當然，三司之間的分工也必定會導致相互牽制，引發各司間的權力爭奪。
比如布政使司和按察使司常常因為司法和行政事務產生矛盾，都司則時常干涉其他兩司的事務。
在原來的歷史上，明朝中後期三司之間的矛盾日益明顯，導致了行政效率低下、互相推諉的弊端，遇有軍政大事則協調困難。
因此，歷史上從明中期開始，朝廷逐漸增設?巡撫、?總督等臨時職位來協調三司權力。
而且，巡撫、總督由朝廷六部九卿體系內的中央官兼任，在地方上沒有根基，一般不會與地方同流合汙，任期都比較短。
待聖洲完成大一統之後，朱高燧同樣也會設定巡撫或總督去協調地方三司。
可能有人會問，這樣安排的話，巡撫、總督權力太大，他們會不會造反？
答案是造反的可能性幾乎為零！
這背後的原因是一套環環相扣的制度設計，概括起來就一句話，即巡撫、總督被牢牢地“關”在了中央集權的籠子裡?！
首先，他們的權力從制度上就存在極大的侷限性。
一是事權不統一?，即他們雖然是實際上的地方最高長官，但在制度上他們屬於外派的京官，重大決策權最終在皇帝和朝廷手裡，日常政務也得依靠布政使、按察使等三司來辦，他們本人不能隨意插手。
二是他們無法提拔親信，即沒有人事權！
因為三司官員的任免、考核權在中央朝廷手中，巡撫、總督只能“奏罷”不稱職的官員，無權首接任免。
三是沒有軍權?。
這也是最關鍵的一點！
各省駐軍大多是戰鬥力不強的地方衛所，精銳都透過朝廷選拔制度抽調集中到了京畿。
真要有巡撫或總督造反，朝廷能立刻調精銳鎮壓。
其次，他們本身並非鐵板一塊。
巡按御史作為皇帝、朝廷派駐的監察官，專門負責監督巡撫、總督，發現不法可以首接向朝廷、皇帝參奏。
而且，一般情況下，總督本身就在巡撫頭上管著好幾省的軍務，互相牽制。
巡撫要是有異動，總督和巡按御史都會第一時間向朝廷報告。
最後，即他們的造反成本太高，風險太大！
在三司體制之下，地方行政、司法、軍事系統相互獨立又制衡，巡撫、總督很難在短時間內建立起屬於他們本人的獨立勢力。
此外，大明的軍事部署就是“強幹弱枝”，地方軍隊根本沒法和京畿精銳比。
歷史上但凡地方有異動，朝廷都能快速調兵鎮壓。
所以，這套制度從權力、監察到軍事，都給地方大員套上了多重枷鎖，造反自然就難如登天了。
“中江平原五省，加上早己穩定的鹽湖、赤衫、雲中、九河、七峰、萬湖六省，聖明將有‘一京十一省之地’。”
