西班牙人在征服哥斯大黎加後，開始把重點放在征服尤卡坦半島。
尤卡坦半島位於古巴島西南部，呈西南—東北走向，東側是加勒比海，北側、西側分別是墨西哥灣、坎佩切灣，南部是墨西哥的特萬特佩克（Tehuantepec）高原（由中美洲科勒迪拉山脈的低山丘陵構成）、瓜地馬拉的庫丘馬塔內斯山脈（Cuchumatanes Mountains，也稱庫丘曼塔內斯山脈，屬中美洲科勒迪拉山脈的支脈）。半島長約600公里、寬約320公里，面積約20萬平方公里，它的東南部就是貝里斯（Belize，也稱貝里斯）地區，面積約2.2萬平方公里。整個地勢呈南高北低，平均海拔不足200米，整體屬熱帶氣候，北部已熱帶草原為主，南部以熱帶雨林為主，年降水量在500-1000海米，東南部可達2000毫米，年平均氣溫在20-30℃。尤卡坦半島是瑪雅文化的搖籃之一，在西班牙人來到中美洲之前，生活在尤卡坦半島的瑪雅人有數百萬，建立了17個城邦國，過著漁獵、採集、農耕的生活，部落間也常常為爭奪地盤發生戰爭。
弘治十五年（1502年），哥倫布在巴拿馬北海岸的波託韋洛（Portobelo）海灣建造了聖瑪利亞·德貝倫城（Santa Maria de Belem，即後來的波託韋洛城）作為殖民據點後，西班牙任命胡安·德·瓦爾迪維亞（Juan de Valdivia）為當地的行政長官。正德六年（1511年），瓦爾迪維亞率10個西班牙士兵坐船準備去伊斯帕尼奧拉島（Hispaniola Island，即海地島）的聖多明戈城（Santo Domingo，也稱聖多明各）時，途中遇到風暴，將船飄到了尤卡坦半島東海岸，被當地的瑪雅人俘獲。瑪雅人將瓦爾迪維亞及其他8個士兵活祭了，只有二個士兵逃脫了，一個叫赫羅尼莫·德·阿吉拉爾（Geronimo de Aguilar），另一個叫貢薩洛·格雷羅（Gonzalo Guerrero）。阿拉吉爾、格雷羅在雨林中胡亂逃竄時，被另一個瑪雅人的部落抓住了，交給了在切圖馬爾（Chetumal）的部落酋長哈曼薩納（Hamansana）。哈曼薩納倒是沒殺他倆，把他倆留在身邊做奴隸。因格雷羅體格健碩，軍事素質較高，他替哈曼薩納訓練部落裡計程車兵，還打敗了其他幾個部落，獲得了哈曼薩納的信任，並把自己的女兒嫁給了他。
正德十二年（1517年），弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦（Francisco Hernandez de Cordoba）在遠征中美洲時發現了尤卡坦半島。
正德十三年（1518年），曾參加過征服古巴島的胡安·德·格里哈爾瓦（Juan de Grijalva）沿著墨西哥東海岸航行，偵查阿茲特克帝國時，也發現了尤卡坦半島。
正德十四年（1519年），科爾特斯征服阿茲特克帝國時，途徑尤卡坦半島的科蘇梅爾島，聽島上的酋長說對岸的尤卡坦半島上有幾個西班牙人，作為當地酋長的奴隸生活著。於是他令手下一名隊長帶著大量玻璃珠子、棉布前往尤卡坦半島，去尋找那幾個人。他們找到哈曼薩納後，哈曼薩納就釋放了阿拉吉爾。作為哈曼薩納女婿的格雷羅，已與妻子生了3個孩子，倒是一心一意想做瑪雅人，死活不願回去。阿拉吉爾給哈曼薩納做了8年奴隸後，終於獲得了自由，並加入了科爾特斯遠征阿茲特克帝國的隊伍，兼做翻譯。
嘉靖二年（1523年），科爾特斯遠征宏都拉斯，橫穿尤卡坦半島時，一路與遇到的瑪雅人進行作戰，在途徑酋長哈曼薩納的領地時，科爾特斯發現當地的瑪雅人竟然會利用構築碉堡、挖掘攔路壕溝（壕溝裡插上竹尖、木尖）來阻擊西班牙人，還會利用聲東擊西的戰術來打擊西班牙人。隨行的阿拉吉爾告訴科爾特斯，敵人的這些戰術都是格雷羅教的。科爾特斯派人與格雷羅聯絡，再次勸他歸隊，又遭到了格雷羅的拒絕。科爾特斯考慮到此次遠征的目的是平叛、征服宏都拉斯地區，如在此地多逗留，必將付出沉重傷亡，於是繞過了哈曼薩納的領地，趕往宏都拉斯。
嘉靖六年（1527年），科爾特斯在穩定了對墨西哥、瓜地馬拉、薩爾瓦多、宏都拉斯的統治後，令部將佛朗西斯科.德.蒙特霍（Francisco de Montejo）去征服尤卡坦半島。蒙特霍帶了380名士兵離開了韋拉克魯斯（Veracruz），先來到了被西班牙人佔領的科蘇梅爾島（Cozumel Island），然後以科蘇梅爾島為基地，在對岸登陸，建造了薩拉曼卡（Salamanca）城堡。當地的瑪雅人對西班牙人十分敵視，不斷襲擊入侵者。蒙特霍的部下為了填飽肚子，就四處搶劫。蒙特霍在薩拉曼卡待了一段時間後，適應了熱帶雨林氣候，就令下屬阿隆索·德·阿維拉（Alonso de Avila）及60個士兵留守薩拉曼卡，自己率大部分人馬深入內陸，征伐瑪雅人。瑪雅人對入侵的西班牙人不斷髮起襲擊，而遠征隊的騎兵在雨林中根本發揮不了作用，加上熱帶雨林引發的疾病，令蒙特霍的遠征隊不斷減員，迫使蒙特霍帶著餘部60多人逃回薩拉曼卡。等蒙特霍回到薩拉曼卡時，發現城堡內也只剩下了十幾個人。蒙特霍知道再也不能留在薩拉曼卡了，就下令撤退。到了海上後，遇到了風暴，把他們吹回了海岸，有幾條艦船因擱淺被毀。蒙特霍就令阿隆索·德·阿維拉率一部分人走陸路去宏都拉斯，自己坐船去宏都拉斯。
蒙特霍的船隊路過格雷羅所在的切圖馬爾地區後，他上岸求見格雷羅。此時的格雷羅因善於與西班牙人作戰，成了附近幾個部落聯盟的首領。格雷羅在切圖馬爾接見了蒙特霍，對他說道，我不能幫你來征服我們瑪雅人，我也希望能與你們和平相處。蒙特霍遭到格雷羅的婉拒後，只得作罷，趕到了宏都拉斯。
阿隆索·德·阿維拉率領的陸上分隊在逃往宏都拉斯的路上，也必須經過格雷羅的地盤，他們遭到了格雷羅帶領下的瑪雅人士兵的一路至少，終於到達宏都拉斯，與蒙特霍匯合了。蒙特霍的第一次遠征尤卡坦就這樣以失敗告終。
嘉靖十年（1531年），蒙特霍又一次遠征尤卡坦半島，還帶上了他的兒子小蒙特霍。這次他沒有選擇尤卡坦的東海岸，而是選擇在西海岸登陸。他在坎佩切登陸後，對周邊的瑪雅人進行了奇襲。當地的部落酋長在戰敗後，投降了蒙特霍，併成為了他的盟友。蒙特霍率部繼續向內陸挺進，來到了印第安人托爾特克（Toltec）部落的境內。
托爾特克部落本並不屬於瑪雅人，有他們自己的文化，特別善於雕刻、建築、繪畫。他們原先居住在墨西哥北部，在我國唐朝時期，他們來到了尤卡坦半島，取代了當地的瑪雅人，建立了奇琴伊察（Chichen Itza）城邦，慢慢的也成了瑪雅人的一部分。後來，瑪雅人之間發生了內亂，波及奇琴伊察城邦，城市遭到了嚴重損毀，幾乎成了廢墟。
蒙特霍來到奇琴伊察後，宣佈西班牙擁有這裡的主權，並打算將它作為西班牙早尤卡坦的都城。誰知幾個月後，發動起義的瑪雅人將西班牙人趕出了奇琴伊察地區。
嘉靖十一年（1532年），蒙特霍奉命去平定宏都拉斯地區印第安人的起義，他就令兒子與阿隆索·德·阿維拉留下，繼續征服尤卡坦半島，自己去了宏都拉斯。
嘉靖十二年（1533年），小蒙特霍再次來到了奇琴伊察城，建立了殖民據點，而阿隆索·德·阿維拉在尤卡坦半島深處也建立了一個殖民據點。然而到了年底，尤卡坦半島上的瑪雅人聯合了起來，對入侵者發起了猛烈進攻。小蒙特霍、阿隆索·德·阿維拉建立的據點被焚燬，他們被迫逃到了坎佩切城。隨後，訓練有素的瑪雅人兵臨坎佩切，西班牙人不得不再次逃跑，逃到了坎佩切城西南60公里的昌波通城（Champoton，也稱錢波通）。昌波通城是正德十二年（1517年）弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦來到尤卡坦半島劫掠時建立的殖民點，他在昌波通附近與瑪雅人戰鬥中負傷後，逃回了古巴島，昌波通城隨後廢棄。正德十四年（1519年），科爾特斯遠征阿茲特克帝國帝國時，摧毀了瑪雅人的特奧城，重建了昌波通城。小蒙特霍、阿隆索·德·阿維拉逃到昌波通後，尤卡坦半島的瑪雅人圍困了昌波通，迫使小蒙特霍、阿隆索·德·阿維拉於嘉靖十四年（1535年初）放棄了昌波通，逃回了韋拉克魯斯。
嘉靖十五年（1536年），阿爾瓦拉多統治下的宏都拉斯北部烏盧阿河（Ulua River）流域發生了瑪雅人的武裝起義。格雷羅率50艘大獨木船趕到烏盧阿河，增援兄弟部落。當格雷羅身先士卒殺向西班牙人時，不幸中彈身亡。這場瑪雅人的起義隨後也被西班牙人鎮0壓了。
嘉靖十九年（1540年），蒙特霍被任命為尤卡坦都督，小蒙特霍又帶著西班牙士兵殺到了尤卡坦半島，首先征服了西尤卡坦西部的瑪雅人修（Xiu）城邦。修城邦曾是尤卡坦半島西部最大的城邦，嘉靖十四年西班牙人從昌波通逃走後，瑪雅人內部發生了內亂，修城邦的大部分王室成員遭到科科姆（Cocom）城邦的屠殺，於是修城邦就衰落了，被西班牙人輕易征服了。西班牙人征服修城邦後，利用修城邦的瑪雅人，對半島西部的瑪雅人進行分化，各個擊破，最終於嘉靖二十一年（1542年）春佔領了尤卡坦半島的西部、北部。隨後，小蒙特霍派堂弟向尤卡坦半島的東部推進。格雷羅死後，尤卡坦半島東部的科克華（Corkhua）城邦成了抵抗西班牙人的主要力量。那裡的瑪雅人儘管從格雷羅那裡學會了新的戰術，還學會了怎麼對付天花病毒，但沒有了統一指揮，對西班牙入侵者的戰鬥輸多贏少，尤卡坦半島東部終於在嘉靖二十三年（1544年）被西班牙人征服了，切圖馬爾被屠0城。
小蒙特霍得知堂弟征服了尤卡坦半島東部後，坐船從半島西部趕往東部，在科蘇梅爾海峽遇到風暴，其中一條船傾覆後，有十多名西班牙士兵隨波飄到了半島東海岸，他們上岸後被瑪雅人捕獲，隨後將他們全部處死。瑪雅人的祭司趁機宣揚，神靈將幫助他們打敗西班牙人，於是原先假投降的科克華（Corkhua）、丘普萊斯（Xiupryce）等城邦發動了小規模起義，但最終失敗了，科克華城邦的都城也遭到了屠0城。
小蒙特霍平定瑪雅人的起義後，對參戰計程車兵論功行償，將投降的瑪雅人作為奴隸，剝奪了瑪雅人的財產、土地，把它們分配給士兵及來自本土的西班牙貴族。此時的瑪雅人才知道上當了，但為時已晚，被迫接受了自己的奴隸身份。
嘉靖二十五年（1546年），尤卡坦半島上不堪忍受西班牙人殘酷剝削的瑪雅人爆發了大起義，東部所有的城邦幾乎都參加了起義。在西部坎佩切城（梅里達）的老懞特霍得知訊息後，迅速派出幾支部隊鎮壓，瑪雅人的起義在年底被破滅，數十萬瑪雅人遭到了屠殺，半島的西部、北部、東部徹底被西班牙人征服。
西班牙人還懷著對瑪雅人的巨大仇恨，燒燬了瑪雅人的神廟，將成千上萬冊瑪雅書籍收集起來後付之一炬，致使瑪雅文明脈絡快斷絕了。
為啥說瑪雅文明脈絡快斷絕了，而不是已經斷絕了呢？因為在尤卡坦半島的東南部還有一支瑪雅人沒有屈服。這支瑪雅人生活在尤卡坦半島東南部腹地的佩滕湖（Peten Lake）。
佩騰湖東西長約25公里，南北寬約4公里，面積約100平方公里，湖面海拔約80米，水深50米，周圍覆蓋著茂密的熱帶雨林。佩騰湖沒有出水河流，但四周的地質是石灰岩，地下有很多溶洞，湖水就由地下的溶洞向外排出。在佩騰湖地區居住的是瑪雅伊察（Itza）族人，因此佩騰湖也被稱為佩滕伊察湖。佩滕伊察湖的湖中有個小島，伊察城邦的都城塔亞薩爾（Tayasal）就設在這個小島上。
嘉靖二年（1523年），科爾特斯橫穿尤卡坦半島時，途徑佩滕伊察湖地區，當時的伊察國王表示願臣服。科爾特斯回到墨西哥後，就向伊察城邦派去了幾個傳教士，誰知他們都被伊察人趕了回來。這時，科爾特斯才知道當初伊察國王是假投降。不過考慮到地形、氣候等原因，科爾特斯也沒派兵去征服伊察人。蒙特霍佔領尤卡坦半島西部、東部後，伊察城邦接收了大量逃出來的瑪雅難民。
嘉靖二十五年（1546年），西班牙人佔領尤卡坦半島西部、北部、東部後，開始征服佩滕伊察湖地區。伊察人採取了權宜之計，表示願臣服。於是老懞特霍向伊察城邦派了幾個傳教士過去傳教，但不久伊察人就將傳教士轟了出去。老懞特霍這才知道伊察人是假投降，在他想繼續派兵征服伊察人時，自己病死了。
老懞特霍死後，西班牙尤卡坦半島的都督數次派兵進攻佩滕伊察湖湖，都無功而返。西班牙尤卡坦都督於是對伊察人採取軟硬兼施的辦法，但無論哪種辦法都沒能使伊察人屈服。近一百多年來，伊察人還在抵抗西班牙人的統治。
天啟三年（1623年），20名西班牙士兵和140名已皈依天主教的瑪雅人試圖進入佩滕伊察湖地區，遭到了伊察人的埋伏而被俘，他們全部被掏心掏肺，獻祭給了神靈。
天啟四年（1624年），幾十名西班牙天主教信徒正在距佩滕伊察湖只有幾十公里的鎮上做彌撒儀式，遭到伊察人的突襲，全部被殺。獲知訊息的尤卡坦總督派了一支軍隊深入佩滕伊察湖地區，不過還是以慘敗而歸。
。服征的人察伊對了停暫是於，區地的領佔已守鎮力兵的限有把如不還，湖察伊滕佩的中林雨帶熱於位征遠兵派再為認督都坦卡尤牙班西，後敗兵次這
。走趕島群度印從者民洲歐將，鬥戰人洲歐與島群度印去們他派，恨仇的人洲歐對們他用利後然，家國一統的人雅瑪個一立建坦卡尤在們他讓，們他裝武以可，後洲中領佔們我，士戰林叢的戰善勇驍是都人察伊
。區地斯里貝是就部東的湖察伊滕佩
。地產料木奪搶人牙班西與，區地海比勒加了到來也，後隊艦敵無的牙班西敗打國英。利其獲大後洲歐回運樹水墨、木紅的伐砍將人牙班西。”樹水墨“為稱它把是於，水墨做以可還，料染黑、紫做以可木樹種這現發裡那人克特茲阿、人雅瑪從們他來後，艙的舶船為作後伐砍，木樹種這了現發區地切佩坎的部西島半坦卡尤在人牙班西初最，”木蘇洋“也樹水墨。樹水墨、木紅產盛區地該。地民的牙班西了為淪也區地斯里貝，後部東坦卡尤服征人牙班西，）年6451（年五十二靖嘉
。走趕人國英把能沒也今至但，鬥戰次數了行進地產木原的區地斯里貝奪爭了為人國英與人牙班西，後此，點據了立建，陸登海沿斯里貝在）ecallaW（士萊華盜海國英，）年8361（年一十禎崇
。軍駐地民的們他在須必們我，掉不大尾，大坐後今們他備防，兒混、人著土殺屠們他止防了為，過不。地民個幾立建裡那在們他讓，頭甜些一們他給得總，洲南或洲中了去們他，然當。兵車程計國沃達、國喬、國爾吉桑、國端、國特納爾德、國瑙達京馬、國祿蘇靠得還要主，時鬥戰行進者民的洲中與後今此因，的來出走裡林叢帶熱從是都士戰的國丹蘇個幾上島老蘭棉而，虧大吃將必，區地林叢進自擅如，戰作林叢於善不還隊部他其，姆薩阿了去已部玉龍——隊戰特林叢支一一唯的練訓們我，是但。戰作人國英與要還，戰作人牙班西與要僅不，後洲中達到兵車程計們我
