阿爾瓦拉多佔領瓜地馬拉高原後，向東挺進薩爾瓦多地區。
薩爾瓦多地區位於瓜地馬拉的東南部，地形以山地為主，與瓜地馬拉一樣也有很多火山，最高的聖安娜火山海拔2380多米，氣候與瓜地馬拉南部地區差不多。居住在薩爾瓦多地區的印第安人主要是瑪雅人、皮皮爾族人、倫卡人，從事漁獵、農耕，過著原始部落的生活，各部落還經常為了爭奪土地發生衝突。
阿爾瓦拉多率部進入薩爾瓦多地區後，境內的印第安人奮起抵抗，但在遭到西班牙人的打擊後，才知道自己的石器根本打不過手持鐵器的入侵者，只得暫時屈服。
西班牙人佔領薩爾瓦多地區後，來到了聖薩爾瓦多山下一個皮皮爾族人的蘇哥託託村（Sukototo，即今蘇奇托托鎮（Suchitoto）），他們在這裡發現土著人在用一種叫西奎利特（Xiquilite）的植物製作藍色的染料（屬靛藍系顏料），這種顏料看上去十分靚麗，於是西班牙人將土著人制作的染料掠走，運回西班牙售賣，發現價格竟然比黃金還貴，蘇哥託託村就成了西班牙靛藍染料的生產基地。
西班牙人佔領薩爾瓦多地區後，將這裡稱為新西班牙總督區（1521年設立）的“庫斯卡特蘭”。嘉靖四年（1525年），西班牙人在蘇哥託託村附近建造了“聖薩爾瓦多城”（San Salvador），作為庫斯卡特蘭的首府（歷史上，薩爾瓦多獨立後，1854年發生了強烈地震，聖薩爾瓦多城被毀，薩爾瓦多人在舊城附近重建了聖薩爾多瓦城）。
嘉靖六年（1527年），西班牙撤銷了“庫斯卡特蘭殖民區”，將薩爾瓦多地區劃歸瓜地馬拉都督府管轄。
嘉靖九年（1530年），阿爾瓦拉多被任命為瓜地馬拉都督。同年，西班牙人在聖薩爾瓦多城東115公里的聖米格爾火山附近發現了金礦，於是建造了聖米格爾城（San Miguel）。
嘉靖十六年（1537年），薩爾瓦多的印第安人因不堪忍受殖民者的殘酷壓迫，發動了大規模起0義，遭到了西班牙殖民當局的血腥鎮0壓。
嘉靖三十六年（1557年），西班牙人在聖薩爾瓦多城西北50公里的地方建聖安娜城（Saint Anna，也稱Santa Ana）。
阿爾瓦拉多征服瓜地馬拉、薩爾瓦多地區時，科爾特斯於嘉靖二年（1523年）一月派部將克里斯托瓦爾·德·奧利德（Cristobal de Olid）走海路遠征宏都拉斯。
宏都拉斯地區位於瓜地馬拉、薩爾瓦多東部，北臨加勒比海，南瀕太平洋，全境主要以山地為主，山間多谷地，沿海有平原，以熱帶雨林氣候為主，年降水量在3000毫米以上。土著居民以阿查帕斯人為主，他們分屬十幾個城邦國。
奧利德受命後，率120名西班牙士兵、250名阿茲特克人，從韋拉克魯斯離開墨西哥，走海路，到古巴島的哈瓦那。奧利德出發前，科爾特斯已派他的親信阿隆索·德·孔特雷拉斯（Alonso de Contreras）前往哈瓦那購買馬匹。奧利德到達哈瓦那後，找到了孔特雷拉斯，孔特雷拉斯已將馬匹、給養都準備好了。
奧利德的手下有5名士兵，他們在隨科爾特斯攻下阿茲特克帝國的都城特諾奇提特蘭後，由於沒有分到掠奪來的黃金，因此十分痛恨科爾特斯。船隊到了哈瓦那後，那5個士兵鼓動奧利德背叛科爾特斯。奧利德聽了那5個士兵的話後，心動了，就寫信給古巴島總督貝拉斯克斯。
貝拉斯克斯與科爾特斯原本是連襟，關係十分好。可自科爾特斯娶了小妾瑪琳切，且科爾特斯攻下特諾奇提特蘭城後開始狂妄了，未經貝拉斯克斯同意就擅自派阿爾瓦拉多遠征瓜地馬拉、薩爾瓦多，派奧利德遠征宏都拉斯，科爾特斯一下子成了貝拉斯克斯的死對頭（實際上，科爾特斯反了貝拉斯克斯）。貝拉斯克斯接到奧利德的信後，立即來到碼頭，與奧利德達成了協議，貝拉斯克斯同意奧利德以西班牙國王的名義統轄待佔領的宏都拉斯地區，併為奧利德提供所需的一切物資。
奧利德離開哈瓦那後，就與科爾特斯切斷了一切聯絡，來到宏都拉斯的北海岸的一個小海灣，登陸後在海岸邊建了個叫“特里溫福德拉克魯斯”（Triomf de la Cruz）的鎮子，任命了鎮長。然後，以特里溫福德拉克魯斯為基地，深入內陸，開始進攻附近的印第安人。
八個月後，科爾特斯才聽說奧利德背叛了他，於是派他的親信弗朗西斯科·德·拉斯·卡薩斯（Francesco de las Casas）去征討奧利德。卡薩斯率5條艦船來到宏都拉斯北海岸的特里溫福德拉克魯斯鎮。此時，奧利德手下的大部分士兵正在內陸與印第安人作戰，留守計程車兵乘坐艦船去攔截卡薩斯的艦隊時，一下子被打死了4人，還有幾名士兵受了傷。奧利德見狀，向卡薩斯提出講和。卡薩斯當然不會答應講和，可心想如強行登陸，必會付出重大傷亡，於是退出海灣，準備另找合適的地方登岸。誰知當晚一陣大風把卡薩斯的艦船吹向了海岸，所有船隻都傾覆了，淹死了30多名士兵，其餘的人全成了奧利德的俘虜。奧利德囚禁了卡薩斯，在其他俘虜發誓不再反對奧利德後，奧利德釋放了他們。奧利德將此事寫信告訴了貝拉斯克斯後，率部來到被他們蕩平的印第安人村落。奧利德派布里奧內斯（Briones）率一部分人馬繼續深入內陸進攻印第安人的村落。布里奧內斯是5個鼓動奧利德背叛科爾特斯的人之一，他率部離開村落後，竟然沒有去進攻印第安人，而是反叛了奧利德，率部回了墨西哥。訊息傳來後，留在奧利德身邊計程車兵人心惶惶。被囚的卡薩斯趁機買通了奧利德手下一個叫吉爾·岡薩雷斯·德·達維拉（Gil Gonzalez Davila）的隊長，殺了奧利德。
隨後，卡薩斯率部在宏都拉斯境內一路殺伐，最後來到了一個海灣。他見這個海灣很大，就在岸邊建造了特魯希略鎮（Trujillo），海灣自然也就稱為“特魯希略灣”。
吉爾·岡薩雷斯·德·阿維拉（Gil Gonzalez Dávila）帶著他自己的部下回到他以前在北海岸邊建造的聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮（San Gil de Buena Vista。今稱阿爾迪·布埃納維斯塔（Aldea Buena Vista）），然後阿維拉動身回墨西哥，準備親自向科爾特斯報告情況。
此時，科爾特斯因好久沒得到卡薩斯的訊息，認為肯定遇到了麻煩，就決定親征宏都拉斯。這次他帶了3000人馬，其中很多是阿茲特克人，包括阿茲特克的傀儡皇帝誇烏特莫克。因科爾特斯的遠征隊人員太多，就準備橫穿尤卡坦半島，前往宏都拉斯。途中，很多阿茲特克人死於飢餓、疾病。在渡過一條河流時，誇烏特莫克就與幾個酋長商量，準備殺了科爾特斯，然後返回墨西哥，召集大軍進攻留在城內的西班牙人，重建阿茲特克帝國。誰知，有2個阿茲特克酋長竟然向科爾特斯告發了誇烏特莫克的計劃。隨後，科爾特斯處死了誇烏特莫克和他的堂弟塔巴庫（Tabaku）。
科爾特斯處死了誇烏特莫克後，率部繼續橫穿尤卡坦半島，經長途跋涉後，終於穿越了尤卡坦半島，來到了宏都拉斯北海岸的一個河口。他們在這裡遇到了阿維拉手下的來自古巴計程車兵。這時，科爾特斯才知道奧利德已被處死，卡薩斯已率部去征服宏都拉斯地區的印第安人部落了，阿維拉已動身回了墨西哥。
科爾特斯就率部來到了聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮，與阿維拉留在鎮內的西班牙士兵回合。科爾特斯見聖吉爾·德·布埃納維斯塔鎮面向大海，毫無遮擋，並不適合於船隻進出港口，就下令放棄此鎮，去尋找新的合適地方建港。於是，科爾特斯率部水路並進，沿著北海岸向東，同時去尋找卡薩斯。他們來到烏盧阿河（Ulua River）流域時，科爾特斯發現這裡有很多印第安人部落，種植著大量玉米，能夠給他的部隊提供足夠的糧食，於是征服了當地的印第安人部落。科爾特斯考慮到烏盧阿河可以通航，就在距河口5公里的地方建造了“卡瓦略斯港”（Carvalhos）（歷史上，1869年宏都拉斯將卡瓦略斯港遷至海邊，改名“科爾特斯港”（Puerto Cortes），成了宏都拉斯的第一大海港）。
卡瓦略斯港建成後，科爾特斯令部將貢薩洛·德·桑多瓦爾（Gonzalo de Sandoval）率部走陸路向東挺進，自己走海路向東航行，去尋找卡薩斯。
桑多瓦爾向東挺進時，凡遇到不願臣服的印第安人部落，立即展開屠殺，很多印第安人部落酋長不得不宣佈向他臣服，並願意向西班牙人提供食物、女奴。
科爾特斯沿著北海岸一路東行，發現了卡薩斯建造的特魯希略港。他登岸後，才知卡薩斯已回了墨西哥。
待桑多瓦爾到達特魯希略與科爾特斯匯合後，科爾特斯返回了墨西哥。留在特魯希略的桑多瓦爾率部殺向了宏都拉斯內陸，征服了一個又一個印第安人部落。佔領了瓜地馬拉、薩爾瓦多的阿爾瓦拉多也率部從西邊殺入了宏都拉斯境內。宏都拉斯地區就這樣淪為了西班牙的殖民地。
西班牙殖民宏都拉斯後不久，就在特魯希略附近的河谷中發現了砂金礦。
嘉靖十五年（1536年），西班牙人在查梅萊孔河（Chamelekon River）谷地發現了砂金礦，於是建造了聖佩德羅蘇拉城（San Pedro Sula）。
嘉靖十六年（1537年），宏都拉斯印第安人首領萊姆皮拉領導3萬人舉行起義，反抗西班牙殖民者統治，起義軍與西班牙人進行了近3年的戰爭，終因武器落後，全軍覆沒。
。轄管府督都拉馬地瓜歸劃斯拉都宏將，後義起的導領拉皮姆萊了0鎮人牙班西，）年9351（年八十靖嘉
。）augayamoC（城瓜亞馬科了造建是於，礦金了現發谷河）epayauG oiR（河佩亞瓜在人牙班西，）年0451（年九十靖嘉
。）園公）argiT aL（拉格拉有區礦在今，礦閉年0691，工礦名0003有時盛鼎，礦銀託西安胡聖採開力大，後立獨斯拉都宏年1281，上史歷（）oticnauJ naS（城託西安胡聖了造建是於，礦銀了現發也方地的里公02北東城爾加西古特在，久不。）府首斯拉都宏今，山銀為意語安第印，aplagicugeT（城爾加西古特了造建是於，礦銀了現發谷河河卡特盧喬在人牙班西，）年8751（年六曆萬
。工礦人黑量大了來運人牙班西，採開的業礦區地斯拉都宏著隨
。港略希魯特了毀摧人國英，）年3is61（年六十禎崇。點居定人牙班西的海沿部北斯拉都宏擊襲頻頻人國英，後此
