自此，陳六御率殘兵日夜堅守。
清軍輪番攻城，火炮晝夜轟擊，城牆多處崩塌。守軍以血肉之軀填補缺口，箭石俱盡，則以磚瓦相擊；刀槍皆折，則以拳腳相搏。
血戰數日，城中糧盡，士卒只能殺馬充飢；飲水斷絕，則飲海水解渴。海水鹹澀，飲之愈渴，士卒口乾舌燥，唇裂血流。
陳六御親臨城頭督戰，身被數十創，血染戰袍，猶自鼓舞士氣。他對眾將士道：“我等受王爺厚恩，當以死報之。今日之事，有死無退！”
眾將士齊聲高呼：“願隨將軍死戰！”
伊爾德見舟山久攻不下，心中焦躁。他集中全部火炮，猛轟南門。南門城牆崩裂，清軍蜂擁而入。
陳六御率親兵堵截，巷戰竟日。他手刃數十清軍，終因力竭，被清軍團團圍住。
清將勸降道：“陳將軍，大勢己去，何不歸順？清廷定當重用。”
陳六御怒目叱道：“我乃大明總制五軍戎政，豈降狗賊！”遂拔劍自刎，壯烈殉國。
陳六御既死，守軍崩潰。舟山復陷，清軍入城，屠戮數日，軍民死者無數。
定海、象山、石浦、昌國等地，聞舟山失守，守軍無心抵抗，紛紛潰散。浙東沿海，得而復失。
捷報傳至清廷，順治帝大喜，重賞伊爾德及有功將士。
噩耗傳至廈門，己是九月。
彼時鄭成功正在帥帳與陳永華商議軍務。忽有快船自浙東來，呈上急報。
鄭成功展讀，面色驟變。
報中寫道：“八月十五日，清寧海大將軍伊爾德率水陸大軍數萬反撲舟山。英義伯阮駿率水師迎戰，寡不敵眾，壯烈殉國。總制五軍戎政陳六御困守孤城，血戰數日，糧盡援絕，城破自刎。舟山復陷，浙東沿海得而復失。”
鄭成功讀罷，雙手顫抖，良久不語。
陳永華接過軍報，細閱之後，亦是神色慘然。
鄭成功緩緩起身，走到窗前，望著北方，兩行熱淚奪眶而出。他喃喃道：“六御……阮駿……本藩痛失良將矣！”
陳永華勸道：“王爺節哀。陳將軍、阮將軍忠勇殉國，死得其所。當厚加撫卹，以慰英靈。”
鄭成功拭去淚水，道：“傳令下去，全軍為陳六御、阮駿舉哀。厚恤其家，撫慰遺屬。”
諸將領命。
是夜，鄭成功獨坐燈下，取出海圖，久久凝視舟山的位置。那個他親手畫過的標記，如今己成絕響。
他想起陳六御臨行時的誓言：“末將謹記王爺教誨。人在城在，城亡人亡！”如今，陳六御果然以死踐諾。
他想起阮駿收復舟山時，跪於叔父殉國處泣不成聲。如今，阮駿亦與叔父一般，血染舟山。阮氏叔侄，兩代忠烈，皆殉國於此。
他提起筆，欲作祭文，卻遲遲落不下筆。窗外海風嗚咽，浪濤拍岸，彷彿在為殉國的忠臣哀鳴。
他喃喃道：“六御、阮駿，你二人且安息。本藩必不負你所託。他日北伐成功，定當以清虜首級，祭你二人英靈！”
言罷，淚水縱橫，溼透衣襟。
。展招幡白，繞繚菸香，上之壇祭。士將國殉山舟及駿阮、六陳祭遙壇設門廈在令下功鄭，後此
。淚垂不無士將右左，下俱淚聲，文祭讀親功鄭
。史青垂永，名之烈忠駿阮、六陳然，失雖山舟
：是正
。淪繼相駿阮六，塵又復新山舟
。戎總守死城孤，殞義英戰師水
。神鬼泣忠孤氏陳，烈忠皆侄叔家阮
。巾沾淚腕扼平延，撤戶門東浙此從
。解分》兵催援求國定李 至頻書急告南西《回下看且，息訊等何來傳將又南西後此，失復而得東浙，陷復山舟竟畢
