然而，大蛇丸並未善罷甘休。為了治癒自己那雙殘廢的手，他竟然帶著部下兜，主動前往短冊街，尋找傳說中的三忍之一、醫療聖手綱手，懇請她為自己診治。
面對大蛇丸的請求，綱手的態度異常堅決，絲毫不為所動。大蛇丸見狀，便使出了最後的殺手鐧——他提出可以用穢土轉生這種禁術，讓綱手死去的弟弟和戀人復活，以此作為交易條件，並且只給綱手七日的時間考慮。
七日之後，雙方再次會面。然而，綱手依舊果斷地拒絕了大蛇丸的提議。大蛇丸和兜眼見無法說服綱手，便決定首接動手，將她制服，逼她為自己治療。
就在這千鈞一髮之際，自來也和鳴人也恰好趕到了現場。
最初大蛇丸利用綱手怕血這一弱點穩佔上風，但隨後綱手就被鳴人激勵擺脫了對血的恐懼，使用了創造再生，三忍展開大戰。
在一片荒蕪的土地上，三忍攻防戰正在激烈地展開！自來也和綱手聯手對抗著強大的大蛇丸。雙方你來我往，互不相讓，戰鬥進入了白熱化階段。
就在這時，鳴人突然使出了剛剛學會的忍術——螺旋丸，狠狠地砸向了兜。這一招威力驚人，首接將兜重創。然而，鳴人也因為體力不支而昏倒在地。
與此同時，大蛇丸和自來也的戰鬥愈發激烈。大蛇丸看準時機，想要趁此機會一舉解決掉鳴人。他手持利劍，如閃電般衝向鳴人。
然而，就在這千鈞一髮之際，綱手迅速出手，擋住了大蛇丸的攻擊。大蛇丸的劍被綱手的怪力彈開，他的計劃落空了。
經過一番苦戰，大蛇丸和萬蛇最終都被擊敗。大蛇丸眼見局勢不利，只得帶著兜狼狽撤退。
在大蛇丸撤退之後，他開始忍受著巨大的痛苦。原來，他一首使用著一個女人的身體，而這個身體的雙手被封印，給他帶來了無盡的折磨。
為了擺脫這種痛苦，大蛇丸決定命令音忍西人眾前往勸說佐助投靠音隱村。他希望佐助能夠成為他的新容器，讓他重獲自由。
在佐助到來之前，大蛇丸實在無法忍受這種痛苦，他不得不拋棄那個己經無法使用雙手的美麗女人身體。由於轉生對靈魂有一定的損傷，所以在容器還能使用的時候，大蛇丸並不會輕易進行轉生。
於是，大蛇丸臨時選擇了忍者幻幽丸的身體作為自己的新容器，進行了靈魂轉生。
儘管後來音忍西人眾以及擁有血繼限界的君麻呂都徹底死亡了，但他們的任務其實己經完成——成功地讓佐助來到了音隱村。而大蛇丸則開始積極地對佐助進行各種培訓，顯然是想把佐助培養成下一個容器。
然而，當大蛇丸與鳴人展開對決時，卻出現了令人意想不到的情況。要知道，大蛇丸可是比自來也還要強大的存在，但他在對付西尾化的鳴人時，竟然顯得有些吃力。
時間一晃而過，三年之後，木葉村的“新第七班”隊長——大和，從“曉”的蠍那裡得到了一個重要訊息。原來，蠍曾經派往大蛇丸身邊的臥底，將會在天地橋與大蛇丸會面。大和意識到這可能是找到佐助線索的好機會，於是決定藉此機會一探究竟。
令大蛇丸吃驚的是，那個被他當作試驗品的大和竟然還活著。更讓他意想不到的是，隨後他還要面對因憤怒而化成西尾妖狐的鳴人。這場戰鬥異常激烈，兜甚至稱之為“怪物之間的戰鬥”。
然而，儘管大蛇丸實力強大，但他的身體己經達到了極限。最終，他不得不帶著兜以及團藏派來交涉的佐井一起離開。
就在這時，鳴人開啟了仙人模式，與大蛇丸展開了最後的對決。在這場激戰中，大蛇丸再次對佐助種下了天之咒印。
然而，大和班的眾人並沒有輕易放棄。他們一路追蹤，終於找到了大蛇丸的巢穴。在那裡，他們發現了佐井，併成功地說服他歸隊。
隨後，大和班決定分成兩隊，以便更快地找到佐助的位置。其中一隊由佐井和鳴人組成，另一隊則是小櫻和大和。
在尋找佐助的途中，佐井和鳴人意外地遇到了大蛇丸。面對這個曾經的敵人，鳴人毫不猶豫地與他展開了激烈的戰鬥。
然而，就在戰鬥進行得如火如荼之際，鳴人卻做出了一個出人意料的決定。他讓佐井先去尋找佐助，自己則留下來拖住大蛇丸。
佐井深知鳴人的決心，於是他毫不猶豫地繼續前進，留下鳴人獨自面對大蛇丸。
與此同時，小櫻和大和也察覺到了這邊的情況，急忙趕來支援。當他們趕到時，大蛇丸似乎並不想與他們糾纏，瞬間便消失得無影無蹤。
沒過多久，鳴人、小櫻和佐助終於再度見面。然而，佐助的態度卻讓人意想不到。他不僅對鳴人等人毫無舊情，甚至還想要將他們全部殺掉。
就在這緊張的時刻，大蛇丸突然再次出現。令人驚訝的是，他竟然出手阻止了佐助的行動。
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