卡夫雷拉聽說伊拉拉已與上秘魯地區搭上了關係，忙派人回國報告情況。等卡夫雷拉的人回到西班牙時，西班牙國王也很快就知道了在上秘魯地區發現了特大銀礦“波託西銀礦”，於是下令設立秘魯總督區，首府設在利馬，將巴拉圭總督區、智利總督區併入秘魯總督區，伊拉拉改任巴拉圭都督，巴爾迪維亞改任智利都督。西班牙國王給伊拉拉、巴爾迪維亞下令，打通波託西銀礦到拉普拉塔河的通道，並召回卡斯特羅，任命布拉斯科·努涅斯·維拉為新的秘魯總督。
巴爾迪維亞得令後，就有了弗蘭西斯科·德·阿吉雷（Francisco de Aguirre）從智利的聖地亞哥城進入阿根廷，在杜塞爾河畔建造了聖地亞哥·德爾·埃斯特羅城（Santiago del Estero）。
在阿吉雷返回智利鎮0壓馬普切人時，來自上秘魯的普拉多繼續在查科平原北部與土著人作戰，隨後進入安第斯山脈，在安第斯山東麓建造了隆德雷斯城（Londres）。
阿吉雷被判無罪，擔任相簿曼地區都督後，於嘉靖三十八年（1559年）帶著部下佩德羅·德爾·卡斯蒂略（Pedro del Castillo）、格雷戈里奧·德·卡斯塔涅達（Gregorio de Castanada）又來到了阿根廷。
伊拉拉打通了皮科馬約河到上秘魯的通道後，一方面在皮克馬約河修建港口、碼頭，一方面又沿著貝爾梅霍河深入內陸，很快也佔領了貝爾梅霍河兩岸。接著，伊拉拉的部隊又佔領了潘帕斯草原的奇基塔鹽湖地區，然後向內陸挺進。但是，由於烏拉圭地區的土著查魯亞人堅決抵抗入侵的殖民者，伊拉拉也沒敢派兵去征服烏拉圭地區。
查科平原、潘帕斯草原的土著人遭到了三支來自不同方向的西班牙人打擊，有的只得宣佈投降，有的不得不逃離皮科馬約河、貝爾梅霍河兩岸，甚至逃進安第斯山脈。
隨著西班牙人在厄瓜多、秘魯（含上秘魯）、智利、阿根廷殖民地的不斷擴大，西班牙人在南美洲建造了大批城鎮。
嘉靖十三年（1534年），西班牙殖民者迪戈·德·阿爾馬格羅（Diego de Almagro）在厄瓜多欽博拉索（Chimborazo）火山東南部建里奧班巴城（Riobamba），是西班牙殖民者在厄瓜多建造的第一個殖民點（今為厄瓜多欽博拉索省首府）。里奧班巴城建成後，阿爾馬格羅又在基多南部的薩克馬拉（Rio Saquimala）河谷建造了拉塔昆加城（La Tacunga）（今為厄瓜多科託帕希省首府）。
嘉靖十四年（1535年），西班牙人在印加人曼塔城堡（Manta）東30公里處建“聖格雷戈里奧·德·別霍港新城（Villa Nueva de San Gregorio de Puerto Viejo）”（歷史上，18世紀末，義大利人吉羅拉諾·本佐尼（Girolano Benzoni）把“Puerto”改為義大利語“Porto”。簡稱別霍港，今為厄瓜多馬納維省（Manabi）首府）。
嘉靖十五年（1536年），西班牙人在厄瓜多道萊河（Rio Daule）和巴巴奧約河（Rio Babahayo）交匯處建“聖地亞哥·德·瓜亞基爾城（Santiago de Guayaquil）”，嘉靖二十七年（1547年），又改名為“非常高貴和忠誠的聖地亞哥·德·瓜亞基爾城（Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Santiago de Guayaquil）”（注：歷史上，厄瓜多獨立後，為了去殖民化，將城名改回“聖地亞哥·德·瓜亞基爾城”，為瓜亞斯省（Guayas）首府）。
嘉靖十六年（1537年），西班牙殖民當局在秘魯利馬城西建卡亞俄港（Callao），西班牙語“Callao”意為“鵝卵石”，為西班牙將掠奪到的金、銀運回國內的起運港。同年，西班牙人厄瓜多瓜亞基爾灣（Guayaquil Bay）東海岸建馬查拉城（Machala），城名來源於土著語，意為“高貴的地方”（今厄瓜多埃爾奧羅省（El Oru）省會）。
嘉靖十七年（1538年），西班牙殖民者阿隆索·德·阿爾瓦拉多在印加人“查查波亞斯（Chachapoyas）”舊城的基礎上，建造了“聖胡安·查查波亞斯邊境城（Ciudad San Juan Chachapoyas Frontera）”，為西班牙人在安第斯山以東首批建立的殖民點之一。1550年發現銀礦，成了採礦中心（今為秘魯亞馬遜區（Amazonas）首府）。
嘉靖十九年（1540年），西班牙殖民者胡安·佩雷斯·德·格瓦拉（Juan Perez de Guevara）在亞馬遜平原馬約河（Rio Mayo）畔建“八個莫約班巴谷地的聖地亞哥城（Santiago de los Ocho Valles de Moyobamba）”，“八個谷地”是馬約河（Rio Mayo）八條支流組成的谷地，即尤拉西亞庫河谷地、內格羅河谷地、通奇馬河谷地、因多切河谷地、魯米亞庫河谷地、赫拉河谷地、瓦斯卡亞庫河谷地、胡寧格河谷地。莫約班巴是西班牙人在亞馬遜地區最早建立的城市之一，用於農業開發（簡稱莫約班巴，今秘魯聖馬丁區（San Martin）首府）。同年，傳教士多明戈·德·聖托馬斯（Domingo de San Thomas）在安第斯山脈桑塔河（Rio Santa）谷地印加人的永蓋城（Yungay）東10公里建造了阿特馬鎮（Atma）。
嘉靖二十年（1541年），西班牙殖民者為了發展農業，在阿塔卡瑪沙漠的莫克瓜（Mokegua）河畔建莫克瓜城，城周有綠洲。土著語“Mokegua”為“肥沃的土地能容下很多人”。後毀於地震，於天啟六年（1626年）重建（今秘魯莫克瓜省首府，莫克瓜城（Moquegua）東偏南35公里有託基伯拉（Toquepala）超大型銅礦）。
嘉靖二十五年（1546年），皮薩羅的弟弟貢薩洛在安第斯山脈的薩莫拉（Rio Zamora）河谷建拉薩爾薩城（La Zarza），不久毀於戰亂。嘉靖二十七年（1548年），殖民者阿隆索德梅爾卡蒂略（Alonso de Mercadillo）奉總督佩德羅·德·拉加斯卡（Pedro de la Gasca）之命重建，以自己在西班牙的出生地將城名稱為“洛哈城（Loja）”（今厄瓜多洛哈省首府）。
嘉靖三十四年（1555年），西班牙人在波託西銀礦西南約60公里處發現了卡斯特羅維雷納（Castrovirreyna）銀礦，建造了卡斯特羅維雷納城。
嘉靖三十五年（1556年），西班牙人在秘魯沿海的聖何塞（Rio San Jose）河口建造了阿里卡港（Arica）（今屬智利）。此後。阿里卡港成了西班牙人把掠奪自南美洲殖民地的黃金、白銀運回國內的第二個起運港。
嘉靖三十六年（1557年），西班牙人在佔領的原印加帝國湯姆班巴城（Tombamba）遺址附近發現了砂金礦，於是秘魯總督安德烈斯·烏爾塔多·德·門多薩（Andres Hurtado de Mendoza）下令了“聖安娜·德·洛斯·夸特羅·里奧斯·德·昆卡城（Santa Ana de los Cuatro Rios de Cuenca）”，以紀念自己的出生地“昆卡”。“德·洛斯·夸特羅·里奧斯”在西班牙語中是“四條河流”之意，即流經該城的託梅班巴河（Rio Tomebamba）、塔爾基河（Rio Tarqui）、亞農凱河（Rio Yanuncay）、馬昌加拉河（Rio Machangara）。該城簡稱“昆卡”（即今厄瓜多阿蘇艾省（Azuay）首府）。
嘉靖三十九年（1560年），背叛伊拉拉的查韋斯（Chaves）率部來到上秘魯的皮拉伊河（Rio Pirai），建造了聖克魯斯城（Santa Cruz de la sierra）（今玻利維亞聖克魯斯省首府）。8年後，查韋斯在與土著人的戰鬥中被殺。查韋斯在聖克魯斯城時，西班牙殖民者吉爾·拉米雷斯·達瓦洛斯（Gil Ramires Davalos）在厄瓜多特納河（Rio Tena）、帕納奧河（Rio Panao）交匯處建“聖胡安·德·洛斯·多斯·里奧斯·德·特納城（San Juan de los Dos Rios de Tena）”，西班牙語“洛斯·多斯·里奧斯”就是“兩條河”的意思。該城簡稱“特納”（今厄瓜多納波省（Napo）首府）。
嘉靖四十年（1561年），佩德羅·德爾·卡斯蒂略在安第斯山脈東麓建“新拉里奧哈谷·德·門多薩城（Ciudad de Mendoza del Nuevo Valle de la Rioja）”，並將流經該城的河流命名為“門多薩河（Rio Mendoza）”，以紀念智利都督門多薩，城名中的“拉里奧哈（La Rioja）”為西班牙西北的一個省（歷史上，阿根廷獨立後改名為門多薩城，為門多薩省首府）。同年，格雷戈里奧·德·卡斯塔涅達在安第斯山脈東麓的格蘭德河（Rio Grand）畔建城堡，因城堡靠近查尼（Chani）雪山，就把這座城堡命名為涅瓦城（Ciudad de Nieva），意為“雪城”。不久，該城被洪水沖毀。萬曆三年（1575年），西班牙殖民者佩德羅·奧爾迪斯·德·薩拉特（Pedro Ortiz de Zarate）在格蘭德河與希維-希維河（Rio Xibi-Xibo）交匯處第二次建城，取名為聖弗朗西斯科·德·阿拉瓦城（San Francisco de Alava）。幾年後，阿拉瓦城又被洪水沖毀。萬曆二十一年（1593年），西班牙殖民者弗朗西斯科·德·阿爾加尼亞斯·穆爾吉亞（Francisco de Arganaras y Murguia）遵照相簿曼都督拉米雷斯·德·貝拉斯科（Ramirez de Velazco）的命令，為改善相簿曼與上秘魯（即玻利維亞）的關係，再次建城，取名為聖薩爾瓦多·德·貝拉斯科·埃內爾·胡胡伊谷地城（San Salvador de Velazco en el Valle de Jujuy），簡稱“聖薩爾瓦多·德·胡胡伊”（今阿根廷胡胡伊省首府）。
嘉靖四十一年（1562年），西班牙殖民者胡安·胡弗雷·德·洛埃薩·蒙特塞（Juan Jufre de Loayza y Montese）建聖胡安·德·拉·弗朗特拉城（San Juan de la Frontera），西班牙語“Frontera”意為“邊境”，指該城靠近相簿曼地區（即今聖胡安城（San Juan），為阿根廷聖胡安省首府）。同年，西班牙人在亞馬遜平原馬莫雷河（Rio Mamore）重建特立尼達城（Trinidad）。該城始建於嘉靖三十五年（1556年），因在馬莫雷河發現了砂金礦而建，後被洪水沖毀。萬里三十一年（1603年），特立尼達城再次被洪水沖毀，殖民當局根據秘魯總督胡安·德·門多薩·德·盧納（Juan de Mendoza de Luna）的命令再次重建（簡稱盧納，今玻利維亞貝尼省首府）。
嘉靖四十二年（1563年），西班牙殖民者赫羅尼莫·路易斯·德·卡夫雷拉（Jeronimo Luis de Cabrera）建造了“伊卡河谷巴爾韋德鎮（Villa de Valverde del Valle de Ica）”，後改名為“聖赫羅尼莫·德·伊卡城（San Jeronimo de Ica）”，以紀念城市奠基者赫羅尼莫，為開發農業所建（簡稱伊卡，今秘魯伊卡區首府）。
嘉靖四十四年（1565年），西班牙人在安第斯山脈東麓的薩利河畔建“聖米格爾·德·相簿曼城（San Miguel de Tucuman）”，“Tucuman”來自於土著語，意為“螢火蟲多的地方”（即今阿根廷相簿曼省首府）。
隆慶二年（1568年），西班牙人在安第山脈東坡打敗了土著人首領維爾蒂波科（Viltipoco）後，建造了普爾馬馬爾卡鎮（Purmamarca），在印第安語中是“處女地”的意思。該鎮海拔2192米，鎮的東部是七彩山，鎮北7公里的蒂卡拉（Tilcara）就是西班牙人與維爾蒂波科的戰場。普爾馬馬爾卡鎮建成後，因地處上秘魯銀礦區與查科平原的畢竟之地，每天有數千頭騾子、馬匹經過這裡，成了騾馬的集散中心。
隆慶四年（1570年），西班牙殖民者魯伊·迪亞斯·德·梅爾加雷霍（Ruy Diaz de Melgarejo）在巴拉圭亞松森城東南約126公里處建“聖靈比亞里卡鎮（Villa Rica del Espiritu Santo）”。因建造那天5月14日正好為聖靈降臨節，且梅爾加雷霍相信城市附近有金銀礦，故用“Villarrica”，意為“富饒”（即今巴拉圭瓜伊拉省首府比亞里卡城（Villarrica））。同年，西班牙殖民者在秘魯境內的安第斯山脈東坡的丘克坪（Rio Chucpin）河谷建造了查卡斯城（Chacas）（今秘魯阿松森省首府）。
隆慶五年（1571年），西班牙殖民者赫羅尼莫·德·奧索利奧（Jeronimo de Osorio）奉秘魯總督弗朗西斯科·德·托萊多（Francisco de Toledo）的命令，在被摧毀的科恰班巴舊城上建造了“奧羅佩薩鎮（Villa de Oropesa）”，以紀念總督的出生地（歷史上，該城於1786年改回“科恰班巴城”，今玻利維亞科恰班巴省首府）。同年，西班牙殖民者在厄瓜多欽博拉索火山西麓的薩利納斯（Rio Salinas）河谷建造了瓜蘭達城（Guaranda），城名來自於土著瓜蘭加斯人的部落名（今厄瓜多玻利瓦爾省（Bolivar）首府）。
隆慶六年（1572年），西班牙殖民當局在“聖巴巴拉汞礦”附近又發現了銀礦，根據秘魯總督弗朗西斯科·阿爾瓦雷斯·德·托萊多（Francisco Alvarez de Toledo）的命令建造了“奧魯佩薩富裕鎮（Villa Rica de Oropesa）”，城名源自總督的出生地。萬曆九年（1581年）托萊多離任後，新西班牙總督馬丁·恩裡克斯·德·阿爾曼薩（Martin Enríquez de Almansa）轉任秘魯總督，將“奧魯佩薩富裕鎮”改稱“萬卡韋利卡城（Huancavelica）”，城名在土著語中意為“農歌之地”。於是，“聖巴巴拉汞礦”也稱“萬卡韋利卡汞礦”。
在聖巴巴拉汞礦大量出產水銀前，1546-1550年，秘魯總督區年產白銀約11.24噸；1551-1555年，秘魯總督區年產白銀約7.84噸；1556-1560年，秘魯總督區年產白銀約9.25噸；1561-1565年，秘魯總督區年產白銀7.15噸。
。噸72銀白產年區督總魯秘，年0061-1951；噸30.12銀白產年區督總魯秘，年0951-1851；噸81.11銀白產年區督總魯秘，年0851-1751。增大量產銀白，銀煉”法齊汞“用改多大礦銀的區地哥西墨、區地魯秘在牙班西，高提的量產礦汞拉聖著隨
。”毒中汞“於死是就，廢殘為稱是不工礦的萬上千，業作下境環的施措護保無毫在工礦讓全完，時銀煉”法齊汞“用使在人牙班西，是但
