西班牙人在卡哈馬卡城內進行大屠0殺時，城外數萬印加士兵還不知情，聽著城內傳出的陣陣炮聲、槍聲，以為是自己的皇帝正與西班牙人在城內搞慶典活動呢。等到被俘的阿塔瓦爾帕給城外計程車兵下達放下武器的命令時，他們才知道城內發生了激戰，但此時已晚，只得聽從皇帝的命令，放下了武器。
阿塔瓦爾帕被俘後，皮薩羅騙他，說只要給他一屋子的黃金、兩屋子的白銀就放了他。
此時的阿塔瓦爾帕手下有三員大將，分別是鎮守庫斯科城的基斯基斯（Quizquiz）、鎮守基多城的盧米尼亞維（Ruminahui）、鎮守豪哈城（Jauja，今秘魯豪哈省首府）的查爾庫奇馬（Chalcuchímac），僅這三員大將手下就有十幾萬印加士兵精銳。阿塔瓦爾帕聽了皮薩羅的話後，竟然還相信了入侵者，不僅派人去卡哈馬卡城外，讓城外的大臣給他送黃金、白銀過來，也給基斯基斯、盧米尼亞維、查爾庫奇馬送信，讓他們不要進攻西班牙人，要友好對待西班牙人。
於是黃金、白銀被源源不斷地從各地送到卡哈馬卡城。
位於庫斯科城西北430公里、卡哈馬卡城東南615公里豪哈城內，被關押在此的卡斯瓦爾得知皮薩羅需要黃金、白銀後，竟然給皮薩羅送信，說阿塔瓦爾帕已很久沒在庫斯科待過了，根本不知道國庫裡有多少黃金，如皮薩羅能放了他的話，他願給更多的黃金。
皮薩羅便將瓦斯卡爾從豪哈城押解到卡哈馬卡城，讓瓦斯卡爾、阿塔瓦爾帕兩人當面辯論，看看究竟誰更適合做皇帝。皮薩羅從兄弟兩人的爭端中，知道這二人都不堪重用，就想出了一個毒計，就是把瓦斯卡爾、阿塔瓦爾帕都殺了，然後扶持一個傀儡，以控制整個印加帝國。皮薩羅先殺了瓦斯卡爾，然後穩住阿塔瓦爾帕，讓他的人繼續給城內送黃金、白銀。等到房間裡堆滿了黃金、白銀，皮薩羅就把它們分給了手下。
當阿塔瓦爾帕以為自己真的會獲得自由時，皮薩羅宣佈他犯有篡奪皇位、暗殺兄長、放縱淫0欲、反對西班牙人等罪名，判處火刑，立即執行。
印加人的皇帝死後，要做成木乃伊，以供後人瞻仰。阿塔瓦爾帕心想自己被燒死的話，就沒法做成木乃伊了，於是求皮薩羅能不能別判他火刑？
神甫騙阿塔瓦爾帕，如他能皈依天0主0教，可以改判他為絞刑，不僅死的不那麼痛苦，還依然能做成木乃伊。
阿塔瓦爾帕聽了神甫的話後，同意放棄自己的“太陽神”宗教，受洗皈依，這位新的皈依者被稱為“胡安·德·阿塔瓦爾帕”。他臨死前，將自己的一個妹妹嫁給了皮薩羅，然後把自己的幾個幼子託付給皮薩羅，求他將他們撫養成人。
從阿塔瓦爾帕被俘到被判死刑的這段時間裡，皮薩羅在卡哈馬卡城西南部海岸的印加人的昌昌古城（Chan Chan）附近建造了特魯希略港（Trujillo），在特魯希略港南500公里的西海岸建造了聖米格城（San Miguel）港，以保證物資、人員運輸。
隨著特魯希略港、聖米格爾港的建造，大批西班牙援軍從巴拿馬、海地島等地趕到了卡哈馬卡城。等到援軍到齊後，皮薩羅絞死了阿塔瓦爾帕，扶持了阿塔瓦爾帕的弟弟圖帕克·瓦爾帕（Tupaq Wallpa）為傀儡。接下來就是進軍印加帝國的都城庫斯科。
為了防止印加人在沿途阻擊，皮薩羅將駐守豪哈城的印加人將軍查爾庫奇馬騙到了卡哈馬卡城。查爾庫奇馬是阿塔瓦爾帕的舅舅，手下有3.5萬印加士兵，儘管外甥沒讓他進攻卡哈馬卡城，但他一直擔憂著外甥的安危。查爾庫奇馬接到赴卡哈馬卡城的邀請後，想到自己有可能自投羅網，但為了能打聽到外甥的近況，還是獨自前往卡哈馬卡城。誰知他剛進入卡哈馬卡城，就被皮薩羅關押了起來。
皮薩羅軟禁了查爾庫奇馬後，就率部趕往豪哈城。阿塔瓦爾帕被處死後，印加帝國已分崩離析，他的軍隊大多投降了。在皮薩羅趕往豪哈城的途中，即使有印加士兵伏擊，但大多是散兵遊勇，也沒給西班牙人造成多大損失。很快，皮薩羅來到了豪哈城。
此時的豪哈城已是一座空城，原先駐紮在城內的印加士兵得知查爾庫奇馬被西班牙人抓起來後，都逃走了，其中有1萬多人去了南方的庫斯科城，加入了基斯基斯的部隊。
基斯基斯從豪哈城來計程車兵那裡得知西班牙人到來後，決定抵抗，在西班牙人必經的途中設伏，儘管打死了3名西班牙騎兵，但在西班牙人碾壓式的火力面前，基斯基斯也付出了巨大代價。不過，基斯基斯沒有退卻，依然不斷地偷襲西班牙人。
而西班牙人擊退了印加士兵的一次次伏擊後，繼續向庫斯科城挺進。此時，出現一件意想不到的事情，剛做傀儡皇帝才2個多月的圖帕克·瓦爾帕得天花死了。這令皮薩羅十分傷腦筋，要是被印加人誤以為是自己害死了圖帕克·瓦爾帕，今後就很難控制印加人，皮薩羅想到了嫁禍於人的辦法，對外宣稱是查爾庫奇馬為了給外甥報仇，害死了圖帕克·瓦爾帕。於是，查爾庫奇馬被判處火刑。
嘉靖十二年（1533年）十月，皮薩羅的隊伍來到了庫斯科城，基斯基斯的部隊已在城內嚴陣以待。雙方隨後展開了激戰，在西班牙人的炮火下，庫斯科的城防體系很快被西班牙人摧毀。基斯基斯見狀，只得棄守庫斯科城，率部沿著密林小道撤往3千里外的基多城。
庫斯科城原是瓦斯卡爾的老窩，阿塔瓦爾帕發動叛亂後，被基斯基斯率領的部隊攻陷了，但城內的印加百姓心裡依然懷念瓦斯卡爾。他們見基斯基斯撤退了，以為進城的西班牙人是解放者，竟然熱烈歡迎入侵者的到來。他們還告訴皮薩羅，城內有瓦伊納·卡帕克的兒子曼科·印卡·尤潘基（Manco Inca Yupanqui），與阿塔瓦爾帕、圖帕克·瓦爾帕一樣，也是瓦斯卡爾的同父異母弟弟。尤潘基今年才17歲，阿塔瓦爾帕發動叛亂後，他支援大哥平叛。基斯基斯攻陷庫斯科城後，就把尤潘基關了起來。基斯基斯撤離庫斯科城時，由於時間倉促，沒能把尤潘基帶走。
圖帕克·瓦爾帕死後，皮薩羅一直為找不到替代者擔憂著呢。現在聽說尤潘基在城內，頓時欣喜若狂，立即扶持尤潘基為傀儡。
尤潘基做了傀儡後，號令城內的百姓不僅不要襲擊西班牙人，還要順從西班牙人的統治。可西班牙人在庫斯科城幹了什麼呢？尤潘基前腳發出號令，他們後腳就在城內瘋狂搶劫、屠殺、姦淫，庫斯科城成了人間煉獄。
皮薩羅佔領庫斯科城後，令阿爾馬格羅率部進軍秘魯北部，自己率部繼續進軍秘魯南部，以征服不願臣服的印加人。
嘉靖十三年（1534年），瓜地馬拉都督阿爾瓦拉多（Alvarado）聽說皮薩羅征服了印加帝國後，心想國王查理五世給皮薩羅的領地是瓜亞基爾灣以南，也就是說厄瓜多並不是皮薩羅的領地，如自己攻下厄瓜多，那麼厄瓜多的黃金、白銀就屬於自己了。於是阿爾瓦拉多率部從危地馬拉出發，沿著海岸線南下，途徑哥倫比亞、厄瓜多北部西海岸時，發現沿岸都是熱帶雨林，沒法登陸，於是繼續南下（1524年皮薩羅率部南下時，也是這個原因，才不得不選擇在通貝斯港登陸），來到了厄瓜多的曼塔港。
曼塔港曾是印第安曼塔部落酋長的居住地，印加帝國征服曼塔部落後，成了印加帝國在厄瓜多西南海岸的主要堡壘。
厄瓜多是阿塔瓦爾帕的老窩，阿塔瓦爾帕沒被處死前，厄瓜多的印加人還能聽從阿塔瓦爾帕的話，臣服於西班牙人。阿塔瓦爾帕死後，厄瓜多的印加人就不再聽從傀儡皇帝的話，堅決抵抗西班牙人。皮薩羅知道國王授予他的領地在瓜亞基爾灣以南，因此暫時也沒派兵去進攻厄瓜多。
阿爾瓦拉多在曼塔登陸後，憑著先進的火力攻下了曼塔港，然後向厄瓜多的都城基多城進軍。
正在秘魯南部攻列印加人的皮薩羅得知阿爾瓦拉多來與他搶奪殖民地的訊息後，立即令正在秘魯北部的阿爾馬格羅趕往基多，令部將塞巴斯蒂安·德·貝拉爾卡薩爾（Sebastian de Belalcazar）趕到秘魯西海岸的特魯希略，防止阿爾瓦拉多從後方登陸。
阿爾馬格羅在離開庫斯科城時就對皮薩羅心懷不滿，因為當初皮薩羅答應他和盧克，將來在秘魯找到金銀財寶後，除分給參戰士兵的外，餘下的由三人平分。盧克在做通貝斯城主教後不久就死了，按說餘下的財寶就由他和皮薩羅平分。可在卡哈馬卡城，皮薩羅竟然把財物一分為五，自己只得到了五分之一，其餘4分由皮薩羅和他的三個弟弟所得。他本想著到了庫斯科城後，在城內搶一些金銀財寶以彌補不足，誰知皮薩羅讓他率部來到了秘魯北部，連在城內搶錢的機會都沒有，你說阿爾馬格羅能不恨皮薩羅嗎？
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