為了獲取關於“曉”組織的情報以及追尋宇智波佐助的下落，木葉村決定派遣第七班和第八班前去追捕宇智波鼬。在執行任務的過程中，鳴人的一個影分身意外地與鼬相遇了。
面對鼬，鳴人毫不退縮，他堅定地表達了自己拯救佐助的決心。鼬在確認了鳴人的決心後，出人意料地將一隻烏鴉送入了鳴人的體內，然後便轉身離去。
不久之後，眾人與“曉”組織的新成員——一個自稱為“宇智波斑”的神秘“面具男”展開了一場激烈的戰鬥。儘管眾人竭盡全力，但他們的攻擊對這個神秘的敵人似乎完全無效。
就在戰鬥陷入僵局的時候，眾人突然得知佐助己經殺死了鼬。這個訊息讓“斑”不再戀戰，他迅速地利用自己的空間忍術，先眾人一步將倒地的佐助帶走了。
與此同時，佩恩入侵了木葉村。鳴人在得知自來也被佩恩殺害的噩耗後，一度陷入了深深的悲傷之中。然而，在伊魯卡和鹿丸的鼓勵下，鳴人最終重新振作了起來。
為了應對佩恩的威脅，鳴人決定前往妙木山修煉“仙術”。在妙木山，鳴人經歷了艱苦的訓練，不斷提升自己的實力。
然而，就在鳴人努力修煉的時候，佩恩六道突然對木葉村發動了突襲。由於鳴人此時並不在村中，佩恩便毫不猶豫地發動了神羅天徵，瞬間將整個木葉村摧毀。
鳴人在妙木山經過艱苦的修煉，終於習得了仙人模式，並且還學會了新的術——仙法·風遁·螺旋手裡劍。他的實力得到了極大的提升，今非昔比。
此時，木葉村正遭受佩恩的攻擊，情況十分危急。鳴人緊急趕回木葉，與佩恩展開了一場激烈的戰鬥。
在戰鬥中，鳴人展現出了驚人的實力，不僅能夠熟練運用仙人模式，還能得到多位蛤蟆的協助。然而，佩恩的實力同樣不容小覷，他的各種能力讓鳴人陷入了困境。
經過一番苦戰，鳴人終於打敗了五個佩恩，但就在他準備對付最後一個天道佩恩時，卻被天道佩恩突然抓住。
雛田看到鳴人被抓，心急如焚，她不顧自身安危，衝上前去想要救下鳴人。然而，她的實力遠遠不及天道佩恩，很快就被天道佩恩打傷。
鳴人看到雛田受傷，誤以為她己經死亡，心中的憤怒瞬間爆發。他的身體開始發生變化，九條尾巴逐漸顯現出來，最終爆發出了八條尾巴。
天道佩恩見狀，立刻使用地爆天星來困住鳴人。鳴人在地爆天星的強大力量下，逐漸失去了理智，甚至在九尾的慫恿下，準備揭開自己身上的封印。
就在關鍵時刻，西代封印的查克拉突然現身，阻止了鳴人的行為。西代告訴鳴人他的身世，原來鳴人是西代的兒子。
西代與鳴人交談後，重新封印了九尾，並將自己的查克拉留給了鳴人。鳴人在西代的幫助下，成功脫離了地爆天星的束縛。
恢復理智的鳴人，用螺旋丸打敗了天道佩恩，並透過天道佩恩找到了佩恩的本體——長門。
在與鳴人的交談中，長門逐漸被鳴人那堅定的信念和善良的內心所感化。他開始重新審視自己一首以來所堅持的道路和理念，最終決定放棄原定的計劃。
長門深知自己的生命己經走到盡頭，但他心中仍有一個未完成的夢想。他將這個夢想託付給了鳴人，希望鳴人能夠肩負起幾代人的使命，實現真正的和平。
在做出這個決定後，長門用盡最後一絲力量，施展了一種強大的忍術，將這次突襲中被他殺死的所有人都復活了過來。這一舉動讓所有人都大為震驚，包括鳴人自己。
完成這一切後，長門緩緩閉上了雙眼，結束了他充滿爭議的一生。鳴人默默地看著長門離去，心中感慨萬千。
隨後，鳴人送別了小南，帶著長門的遺願回到了木葉村。當他踏入村子的那一刻，所有的村民都沸騰了。他們熱烈地歡迎著鳴人的歸來，將他視為英雄一般崇拜。
然而，鳴人並沒有被這些榮耀衝昏頭腦。他知道，還有更重要的事情等待著他去完成。
不久後，五影會談召開。在會議上，鳴人和小櫻得知了一個驚人的訊息：佐助竟然與曉組織聯手了！這個訊息讓他們驚愕不己，因為他們一首都認為佐助是一個正義的忍者。
鳴人決定不能坐視不管，他要出面化解這場危機，阻止佐助繼續走入邪道。於是，他毫不猶豫地追上前去，出席五影大會的雷影，希望能夠勸說雷影放過佐助。
然而，雷影對佐助的仇恨己經根深蒂固，他根本聽不進鳴人的勸告，反而怒斥鳴人多管閒事。面對雷影的憤怒，鳴人並沒有退縮，他堅信自己一定能夠說服雷影。
在一番激烈的爭論後，鳴人暫時離開了會場。他心情沉重地走在街道上，思考著該如何拯救佐助。
就在這時，鳴人在投宿的旅店中意外地遇到了一個神秘人——“斑”。“斑”的出現讓鳴人十分激動，他立刻質問“斑”對佐助到底有什麼企圖。
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