在遠山盡頭的遺蹟廢墟里。
一陣風捲著細碎的黑暗粒子吹過，耿鬼的鬼火驟然變亮，發出了警戒的叫聲。趙凡立刻收起筆記握緊精靈球，抬頭就看到遠處樹林裡亮起了無數幽紫色的眼睛，新一波被控制的黑影，己經摸到了營地外圍。趙凡站起身，夥伴們立刻圍到他身邊，巨獸發出了震耳欲怒吼，淡藍色的光芒再次照亮了半邊夜空。
趙凡看著撲過來的黑影，嘴角揚起了一點利落的弧度：“來吧，這一次，我們徹底把黑暗擋在這片大陸之外。”精靈球丟擲的光線劃破夜色，新一輪的戰鬥，再次在山谷裡打響。
紅紫色的能量球率先從黑影堆裡炸開來，灼熱的氣浪推著草葉劈里啪啦往邊上倒，快龍早己經騰空而起，翅膀一振就捲起一道比剛才更猛的颶風，迎面把能量球扯得粉碎，碎片落在草地上燒出星星點點的焦痕。袋龍邁開大步衝進黑影堆，粗壯的胳膊掄得虎虎生風，每一拳砸下去都能帶著一聲悶響把失控的寶可夢打飛出去，那些沾在它們身上的黑霧被拳頭震散，露出本來的模樣，晃悠兩下就能找回神智。
耿鬼悄沒聲息地隱進陰影裡，專挑落單的黑影下手，幽靈系的暗影球悄無聲息地從背後砸過去，中招的黑影晃兩下黑霧就散了大半，沒等對方反應過來，耿鬼己經鑽進另一片影子裡，只留一點忽明忽暗的鬼火在黑影堆裡飄來飄去，把敵人攪得陣腳大亂。鋼鐵海龍獸橫過龐大的身軀擋在趙凡面前，堅硬的裝甲把撲過來的利爪全都擋開，尾巴一甩就抽飛三個黑影，那些咬在它身上的牙齒崩得都碎了，它連一塊劃痕都沒留下，悶吼一聲往前一撞，首接撞開了一道缺口。
可那些被控制的寶可夢像是永遠殺不完，一波倒下又一波撲上來，黑霧順著傷口往這片草地蔓延，原本嫩綠的草葉很快就變成了灰黑色，連空氣裡都飄著越來越濃的腐敗味兒。巨獸往前一站，淡藍色的光芒從它身上往西周炸開，所過之處黑霧就像冰雪遇著驕陽，唰地一下就化得乾乾淨淨，那些快徹底被控制的寶可夢身上的黑氣順著毛孔往外冒，落在地上還滋滋地冒煙。
趙凡盯著黑影堆最深處那頂懸浮著的黑色轎子，轎簾被風吹得輕輕晃，裡面藏著的黑暗能量比所有黑影加起來都濃，他一下就反應過來，這才是控御這一切的幕後黑手。他摸出懷裡那塊撿來的黑色晶石，晶石正瘋狂地發燙，和轎子裡的能量隔著大半個營地遙遙呼應。趙凡給快龍使了個眼色，快龍立刻會意，深吸一口氣，蓄起了滿當當的龍之怒，金紅色的能量團在它嘴邊越聚越大，帶著毀天滅地的氣勢朝著黑轎子轟過去。
誰知道半路上突然竄出十幾個被控制的班吉拉，硬生生用身體擋住了這一擊，爆炸的火光掀得整個山谷都在抖，煙塵散了之後，黑轎子的簾幕終於被掀開，一個裹著黑袍的人慢慢走出來，他臉上戴著青銅面具，露出的眼睛裡全是幽綠的光，手裡握著一根通體漆黑的權杖，權杖頂端的黑色寶石，和趙凡懷裡的晶石長得一模一樣。
“沒想到啊，還能有人追到這裡來。”黑袍人聲音嘶啞得像是砂紙磨石頭，他抬了抬權杖，周圍倒在地上還沒醒過來的失控寶可夢又晃晃悠悠爬起來，身上的黑霧比剛才更濃了，“不過今天，你們都得留在這，成為我黑暗軍團的養料。”
趙凡把精靈球攥得更緊，夥伴們立刻聚攏到他身邊，每個人身上都亮起了準備戰鬥的光芒，巨獸也往前踏出一步，吼聲震得黑袍人的衣襬都在抖。“不管你是誰，想把這片大陸變成黑暗的巢穴，我們第一個不答應。”趙凡往前邁出一步，腳下的土地順著淡藍色的光芒重新泛起綠色，他看著黑袍人，眼睛亮得像燃著一團火，“動手!”
金色的龍之怒、紫色的暗影球、帶著破空聲的拳擊撞在一起，能量爆炸的光芒映亮了整個山谷，黑夜都像是被劈出了一道亮口子，這場關乎整個大陸命運的戰鬥，才剛迎來最兇險的高潮。
黑袍人驟然揮下權杖，地面崩裂出黑色裂隙，粘稠的黑暗能量像活過來的毒蛇順著裂隙往外翻湧，被沾到的草葉瞬間發黑腐爛，連泥土都在滋滋冒著蝕骨的黑氣。巨獸猛踏前爪，淡藍色的光罩像撐開的傘把腐蝕黑氣擋在外頭，可光罩上不停泛起的漣漪還是說明了對手的力量有多恐怖。趙凡盯著黑袍人權杖頂端跳動的黑寶石，忽然想起爺爺筆記裡寫的，百年前那個黑暗組織就是靠著“暗魂晶”操控寶可夢，這種晶石能放大寶可夢心底的慾望，一點點把它們的理智啃噬乾淨，最終變成只知道殺戮的傀儡，而面前這個人，顯然就是當年漏網的餘孽，甚至還攢夠了力量死灰復燃。
耿鬼第一個繞到側面發動突襲，暗影球裹著幽紫色的光砸向黑袍人後背，誰知道對方連頭都沒回，只是揮了揮黑袍袖子，一道黑影就把暗影球彈了回來，力道比之前還猛三倍。耿鬼趕緊飄進樹影裡躲開，粗糲的黑氣擦著它的鬼火掃過，半邊鬼火都瞬間暗了下去，看得袋龍眼紅得冒火，怒吼著衝上去，沙包大的拳頭帶著破風聲響砸向黑袍人面門。黑袍人不閃不避，權杖往前一遞，杖尖就點在了袋龍的拳頭上，一股鑽心的黑氣順著袋龍的手臂往身體裡鑽，袋龍悶哼一聲往後退了好幾步，胳膊上的肌肉都在不受控制地發抖，黑色紋路己經順著胳膊爬在了肩膀上。
“不好!”趙凡趕緊掏出精靈球想把袋龍收回來，可黑袍人哪裡會給機會，權杖一轉，十幾道黑刃就朝著趙凡飛過來。鋼鐵海龍獸橫過身子擋在趙凡前面，黑刃撞在它的鋼鐵裝甲上，濺起一串火星，愣是連一道白印都沒留下，鋼鐵海龍獸趁著對方舊力剛盡，低頭朝著黑袍人的腰狠狠撞過去，這一撞要是撞實了，哪怕是岩石都得碎成兩半。可黑袍人突然化作一團黑霧消散，再出現時己經站在了巨獸的頭頂，權杖狠狠紮下去，黑暗能量順著巨獸的鱗甲往它身體裡灌，巨獸吃痛發出震天的怒吼，晃著腦袋想把黑袍人甩下來，可那層黑氣像粘在了骨頭上，怎麼甩都甩不掉。
淡藍色的光芒越來越暗，巨獸的動作也慢慢慢了下來，周圍的黑霧還在不停往這邊湧，快龍在空中急得不停盤旋，一連三發龍之怒轟過去，都被黑袍人用黑霧擋開，反震的力道震得快龍翅膀都在發麻。趙凡攥著懷裡那塊從暴走寶可夢身上取下的暗魂晶，忽然發現懷裡的晶石在發燙，而且和權杖上那顆晶石產生了奇妙的共鳴——原來這塊碎晶就是當年封印黑暗勢力時碎裂掉下來的碎片，它本身就和核心晶石同根同源!趙凡心裡猛地冒出一個大膽的想法，他對著快龍喊了一聲，指著自己手裡的碎晶，快龍瞬間明白了他的意思，深吸一口氣，把全身的龍之力量都聚在了碎晶上。
金紅色的龍之力裹著淡藍色的巨獸殘餘光勁，把整塊碎晶燒得發亮，趙凡拼盡全身力氣把碎晶擲了出去，碎晶像一道金色的閃電，首首朝著黑袍人權杖頂端的核心晶石飛過去。黑袍人終於變了臉色，他慌慌張張想去擋，可耿鬼己經從他腳下的影子裡鑽出來，一記暗影拳狠狠砸在了他的腿彎，黑袍人一個趔趄，就這麼眼睜睜看著碎晶撞在了核心晶石上。
兩塊同根同源的晶石撞在一起，沒有想象中的爆炸，反而散發出一圈柔和的黑光，那些被操控的黑霧突然像失去了主心骨，紛紛開始往晶石裡鑽，爬在寶可夢們身上的黑色紋路也一點點褪去，袋龍晃了晃胳膊，剛才還發麻的痛感己經消失得無影無蹤。黑袍人看著權杖上慢慢開裂的核心晶石，發出不敢置信的尖叫：“不可能!這可是我攢了一百年的力量!”他瘋了一樣想去搶晶石，可巨獸己經猛地抬頭，攢起全身僅剩的淡藍色光芒，一掌拍在了黑袍人胸口。
黑袍人像斷了線的風箏飛出去，撞在一棵老松樹上，青銅面具掉在地上，露出一張滿是皺紋的臉，正是當年那個黑暗組織的副首領，當年首領被封印，他靠著裝死才躲過了一劫，藏在這深山裡攢了一百年力量，就等著重新把大陸拖進黑暗。可他終究還是敗了，核心晶石吸完了所有黑暗能量，裂開一道道縫隙，最後碎成了一地粉末，失去能量支撐的黑袍人，身體也跟著一點點化作飛灰，只留下一聲不甘的嘆息散在風裡。
清晨的第一縷陽光穿透樹林落在草地上，被黑暗汙染的土地重新泛出綠色，鳥兒的鳴叫聲又回到了山谷裡。恢復理智的寶可夢們三三兩兩從樹林裡走出來，對著趙凡他們低叫致謝，慢慢散回了自己的領地。趙凡靠在快龍的翅膀上擦了擦汗，抬頭望著遠山盡頭剛升起的朝陽，知道這一場戰鬥結束了，但大陸上說不定還有其他藏在陰影裡的邪惡勢力，等著他去把它們揪出來。
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