河中地區其他的古城還有伊斯塔拉夫尚、卡爾希、彭吉肯特、沙赫裡薩布茲等。
伊斯塔拉夫尚（Istaravshan），位於苦盞西南70公里、tu厥斯坦山北麓，是古塔吉克人建造的城市。亞歷山大大帝佔領該城後，賜名為“塞洛普”（Cyropol）。我國戰國時期，安息帝國（即帕提亞王朝）稱它為“克爾城”（Kir）。我國漢代時期稱為“大宛城”，即大宛國的都城，張謇出使西域時就到過這裡。阿拉伯人佔領此城後，改名為“伊斯塔拉夫尚”。從伊斯塔拉夫尚沿著亞格諾布河谷翻越阿賴山脈主脊，再沿著瓦爾卓布（Varzob）河谷南行，就能到達蘇爾漢河谷的吉薩爾城（也稱希薩爾城）。
卡爾希（Karshi），位於撒馬爾罕西南130公里的卡爾希綠洲中心。成吉思汗時期建城，長春真人丘處機訪問該城時，稱它為“那色波”。察合臺汗國時期改名為“卡爾失”。帖木兒佔領該城後，在此築城堡，並將城市該為“卡爾希”（Karshi））。
彭吉肯特（Panchakent），位於撒馬爾罕東60公里的澤拉夫尚河河谷。古雅利安人來到西域後，有5戶人家在此定居。後來他們在該地建城，稱為“索格迪亞納”（Sogdiana）,是西域最古老的城市之一。古雅利安人還以該城為中心，建立了“索格迪亞納”城邦。亞歷山大大帝東征時摧毀了該城，亞歷山大大帝死後又重建了城市，改名為“彭吉肯特”，意為“五個定居點”。
沙赫裡薩布茲（Shakhrisyabz），位於撒馬爾罕南70公里。漢代時期稱為“渴石城”（Kesh），為史國的都城。東察合臺時期，帖木兒就出生在該城。帖木兒建立帝國後，在該城建了新的宮殿，作為帝國的陪都，將該城稱為“沙赫裡薩布茲”（Shakhrisyabz）。
在突厥斯坦城西北約280公里的錫爾河中下游有一片面積約1萬平方公里的綠洲，因那裡長滿著蘆葦，哈薩克人便把它稱為“卡姆斯特卡拉”（Kamstra），意為“蘆葦之地”（今稱克孜勒奧爾達）。
在錫爾河的下游有一片面積約7千平方公里的綠洲及面積約1600平方公里的三角洲溼地，那裡佈滿著很多沼澤，沼澤周圍不僅長有蘆葦，也長滿著樹木、灌木，哈薩克人把那片綠洲稱為“庫姆巴扎爾”（Kumbazar），把錫爾河三角洲稱為“塔斯塔克”（Tastak）。
目前，錫爾河中下游的卡姆斯特卡拉、庫姆巴扎爾、塔斯塔克都是哈薩克人的牧地。今後我們佔領錫爾河流域後，可以在卡姆斯特卡拉、庫姆巴扎爾、塔斯塔克等綠洲內填平沼澤、開墾荒地、開挖灌溉渠道後，用來種植水稻、麥子等農作物。不過，由於錫爾河的泥沙量很大，大量的泥沙衝入鹹海後，導致鹹海東海岸線每年都有變化，因此今後開發利用錫爾河時，要綜合考慮錫爾河流域的平衡發展，否則會引起錫爾河下游的鹽鹼化，甚至會導致鹹海水面面積大減，影響整個鹹海地區的生態環境。
突厥斯坦城、塞蘭城的北部是卡拉套（Karatau）山。卡拉套山北部流淌著塔拉斯河（Talas River），在唐代稱為“怛羅斯河”。它發源於南天山西延的餘脈塔拉斯山（也稱塔拉斯阿拉套山）、吉利吉斯山（今稱吉爾吉斯山）之間的峽谷，自峽谷流出後，一直向西流，到吉利吉斯山西端後，折向北流約50公里，再拐向西北流，最後消失在穆雲庫姆（Muyunkum）沙漠，全長約660公里。
在吉利吉斯山西端的塔拉斯河畔有一座古城——塔拉茲城，該城是北匈奴人強迫康居人建造的，唐代時稱為“怛羅斯城”，是絲綢之路上的重要城鎮。天寶五年（西元751年），高仙芝率領的唐朝安西都護府的軍隊在這裡與阿拉伯帝國的軍隊進行過激戰（史稱怛羅斯之戰）。花剌子模打敗西遼後，佔領了塔拉茲。成吉思汗西征花剌子模時，摧毀了塔拉茲城，派兵在此屯田，令耶律楚材管理該地區。金帳汗國時期重建了塔拉茲城，後被察合臺汗國奪取。哈薩克汗國崛起後，塔拉茲城被哈薩克人佔領。
吉利吉斯山的東南部是南天山北部的餘脈泰爾斯凱山脈（Terskey Range，也稱泰爾斯凱阿拉套山）。東北部是昆格山（Kungey Range，也稱孔根阿拉套山、倫蓋阿拉套山）、外伊犁山脈，泰爾斯凱山與昆格山脈之間有個大湖，我國史書上曾稱它為“熱海”、“清池”，蒙古人稱它為“特穆爾圖淖爾湖”，吉利吉斯人稱它為“伊塞克湖”。伊塞克湖東西長約178公里，南北寬約60公里，湖面面積約6236平方公里，湖面海拔約1607米，平均水深278米，最大水深702米，為不凍鹹水湖。
費爾干納山脈、塔拉斯山脈、泰爾斯凱山脈與南天山餘脈古瑪塔格山脈（今喀什北部的山脈）圍成了一個面積約1.3萬平方公里的盆地，因盆地內有納倫河流過，故將該盆地稱為“納倫盆地”。
伊塞克湖地區、納倫盆地內有眾多溝谷，溝谷兩岸水草豐美，可以放牧。居住在那裡的主要是布魯特人，他們以放牧為主，也有部分佈魯特人在伊塞克湖沿岸開墾了少量耕地種植莊稼。
錫爾河中游、塔什干、費爾幹納盆地原是察合臺汗國的土地，察合臺汗國分裂後，塔什干、費爾幹納盆地成為東察合臺汗國的領地，而西察合臺汗國被帖木兒帝國吞併。
哈薩克人脫離烏茲別克人的統治後，東察合臺的也先不花接納了哈薩克人，並把庫奇巴什（位於楚河、塔拉斯河之間）一帶劃給哈薩克人放牧。烏茲別克人的昔班尼為了打敗帖木兒，曾向東察合臺借兵。也即東察合臺都曾是哈薩克人、烏茲別克人的恩主。但不久後哈薩克人、烏茲別克人就都背叛了恩主，從東察合臺那裡奪取了大片土地。因此東察合臺的後裔葉爾羌人與哈薩克人、烏茲別克人有不共戴天之恨，一百年多來，哈薩克人、烏茲別克人、葉爾羌人圍繞著費爾幹納盆地、塔什干，不斷重複著“三國演義”。
成化四年（1468年），哈薩克人趁烏茲別克的阿不勒海爾汗去世之際打敗烏茲別克人，迫使繼位的昔班尼逃往帖木兒帝國的tu厥斯坦城。隨著軍事上的勝利，哈薩克人就向恩主東察合臺發起了進攻，奪取了東察合臺的大片土地。弘治十六年（1503年），昔班尼打敗昔日的恩主、東察合臺的馬哈木汗，佔領了塔什干、費爾幹納盆地。正德五年（1510年），哈薩克哈斯木汗趁昔班尼與波斯人發生衝突時，打敗了烏茲別克人，佔領了塔什干，同時佔領了錫爾河中游的tu厥斯坦城，控制了錫爾河流域，並不斷威脅費爾幹納盆地。昔班尼戰死後，他的侄子速雲赤繼位，於正德七年（1512年）打敗入侵河中地區的巴布林後，乘勝反擊哈薩克汗國，奪回了塔什干。正德八年（1513年），哈薩克人與東察合臺人建起聯盟，共同對抗烏茲別克人。正德九年（1514年），退到塔里木盆地的賽依德建立了葉爾羌汗國後，被喀爾喀蒙古擠壓到阿爾泰山西部的衛拉特蒙古進攻葉爾羌、哈薩克，烏茲別克人也從南部進攻哈薩克，哈薩克、葉爾羌就於嘉靖四年（1525年）結盟，對抗烏茲別克、衛拉特蒙古。待打敗烏茲別克人、衛拉特蒙古人後，哈薩克汗國就撕毀協議，進攻葉爾羌汗國。嘉靖十二年（1533年），拉失德繼承葉爾羌汗位後，為了對付哈薩克人的入侵，與宿敵烏茲別克人結盟，打敗了哈薩克人。萬曆二十年（1592年），布哈拉汗國趁葉爾羌大汗阿布都哈林（也稱阿布都克木）去世之機，出兵10萬進攻葉爾羌汗國，經血戰，繼位的葉爾羌大汗馬黑麻打敗了布哈拉人。萬曆二十六年（1598年），哈薩克汗國的塔吾克勒汗趁烏茲別克人分裂，內部諸侯割據嚴重時，與葉爾羌汗國結盟，率軍10萬進攻布哈拉汗國，在佔領了費爾幹納盆地、塔什干後，圍困了布哈拉城。危急時刻，布哈拉汗國的各封建領主同仇敵愾，組成聯軍，擊退了圍困布哈拉的哈薩克人。此後，葉斯木汗（也稱額斯木汗）繼位，他為了對付北部的衛拉特蒙古人，與布哈拉簽訂了和約，規定撒馬爾罕地區、塔什干城地區、費爾幹納盆地在240年內歸哈薩克汗國管轄。哈薩克、布哈拉簽訂和約後，葉斯木汗專心對付衛拉特蒙古。不過，葉斯木汗為了防備烏茲別克人撕毀條約，在塔什干設有總督，還駐有重兵，稱為“南方軍團”。天啟七年（1627年），葉斯木汗的堂叔、塔什干總督吐爾遜·穆罕默德發動叛亂，被葉斯木汗平定，隨後葉斯木汗就派烏孫部首領加朗脫思（也叫加藍托斯）擔任塔什干總督。
萬曆四十七年（1619年）阿不都·拉提甫繼承葉爾羌汗位，天啟七年（1627年）葉爾羌汗國趁哈薩克汗國剛剛平定吐爾遜·穆罕默德的叛亂之機，出兵進攻哈薩克汗國，佔領了費爾幹納盆地、塔什干，將疆土基本恢復到了東察合臺汗國時期。崇禎三年（1630年），阿不都·拉提甫去世後，葉爾羌汗國陷入了內亂，哈薩克汗國趁機又奪回了費爾幹納盆地、塔什干。崇禎十一年（1638年）吐魯番總督阿不都拉哈率軍進入葉爾羌城，終於再次統一了汗國，穩定了局勢。崇禎十三年（16si0年），阿不都拉哈西征費爾幹納盆地，被盆地內的吉利吉斯人偷襲，死傷慘重，不得不退回葉爾羌城。崇禎十五年（16si2年）布哈拉汗國的納迪爾·穆罕默德繼位後，因治國無方，國內的烏茲別克部落形成了很多聯盟，實行領地自治化，納迪爾·穆罕默德不得不到處平亂。崇禎十六年（16si3），阿不都拉哈再徵費爾幹納盆地，仍然無功而返。此後，阿不都拉哈專注於發展經濟，將政務交給了黑山派的和卓們管理。
“和卓”來自於波斯語，意為“貴族”、“宦官”，幾經演變後，在西域的YSL教用語中成為“聖裔”的意思，也即是阿拉伯哈里發的後裔，代表著神聖的血統和身份。葉爾羌汗國從薩亦德（也稱薩義德）汗便信奉YSL教蘇菲派中的納克什班底教派，拜來自河中地區的納克什班底教派第三代教長阿和拉爾之孫玉蘇甫為師，這個“玉蘇甫”就號稱“和卓”。納克什班底教派在第五代教長馬哈圖木去世後，就出現了分裂。馬哈圖木長子額敏一派的教徒因戴白帽子，被稱為“白山派”，他們主要在喀什噶爾一帶傳教，也獲得了居住在納倫盆地、伊塞克湖地區的布魯特人的支援。馬哈圖木四子伊斯哈克一派因戴黑帽子，被稱為“黑山派”，他們除了在都城葉爾羌一帶傳教外，還在於闐（今和田）、阿克蘇、吐魯番一帶傳教，還獲得了居住在帕米爾高原一帶的布魯特人的支援。馬黑麻在做王子時，就拜伊斯哈克為師。馬黑麻繼承汗位後，伊斯哈克就成了“國師”。萬曆二十年（1592年），布哈拉汗國進攻葉爾羌汗國時，黑山派協助馬黑麻作戰，動員了大量教徒加入了軍隊，為擊退布哈拉人立下了汗馬功勞。馬黑麻擊敗布哈拉人後，致力於發展經濟，而把政務交給了黑山派的沙迪和卓。馬黑麻去世後，黑山派繼續幹預國政。黑山派的成功，刺激了白山派，於是在泰昌元年（1620年），白山派的玉素普也來到了葉爾羌，與黑山派開始公開爭奪話語權，但因沙迪被封為“國師”，因此白山派一直被黑山派壓制著。天啟七年（1627年），葉爾羌汗國佔領費爾幹納盆地後，黑山派也進入了費爾幹納盆地，在費爾幹納盆地內大肆培植自己的勢力。哈薩克奪回費爾幹納盆地後，黑山派繼續在盆地內傳教，盆地內的烏茲別克領主也在黑山派的鼓動下，開始領地自治。
今後我們征服葉爾羌汗國、哈薩克汗國，如任憑黑山派、白山派干政，必將出亂子，因此必須嚴令他們不得干政，違者殺無赦。我們向塔里木盆地、費爾幹納盆地移民後，一定要在那裡建佛廟、道觀，推行宗教自由。如有阻擾建廟、觀者，或強制漢人改宗YSL教者，也必須嚴懲。
