西班牙人殖民委內瑞拉、哥倫比亞後，開始殖民厄瓜多、秘魯、玻利維亞。
厄瓜多、秘魯地區、玻利維亞西部生活著印第安克丘亞人，他們曾建立了印加帝國，都城在秘魯南部的庫斯科（Cuzco）。印加文明與瑪雅文明、阿茲特克文明一起組成了美洲的三大文明。
弘治六年（1493年），瓦伊納·卡帕克（Huayna Capac）就任印加帝國第十二任皇帝后，繼續擴張領土，佔領了布拉沃（Bravo）山以東地區（今秘魯卡哈馬卡（Cajamarca）省北部）、瓜亞斯河（Guayas River）下游地區（今厄瓜多瓜亞斯省、聖埃倫娜省）、厄瓜多的基圖王國（都城為基多（Quito）），但在進攻厄瓜多與哥倫比亞交界處（今厄瓜多因巴布拉省一帶）的卡蘭克王國時，遭到了卡蘭克人的激烈抵抗，最後印加人使詐，假裝撤退，引誘卡蘭克人來追擊，在因巴布拉（Imbabura）火山腳下的一個湖泊邊設下埋伏。中計的卡蘭克人士兵大多戰死在了湖邊，把湖水都染紅了，於是印加人把該湖稱為亞瓦爾科查湖（Yahuarcocha Lake，意為“血湖”。位於今因巴布拉省首府伊瓦拉城（Ibarra）東郊））。
瓦伊納·卡帕克征服卡蘭克人後，印加帝國的疆域達到了頂峰，直接管轄的疆域達200多萬平方公里、人口超過1000萬。哥倫比亞南部地區、智利地區、玻利維亞東部地區、阿根廷地區的一些印第安人部落儘管沒有加入印加帝國，還保留了自己的部落身份，但在政治、經濟上都受印加帝國的控制。
瓦伊納·卡帕克為了貫通國內的廣大地區，下令修建了兩條大道，一條是穿越整個山區，從都城庫斯科城到厄瓜多基多城（Quito）的道路，另一條則是修築在沿海的山谷中。他透過修築道路、完善驛站加強了對國內的控制。瓦伊納·卡帕克有二個兒子，長子叫瓦斯卡爾（Vasikar），次子叫阿塔瓦爾帕（Atawallpa），是他與最後一任基圖國王的女兒所生，深得他的寵愛。瓦伊納·卡帕克生前對繼承權做出了安排，瓦斯卡爾為皇儲的地位不可動搖，由阿塔瓦爾帕管理基多地區。
嘉靖三年（1524年），西班牙人弗朗西斯科·皮薩羅（Francisco Pizarro）率112名西班牙士兵和少量自己手下的印第安奴隸遠征秘魯。
皮薩羅曾參加過正德四年（1509年）阿隆索·德·奧赫達（Alonso de Ojenda，也叫奧傑達）遠征委內瑞拉馬拉開波湖的探險隊，也參加過正德八年（1513年）巴爾沃亞（Balboa）率領的征服巴拿馬的遠征隊。因作戰勇敢，作為獎勵，他在巴拿馬獲得了一大片土地和數百名印第安奴隸，併成為巴拿馬市市長。他在巴拿馬做市長的時候，聽說秘魯地區有印第安人的印加帝國，那裡遍地是黃金。嘉靖元年（1522年），傳來了他的好友科爾特斯征服阿茲特克帝國的訊息，皮薩羅心中頓時燃起了勃勃野心，準備以科爾特斯為榜樣，征服印加帝國。在獲得巴拿馬督軍佩德拉里亞斯·達維拉（Pedrarias Davila，也叫佩德羅·阿里亞斯·德·阿維拉）的許可後，他與逃避兇殺罪名的強盜迭戈·德·阿爾馬格羅（Diego de Almagro）、惡棍神父盧克（Luke）結成夥伴，準備一起遠征秘魯。他們準備了一年的時間後，離開了巴拿馬，踏上了遠征秘魯的征程。
皮薩羅率部沿著厄瓜多西海岸一路南下，來到了瓜亞基爾灣（Guayaquil Bay）。瓜亞基爾灣是厄瓜多瓜亞斯河的入海口，灣長約80公里，寬約225公里，海灣沿岸長滿著紅樹林，並不適合登陸。於是皮薩羅率部繼續南下，過了瓜亞基爾灣後，來到了秘魯北部的西海岸，他們發現一條河流的入海口，河流的水並不湍急，河口三角洲有印第安人種植的玉米、紅薯、辣椒等作物。皮薩羅心想，既然這裡有農田，必然有土著人，征服了這裡的印第安人，就能知道哪裡有黃金、白銀。於是他們登陸後，溯河而上，準備向內陸偵查。誰知行進了幾里路後，就遭到了印第安人的伏擊。
皮薩羅看見的這條河流稱為通貝斯河，距通貝斯河河口20餘里有個印第安人的軍事堡壘——通貝斯城。城堡內的印第安人也早就發現了入侵者，於是在半途設伏。
戰鬥中，西班牙人憑藉先進的武器擊退了土著人，土著人見不是入侵者的對手，就退守進通貝斯城，憑藉堅固的城堡抵抗入侵者，同時派人去周邊的印第安人城堡求援。得到訊息的印第安人紛紛趕到通貝斯城，與入侵者進行了頑強的戰鬥。
作戰中，儘管西班牙人殺死了很多土著人，但自身也付出了重大傷亡，阿爾馬格羅也被射瞎了一隻眼睛。皮薩羅的這次遠征帶有點私人性質，因此籌措到的彈藥並不充足，也沒有攜帶攻城的大炮，要攻陷通貝斯城，僅靠火繩槍和剩餘不多的彈藥是不夠的，於是他派受傷的阿爾馬格羅回巴拿馬，向佩德拉里亞斯求援，讓督軍派正規部隊過來。誰知阿爾馬格羅回到巴拿馬時，佩德拉里亞斯已離開了，新任都督並不信任皮薩羅，扣留了阿爾馬格羅，並派人遠赴秘魯，召回皮薩羅。
皮薩羅接到召回令後，心想要是被別人搶了先機佔領了秘魯，那自己就搶不到黃金、白銀、珠寶了，就決意不聽新任都督的指揮，繼續由自己來征服印加帝國。他詢問手下計程車兵，有誰願意隨他繼續遠征秘魯？結果只有13個人願意追隨他繼續從事征服印加帝國的“偉業”。
皮薩羅回到巴拿馬後，與好友科爾特斯取得了聯絡。在科爾特斯的幫助下，皮薩羅於嘉靖七年（1528年）回到了西班牙，見到了西班牙國王查理五世。查理五世授權皮薩羅去征服秘魯，給了他充足的經費，任命皮薩羅為瓜亞基爾灣以南殖民地的督軍和行政長官，任命阿爾馬格羅為通貝斯城的城防司令，任命盧克為通貝斯城的主教。皮薩羅也向願意追隨他去征服印加帝國的13個“勇士”承諾，待征服印加帝國後，不僅可平分搶到的黃金，每個人還可以得到一個莊園、1000個印第安人奴隸。
皮薩羅在巴拿馬活動期間，印加帝國的皇帝瓦伊納·卡帕克於嘉靖六年（1527年）在基多的一個度假村去世了。在臨死前，瓦伊納·卡帕克對長子及身邊的大臣說道，前幾年進攻通貝斯城的是我們從沒遇見過的人，我猜測他們就是傳說中的西班牙人。你們一定要想盡一切辦法打敗他們，否則我們的帝國會滅亡，土地會被併入他們的帝國。
瓦伊納·卡帕克去世後，長子瓦斯卡爾繼承了皇位。一開始，他與同父異母弟弟阿塔瓦爾帕還能和平共處，共同治理印加帝國。誰知，阿塔瓦爾帕不甘於偏安基多一隅，一直覬覦著皇位，於是在嘉靖十年（1531年）發動了叛亂。
阿塔瓦爾帕的部下，都是多年跟隨父親南征北戰的老兵，這些士兵是印加軍隊的精華；而瓦斯卡爾的部隊，基本上都是臨時召集起來的農民。雙方的實力表面相當，實則未戰已分高下。雙方各自糾集軍隊，展開了一場血戰，結果阿塔瓦爾帕大獲全勝，繼而，他又趁勝追擊，直逼都城庫斯科。嘉靖十一年（1532年），雙方在庫斯科城又一次進行了血戰，但瓦斯卡爾臨時招募的烏合之眾，哪裡是阿塔瓦爾帕手下的對手？很快庫斯科城被攻陷，瓦斯卡爾也被阿塔瓦爾帕俘虜了。阿塔瓦爾帕成了“名正言順”的印加帝國的皇帝，而他不知道的是，自己的好日子快到頭了。
嘉靖九年（1530年），手持西班牙王室“尚方寶劍”的皮薩羅帶著他的三個弟弟、一堆發小、13個“勇士”回到了巴拿馬。他在巴拿馬招募到了118名步兵、62名騎兵，也籌到了3門大炮、大量彈藥。
嘉靖十年（1531年）年底，做了充分準備的皮薩羅帶著他的遠征隊離開巴拿馬，於次年再次來到秘魯海岸的通貝斯城。這次，有了大炮的西班牙人很快攻陷了通貝斯城，皮薩羅從俘虜口中得知印加帝國爆發了內戰。皮薩羅靈機一動，決定好好利用這次印加人的內戰，於是他派人去給阿塔瓦爾帕傳話，說他們之所以來到印加帝國，並不是來征服印加人的，而是來幫助阿塔瓦爾帕打敗瓦爾拉斯的。為了達到目的，皮薩羅也嚴令手下，為了明天的利益，要暫時收起貪婪的慾望，要友善對待印加人，不得入室搶劫。
此時的阿塔瓦爾帕已經獲勝，正在卡哈馬卡城（Cajamarca，也稱卡哈馬爾卡，今秘魯卡哈馬卡省首府）度假，享受溫泉。他收到皮薩羅的口信後，想到固如金湯的通貝斯城竟然一下子被西班牙人攻陷了，一種無名的恐懼籠罩於心頭。隨後轉念想到，西班牙人是來幫自己的，於是決定讓他們先來卡哈馬卡城，看看他們是不是真的為友善而來。
愚蠢的阿塔瓦爾帕心想自己有近百萬兵力，還怕你100多個西班牙人不成？於是在皮薩羅來卡哈馬卡城的路上，竟然連一個伏兵都沒設。印加人反而站在路邊，看著西班牙人的古怪裝束、奇特面孔、滿臉鬍鬚，以及他們的馬和能發出爆炸般聲響的火繩。
皮薩羅率部順利到達卡哈馬卡城後，阿塔瓦爾帕並沒有讓西班牙人駐紮在城外，而是讓他們直接進了城。
皮薩羅進城後，立即派人去城外阿塔瓦爾帕的軍營，邀請他來城內訪問西班牙人的營地。
阿塔瓦爾帕收到皮薩羅的請帖後，再次被豬油蒙了心，將大部分士兵留在了城外，自己只帶了沒有攜帶任何武器的5000人馬進了城。阿塔瓦爾帕進城後，來到城市廣場，發現廣場上不見一個西班牙士兵。他正覺得驚詫時，看見一個神甫拿著個十字架向他走來。神甫口中唸唸有詞，要求阿塔瓦爾帕率他的臣民皈依天0主0教。阿塔瓦爾帕覺得受了侮辱，就奪過神甫手中的十字架、聖經，把它們仍在了地上。
此時，埋伏在暗中的皮薩羅向手下發出了進攻的訊號，180名西班牙士兵從四面八方殺向了廣場中心。震耳欲聾的炮聲、清脆的火神槍聲、騎兵的馬蹄聲、刀劍出鞘的錚錚聲，將廣場上的印加人嚇傻了，紛紛倒伏在地上。沒死的印加人簇擁在阿塔瓦爾帕周圍，用血肉之軀阻擋著西班牙人靠近自己的皇帝，但手無寸鐵的他們，哪能擋得住武裝到牙齒的敵人？人數再多，也有被殺光的時候。傍晚時分，阿塔瓦爾帕身邊再也沒有一個活著的印加士兵了，被自己成了皮薩羅的俘虜。此次大0屠0殺，被殺的除了阿塔瓦爾帕帶進城的5000人馬外，住在城內的1萬多印加人也被殺，廣場上、街道上血流成河，而西班牙人卻未損失一兵一卒。
