西班牙人佔領薩爾瓦多、宏都拉斯地區後，開始了對尼加拉瓜地區的征服。
尼加拉瓜地區東部為海岸平原，長滿著茂密的原始森林；西部為沿岸低地，北中部為山地，多火山。最大的湖泊就是尼加拉瓜湖，該湖的北部還有一個大湖——馬那瓜湖（Managua Lake），東西長約60公里，南北寬約25公里，面積約1040平方公里，平均水深20米，湖面海拔39米，湖內多島嶼。尼加拉瓜湖、馬那瓜湖周邊有很多火山，如蒙巴科（Mombacho）火山、聖地亞哥火山、莫莫通博（Momotombo）火山、塞羅內格羅（Cerro Negro）火山等，有的是死火山，有的是活火山，隨時會噴發。尼加拉瓜地區屬熱帶海洋性氣候，年平均降水量1500-2500毫米，西部沿岸低地的降水量比東部平原要少得多。居住在尼加拉瓜地區的印第安人主要是喬羅特加諾族（Chorotegano）、尼加拉諾族（Niquirano）、喬恩塔爾族（Chontal）、莫斯基託族（Mosquito）等。喬羅特加諾族、尼加拉諾族、喬恩塔爾族主要生活在西部沿岸低地和中部山地，莫斯基託族主要生活在東部沿海（故尼加拉瓜的東海岸也稱莫斯基託海岸），他們分成許多部落，靠漁獵、採集為生，農耕較少。
吉爾·岡薩雷斯·德·阿維拉（Gil Gonzalez Davila，也叫岡薩雷斯·達維拉）在成為奧利德的手下時，曾於嘉靖元年（1522年）率100名西班牙人從尼加拉瓜東海岸登陸，他們深入內陸後，發現了一個大湖，因當地的一個酋長叫“尼加拉奧”，他們便把這個大湖稱為“尼加拉瓜湖”。岡薩雷斯·達維拉也發現很多土著人披金戴銀，心想這個地區一定有很多金礦、銀礦。他們對尼加拉瓜湖周邊的土著人一番劫掠後，因糧食不足，又遭到土著人的不斷襲擊，就退出了尼加拉瓜地區，沒有在當地留下任何據點。
嘉靖二年（1523年），巴拿馬總督佩德拉里亞斯·達維拉派部將埃爾南德斯·科爾多瓦（注：與發現尤卡坦半島的弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦不是同一個人）入侵巴拿馬以西地區。埃爾南德斯·科爾多瓦率100多名士兵離開巴拿馬城，來到了一個大海灣，乘坐帆船沿著巴拿馬南海岸向西航行，繞過巴拿馬的阿蘇埃羅（Azuero）半島後，繼續向西搜尋，來到了一個海灣，當地人稱“尼科亞”（Nicoya），於是這個海灣稱為“尼科亞灣”，海灣西部的半島稱為“尼科亞半島”。他們在海灣東岸登陸後，征服了當地的一個印第安人部落。當他們想繼續向內陸挺進時，遭到了印第安人的激烈抵抗。科爾多瓦見遠征隊戰死了好幾個人，就退到海岸邊，準備另找地方登陸。於是他讓手下一個叫布魯塞拉斯（ Brusuelas）的隊長帶幾個士兵留在被他們征服的印第安人部落，自己率部乘坐帆船沿著尼科亞半島西海岸向北搜尋。
西班牙遠征隊很快來到了尼加拉瓜西海岸。登陸後，埃爾南德斯·科爾多瓦和部將塞巴斯蒂安·德·貝拉爾卡薩爾（Sebastian de Belalcazar）一路殺向內陸，首先征服了尼加拉瓜湖、馬那瓜湖周邊的印第安人部落，然後殺向中部山區。經一年多的征戰，埃爾南德斯·科爾多瓦、塞巴斯蒂安·德·貝拉爾卡薩爾佔領了尼加拉瓜地區，將尼加拉瓜併入巴拿馬總督府。
嘉靖三年（1524年），埃爾南德斯·科爾多瓦為了加強對征服地區的統治，在尼加拉瓜湖西北海岸建造了格拉納達城（Granada），並在馬那瓜湖西北岸莫莫通博（Momotombo）火山腳下建造了萊昂城（Leon）。不久，西班牙人在馬那瓜湖西部的特利卡河（Rio Telica）上游河谷、在尼加拉瓜湖東部的米科河（Rio Mico）中游河谷發現了砂金礦，大批的土著人淪為了礦工。隨著土著人的大量死亡，西班牙人又運來了黑奴做礦工。
嘉靖十年（1531年），巴拿馬總督佩德拉里亞斯·達維拉去世後，尼加拉瓜地區劃歸瓜地馬拉都督府，由羅德里戈·德·孔特雷拉斯 (Rodrigo de Contreras)擔任都督 。
隆慶四年（1570年），尼加拉瓜地區劃歸瓜地馬拉都督府。
萬曆十六年（1588年），英國人擊敗西班牙的無敵艦隊後，頻頻來到尼加拉瓜東海岸，襲擊西班牙人在那一帶建立的莊園。海盜也經常出現在尼加拉瓜東海岸，並在東海岸建造了布盧菲爾茲港（Bluefields）。西班牙人在東海岸的莊園主在英國人、海盜的襲擊下，紛紛逃離。西班牙人與英國人為了爭奪尼加拉瓜地區，進行了多次戰鬥，但輸多贏少，英國人逐漸在尼加拉瓜東海岸佔據了優勢。
萬曆三十七年（1609年），一場大地震摧毀了萊昂城。次年，西班牙人在距馬那瓜湖西岸30公里的地方重建了萊昂城。
崇禎二年（1629年），英國人在距尼加拉瓜東海岸240公里的普羅維登斯島（Providencia Island）登陸，並在島上建立了殖民點。然後，英國人以普羅維登斯島為基地，開始逐步在尼加拉瓜東海岸建立殖民點。
崇禎十四年（16si1年），西班牙人把英國人趕出了普羅維登斯島，但英國人在尼加拉瓜東海岸還保留了一些莊園、貿易點，他們對當地印第安人的影響力甚至超過了西班牙人（注：歷史上正是由於這個原因，尼加拉瓜獨立後，在東部有2個自治區）。
西班牙人在征服巴拿馬、尼加拉瓜地區後，開始征服哥斯大黎加地區。
哥斯大黎加的東部、西部是沿海平原，中部是山地。沿海屬熱帶海洋性氣候，中部山地屬亞熱帶氣候。居住在哥斯大黎加的印第安人約有40萬，主要是布里夫裡族（Bribri）、博魯卡族（Boruca）和瓜圖索族（Gatuso），以漁獵、農耕為生。
弘治十五年（1502年），哥倫布在第四次遠航時，曾到過哥斯大黎加東海岸的卡里阿伊（Cariay，即今哥斯大黎加利蒙港（Limon）），並在此停留了18天。他在那裡見到土著人都帶著黃金首飾，於是把該地區稱為哥斯大黎加（ Costa Rica），意為“富饒的海岸”。
正德八年（1513年），巴爾沃亞率部離開海地島遠征巴拿馬時，也到過卡里阿伊，並建立了一個殖民點。
嘉靖二年（1523年），布魯塞拉斯受埃爾南德斯·科爾多瓦指派留在尼科亞灣東岸時，不僅建立了殖民點，還對被征服的印第安人村落建立了鎮政府。
科爾多瓦征服尼加拉瓜，趕回巴拿馬，向總督佩德拉里亞斯·達維拉報告了情況後，達維拉決定向哥斯大黎加地區增兵，從東、西兩個方向征服哥斯大黎加。但達維拉對哥斯大黎加的多次軍事征服，都遭到了土著人的激烈抵抗，西班牙人進展緩慢，僅在沿海征服了幾個部落。
嘉靖十三年（1534年），費利佩·古鐵雷斯(Felipe Gutierrez)率一支西班牙遠征隊再次進攻哥斯大黎加。這次他率部在尼科亞半島登陸，並向內陸挺進，但這次遠征因土著人的頑強抵抗、食物缺乏又失敗了，費利佩·古鐵雷斯不得不率殘部退到了沿海。
此後幾年，由於西班牙人征服了秘魯地區的印加帝國後，在那裡發現了大量黃金、白銀，很多西班牙士兵跑到了秘魯去搶奪金銀財寶了，因此對哥斯大黎加的軍事征服暫停了。
嘉靖十九年（1540年），巴拿馬總督派埃爾南·桑切斯·德·巴達霍斯（Hernan Sanchez de Badajoz）率遠征隊再次進攻哥斯大黎加。同時，巴拿馬總督令駐尼加拉瓜的西班牙軍隊從西部進攻哥斯大黎加。巴達霍斯率部在哥斯大黎加西海岸登陸後，建造了巴達霍斯城、聖馬科斯港（San Marcos），然後向內陸挺進，征服了很多印第安部落後，到達了中部地區。他們在那裡遇到了從尼加拉瓜過來的西班牙人。從尼加拉瓜來的西班牙人想把新徵服的地方納入尼加拉瓜地區，於是雙方發生了衝突，巴達霍斯竟然被打敗了，不得不退回到海岸。西班牙人在征服的地區設立了建造了加西姆諾斯城（Jasymnos）。
嘉靖二十三年（1544年），哥斯大黎加的土著人不滿西班牙人的統治，發動了起0義。西班牙人不得不放棄了巴達霍斯城。為了鎮壓土著人的抵抗，西班牙從本土派迭戈·古鐵雷斯（Diego Gutierrez）率另外一支遠征隊從東海岸進攻哥斯大黎加。迭戈·古鐵雷斯沿著加勒比海沿岸向內陸挺進。土著人實行了堅壁清野，砍掉了果樹，帶走了所有能吃的東西。當迭戈·古鐵雷斯的隊伍進入圖裡亞爾瓦（Turrialba，也稱圖裡亞爾巴）火山的峽谷時，遭到了土著人的伏擊，西班牙遠征隊幾乎全軍覆滅，連首領迭戈·古鐵雷斯也戰死了。
迭戈·古鐵雷斯戰死後，西班牙人把殖民重點放在盛產黃金、白銀的秘魯、厄瓜多地區，直到嘉靖四十年（1561年），西班牙人才再次組織對哥斯大黎加地區的征服。這次帶隊的是胡安·德·阿瓦隆（Juan de Avalon），他率部到達哥斯大黎加後，吸取了前面幾支部隊的教訓，一邊在當地建立定居點，一邊種植來自歐洲的農作物，並引入牛、豬、馬，為部隊提供穩定的糧食供應，一邊收買當地的酋長，以分化抵抗力量。2年後，除了中部高地山谷、東部熱帶森林裡的印第安人沒被征服外，其它地方的印第安人部落都被西班牙人征服了，還皈依了天主教。隆慶十年（1570年），在中部高地山谷與西班牙人打游擊的幾個印第安人部落也被西班牙人征服了。萬曆元年（1573年），西班牙人徹底征服了整個哥斯大黎加地區，設立哥斯大黎加省，省府設在加西姆諾斯城（Jasymnos）（今哥斯大黎加卡塔戈城（Cartago）），劃歸瓜地馬拉都督府。
西班牙人佔領哥斯大黎加後，發現的金礦、銀礦十分有限，並不像哥倫布認為的那樣“富饒”，於是把主要精力放在墨西哥地區、秘魯地區，對哥斯大黎加採取了放任的態度，對經濟的發展毫不關心。
萬曆八年（1580年），一批猶太人來到哥斯大黎加的西北海岸，建立了聖羅薩（Santa Rosa）莊園，起先主要飼養騾子，用來運送貨物，後來又飼養牛，到了萬曆二十八年（1600年），聖羅薩莊園成了該地區最大的養牛場（今有聖羅薩國家公園）。
