鄭森從蓬州趕到新政鎮時，用大炮轟平了大西軍的防禦工事，駐守新政鎮的大西軍紛紛逃進了小東山。鄭森為了等曾英，就率艦船停泊在新政鎮碼頭。
逃進小東山的大西軍殘兵見官軍艦船停在碼頭不走了，又見明軍水軍進山搜尋，於是連忙逃到了北部的金魚山，然後繼續逃跑，跑到了50裡外的南部縣。
駐紮在南部縣的大西軍得知明軍艦船已到了新政鎮，為防止明軍沿嘉陵江繼續北上，於是一邊加固城牆，一邊派人去保寧府城報信。
駐守在保寧府城的大西軍將領就是左軍都督馬元利，他曾是高迎祥手下的戰將，也是張獻忠手下的悍將。他不僅是神箭手，也是著名的造弓師。
弓箭是冷兵器時代的主要兵器，它的製作工藝，遠比刀、劍、矛等複雜，弓臂、弓弦、角片、弓附、箭桿等都十分講究。一把好弓箭並不是幾天就能做成的，往往要花費一年時間。
馬元利造弓，一律選用拓木，這種木材柔韌度、抗彎強度比其它木材要高得多，輔以牛筋、牛角，用魚膠粘合，再根據四季氣候乾溼及材質的特點，春天治角，夏天治筋，秋天粘合諸材，冬天定弓體，次年春天再裝弓弦。經他造出的弓箭，張弛有力，射出去的箭呈一條微弧，不偏不飄，力道十足。在他加入農民軍之前，就在老家被稱為“拓弓天王”。
馬元利身材不高，是個壯實的漢子，兩筆粗壯，他自己使用的特號拓木強弓，一般大力士都很難拉開。普通弓箭的射程通常在50-80米之間，馬元利的強弓有效射程就在80米左右（平射），最大射程200米（拋射）。他還訓練了一批弓箭手，個個箭法精準，說射左眼絕不會偏射鼻樑，戰鬥時作為他的“特種兵”使用。
張獻忠於八月初九佔領成都後，聽說馬科已進入了川北、川東，甚至佔領了綿州（今綿陽），就派艾能奇北上進攻川北。誰知艾能奇在綿州被馬科打敗了，張獻忠就親率大軍北上，打敗了馬科，馬科率主力退守漢中。十月，李定國攻克保寧府，令馬元利守保寧。
十一月十六日，張獻忠在成都稱帝后，封馬元利為左軍都督。
馬元利一聽官軍的艦船到了新政鎮，心想明軍水軍是怎麼闖過重慶的？難道重慶失守了？他把駐守在重慶的劉挺舉的祖宗十八代罵了個遍，然後想著該怎麼消滅這幾艘明軍艦船？嘉陵江在保寧府段的江寬大多在1裡左右，普通弓箭發射的箭矢根本夠不著停在江心的艦船，除了用火炮對付江中的艦船外，餘下的手段只有自己的水軍。
於是，馬元利將駐守在保寧府的100多艘水軍艦船全部派了出來。為保險起見，他令駐守南部縣的大西軍派出2000步軍協助水軍全殲明軍艦船。水軍出發後，儘管馬元利心想自己的100多艘艦船、2000餘步軍對付3艘官軍的艦船，應該綽綽有餘了，但還是下令加固保寧府城動南河溪關、城東北梁山關、城南南津關的城牆，並向3個炮臺增派了炮兵。
大西軍的水軍除了有火銃手、弓箭手、火炮手外，還有火攻手、大刀兵。他們從保寧府城出發後，浩浩蕩蕩順水而下，來到南部縣，與駐紮在這裡的大西軍匯合。
水軍頭目從逃到南部縣的大西軍士兵那裡聽說官軍的大炮射程遠，炮彈爆炸威力猛後，心想自己的火銃、火炮也對付不了官軍艦船，唯有采取火攻。於是，大西軍水軍準備了大量火藥、火油後，直朝新政鎮衝來。南部縣的2千大西軍步軍也沿江而下。
嘉陵江在新政鎮北10裡有個90°的拐彎，灣口叫“打漁灣”。拐過打漁灣，嘉陵江的東岸是燕窩山，西岸是度門山（今稱達門坎山）。
大西軍水軍到了新政鎮地界，剛拐過打漁灣，就看見前邊的碼頭上真停泊著3艘比他們的艦船大很多的官軍艦船。於是，他們在船頭點起了火堆，火炮手將子炮填進炮腹，點炮手點起了火把，待靠近敵船後就開炮；弓箭手將纏有棉布的箭頭浸泡在油脂中，然後拿起箭頭，搭在弓上，只要抵近敵艦船，就點燃箭頭，然後發射“火箭”；火攻手在船艙裡準備好了火藥，一旦弓箭手失利，他們就準備撞擊明軍艦船，然後點燃火藥，與明軍艦船同歸於盡。在岸邊，沿江而下的大西軍步軍也發現了明軍艦船，於是加快了腳步，準備靠近明軍艦船後，用佛朗機炮、“火箭”攻擊。
在後世，我們在電影《朱元璋》中看到明軍的艦船從側舷開炮後，將敵方的甲板炸成粉末，敵方士兵的屍體也隨著爆炸飛到空中，其實這是導演對電影的戲劇化加工。真實的情況是，明軍在引進西方大炮前，內河水軍的艦炮只有150斤左右，炮身很短，長度只有40釐米，口徑倒是有11釐米，稱為“碗口炮”。這種炮由於炮身短，口徑大，射擊精度並不高，射程也只有100米左右，而且還不能發射開花彈。後來引進了佛朗機炮、紅夷大炮，但紅夷大炮太重，一門炮至少要1噸重，還不夠靈活，在內河水軍艦船上很少使用，因此內河水軍裝備的大多是佛朗機炮。佛朗機炮的優點是射速快、散熱快、可連續射擊，但缺點是由於炮腹與子炮之間縫隙公差大，容易洩氣，射程也只有300米左右。
張獻忠的水軍裝備的就是這種佛朗機炮，他們本想先用佛朗機炮攻擊，再用“火箭”攻擊，如攻擊還是無效的話，就使用最後手段——撞擊、爆破。
鄭森率艦船停泊在新城鎮碼頭後，在燕窩山、度門山設有哨兵，他們早就發現了大西軍的水軍、步軍，於是“石柱號”、“墊江號”、“豐都號”離開碼頭，來到江心，也做好了迎戰準備。“豐都號”負責向兩岸開炮，“石柱號”、“墊江號”負責摧毀大西軍水軍。
待大西軍水軍距新政鎮只有8裡時，“石柱號”、“豐都號”向江中的大西軍艦船開炮了，一下子擊沉了幾艘敵船。
大西軍水軍見明軍艦炮果真能隔這麼遠就開炮，於是操漿手奮力划槳，加快速度，冒著炮火向下遊衝去，艦船上的火炮手、弓箭手、火攻手已各就各位，隨時準備嚮明軍艦船發起攻擊。
岸邊的大西軍步軍也加快速度朝前奔跑著，突然，“豐都號”的大炮響了，炮彈落地後，一下子炸死了十幾個大西軍士兵。餘下的大西軍愣了一下，然後繼續冒著炮火向前跑著。
這時，曾英率部趕到了新政鎮，他見情況危急，就下令炮兵架炮，向江中、江岸的大西軍開炮，其他士兵上前攔住江東岸的大西軍步軍。
在明軍強大火力的反擊下，來進攻新政鎮的大西軍水軍在被擊沉了50多艘艦船後，其它艦船全部舉手投降。江東岸的大西軍步軍被打死了500多人後，餘部也全部投降。江西岸的大西軍步軍只有200多人逃進了度門山，他們又被從山上下來的明軍哨兵攻擊後，如同驚弓之鳥，逃往西部的山林。
根據俘虜交代，南部縣現在只有5百多大西軍，對於鄭森、曾英來說，幾乎成了空城，於是鄭森、曾英決定立即進攻南部縣。
曾英在新城鎮留下200名士兵駐守後，部分士兵乘坐繳獲的艦船逆流而上，其餘士兵沿江兩岸而上。
鄭森將俘獲的艦船拖在了船後，起航向上游駛去。被俘的大西軍水軍見不需要他們划槳就能輕鬆上行，這下他們徹底服了，從這天起他們知道張獻忠終究成不了氣候，於是死心塌地跟著明軍了。
南部縣在西漢時期屬充國縣，東漢時分充國縣地置“南充國縣”，治所就在南隆鎮。南朝宋元嘉八年（431年）改“南充國縣”為“南國縣”，梁天監二年（503年）改“南國縣”為“南部縣”，縣治還在南隆鎮。南宋年間，為抵抗蒙元，縣治曾遷至跨鰲山。進入明代後，知縣汪允銘才把縣治遷回南隆鎮。成化二年（1466年），知縣蔣矩建木柵欄城牆。弘治年間知縣陳伯齡始築土城。嘉靖二十二年（1543年）知縣童福重修了土城牆，並在四門建了城樓，將原來的東南西北四門改名為“迎旭”、“臨江”、“神武”、“拱宸”。萬曆年間，知縣饒一中改砌石城，城周441丈、高2丈，南城牆增開“跨套門”，西城牆增開“狀元門”，北城牆增開“靈雲門”。進入崇禎年後，南部縣也經常遭到搖黃軍的襲擾，不過由於縣城靠近保寧府城，因此城池沒有遭到嚴重破壞。大西軍來到順慶府、保寧府後，馬科率大順軍主力退出了順慶府、保寧府，駐南部縣的大西軍很快修復了稍有受損的城池。
留在南部縣的5百多大西軍還不知道他們的水軍、步軍已被明軍殲滅，更不知道明軍已從水、陸兩路而來。當曾英的部隊包圍了縣城後，起先還想負隅頑抗，但遭到了來自明軍的一陣炮擊後，活著的大西軍只得投降。
。城中閬攻進備準，上而江沿續繼，後兵士名002下留縣部南在英曾、森鄭
。城中閬在直一治府寧保，後此。”寧安之使並有保“為意，”服爾戒克，國爾寧保“的中》麥嘗·書周逸《於自來名府，府寧保為州閬升，）年6721（年元炎景宋南。城中閬在也治州，州閬設代唐。過變沒本基治縣、名縣中閬，後此。城中閬在就治縣，縣中閬了定設就，後滅秦期時國戰秋春，久悠為極史歷的縣中閬
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