嘉靖十九年（1540年），巴爾迪維亞奉皮薩羅之命，率部遠征智利時，弗朗西斯科·德·奧雷亞納（Francisco de Orellana）率遠征隊，從厄瓜多內陸地區進入原始森林尋找香料肉桂。奧雷亞納與弗朗西斯科·皮薩羅是同鄉，他隨皮薩羅到達秘魯後，一路征戰，被土著人打瞎了一隻眼睛，成了“獨眼龍”。厄瓜多的“瓜亞基爾城”就是奧雷亞納於嘉靖十五年（1536年）督造的。
嘉靖二十年（1541年），奧雷亞納率部穿越一段原始森林後，到達了亞馬遜河支流納波河（Rio Napo）的上游。他們順河而下進入了亞馬遜河。奧雷亞納一行在亞馬遜河流域探險時，不斷與沿岸的原住民部落發生了衝突，而且這些部落的女性也與男性並肩作戰。這使奧雷亞納一行想起了希臘神話中的亞馬遜人——一個以女性驍勇善戰而聞名的族群。於是，奧雷亞納遂以“亞馬遜（Amazonas）”命名這條大河。
嘉靖二十一年（1542年）七月，到達亞馬遜河河口。奧雷亞納一行成為第一個走完亞馬遜河的歐洲人。
奧雷亞納一行到達亞馬遜河口後，沿著海岸北上，到了西班牙人佔領的位於委內瑞拉東北部的特立尼達島（Trinidad）（今千里達及托巴哥共和國的主島）。
特立尼達島的外形像“】”字，南北兩端長約80公里，北端東西長約85公里，中間寬約50公里，南端東西長約102公里，面積約4800平方公里。
弘治十一年（1498年），哥倫布發現特立尼達島時，發現島上有三座並列的山峰，就把它稱為特立尼達島（西班牙語“Trinidad”是“三位一體”的意思）。
嘉靖九年（1530年），西班牙人把特立尼達島併入新西班牙總督區。但是，由於島上缺少金、銀礦產，因此一直不受西班牙人重視。西班牙人佔領了特立尼達島很多年，也沒在島上建立殖民點，不過島上的土著人大多被西班牙人抓走，去開採金礦、銀礦了。一直到萬曆二十年（1592年），西班牙人才在島上建立了殖民點，並於萬曆二十三年（1595年）在島上建造了西班牙港（Port of Spain）。
奧雷亞納到達特立尼達島時，島上一片荒蕪。他在島上休整期間，修復了損壞的船舶，然後向西航行，來到了瑪格麗塔島（Margarita Island）。
瑪格麗塔島長約68公里，寬度在5-35公里之間，面積約1070平方公里。西班牙人佔領委內瑞拉前，土著人在島上以捕魚、採集珍珠為生，土著人稱該島為“珍珠島”，西班牙人佔領“珍珠島”後，把它改稱“瑪格麗塔島”，並在島上建造了新加的斯港（Neuva Cadiz）（即今蓬塔德彼德拉斯港（Punta de Piedras））。
奧雷亞納在新加的斯港上岸後，得知皮薩羅已被阿爾馬格羅的追隨者刺殺身亡，就沒有回秘魯，而是直接回西班牙。在快到達西班牙加的斯港時，遇到了風暴，他不得不就近在葡萄牙的拉戈斯港（Lagos）靠岸，上岸後就被葡萄牙人逮捕，被送到了里斯本（Lisboa）。
葡萄牙國王若昂三世聽說奧雷亞納穿越了整條亞馬遜河後，邀請他為葡萄牙人服務，允諾資助他再去探險亞馬遜河。
若昂三世為啥要邀請奧雷亞納再次進入亞馬遜河呢？這得從哥倫布第三次遠航說起。
最先發現巴西的是西班牙人文森特·亞涅斯·平松（Vicente Yanez Pinzon），弘治十二年（1499年）十二月，平松跟隨哥倫布進行第三次遠航時來到了南美洲東海岸的一個海角，平松將它命名為“聖奧古斯丁角（Cabo de Santo Agostinho，位於今巴西伯南布哥（Pernambuco）州累西腓（Recife）市附*****松登岸後，隨即在岸邊插上了十字架，宣稱這一帶屬於西班牙的領土。在他們想繼續深入內陸探索時，遭到了土著人的不斷攻擊，平松不得不攜帶著搶來的藥材、寶石退到海邊，撤離了巴西東海岸。他回到西班牙後，被告知根據《托爾德西利亞斯條約》劃定的分界線，他發現的地方在維德角以西270裡格（1裡格＝4.8公里，葡萄牙標準是1裡格＝5公里）內，屬於葡萄牙的勢力範圍，也即平鬆發現的地方對西班牙來說是無效的。
平松在回西班牙途中，葡萄牙貴族佩德羅·阿爾瓦雷斯·卡布拉爾（Pedro alvares Cabral）也率領一支由13艘艦船、1200名士兵組成的艦隊在大西洋航行。此時，瓦斯科·達伽瑪（Vasco da Gama）已率葡萄牙遠征隊完成了從歐洲繞道好望角，抵達了印度半島的航線，帶回了大量香料（胡椒、桂皮、丁香、肉豆蔻），獲得了巨大的利潤。卡布拉爾的使命就是奉葡萄牙國王曼努埃爾一世的命令，去印度半島建立貿易站（即殖民點）的。誰知，卡拉布爾的艦船在過了維德角群島（Cape Verde Islands）後遇到了風暴，艦船被吹向了西方，接著赤道洋流又把卡布拉爾的艦船推倒了南美洲東海岸。弘治十三年（1500年）三月，卡拉布爾的船員們發現了一塊陸地，陸地上還有高達數百米的山。卡拉布爾率部登陸後，將不遠處的山脈命名為“帕斯夸爾山（Pascoal Mountain）”，將登陸點命名為“聖十字地”（今巴西巴伊亞（Bahia）州東海岸的韋拉克魯斯（Vera Cruz））。卡拉布爾檢視海圖後，認為他登陸的這塊地方位於《托爾德西利亞斯條約》劃定的葡萄牙人的範圍內（那條線俗稱“教皇線”），就宣稱該地區為葡萄牙王國所有。
在卡拉布爾率部深入內陸遠征時，發現了一種紅木。這種紅木平均每年生長1米左右，大約可生長二三十年，樹高在15米左右，最高可達30米，至今可達1米。這種紅木紋路細密、色澤鮮豔、堅固耐用，是製作高階傢俱和造船的優質原料，可以經百年而不腐。它的木質中還含有一種當時歐洲緊缺的紅色染料，這對於喜歡穿紅色服裝的歐洲貴族來說是很需要的。卡拉布爾就借用東方的“紅木”稱這種樹為“Pau-brazil”，意為“巴西木”、“巴西紅木”。卡拉布爾砍伐了很多紅木後，返回了葡萄牙。
隨後，越來越多的葡萄牙人來到“聖十字地”，盜伐紅木，運回國內牟利。
弘治十五年始建於（1502年），葡萄牙艦長加斯帕爾·德·萊莫斯（Gaspar de Lemos）率艦船在巴西東南海岸的格蘭德島（Ilha Grande）登陸，並在島對岸建造了國王港城堡（Angra dos Reis，今巴西里約熱內盧（Rio de Janeiro）州的安格拉·杜斯雷斯）。
弘治十八年（1505年）1月，一批葡萄牙人來到巴西東南海岸，發現了土著人叫做瓜納巴拉灣（Guanabara Bay）的地方，他們誤以為來到了一條大河河口，就把這條“河流”稱為“里約熱內盧（Rio de Janeiro）”，意為“一月的河”。他們上岸後，才發現所謂的“河流”其實是個海灣，於是“瓜納巴拉灣”變成了“里約熱內盧灣”（注：歷史上，巴西獨立後，將“里約熱內盧灣”改回“瓜納巴拉灣”）。這批葡萄牙人在“里約熱內盧灣”盜伐了大量紅木，然後返航回了葡萄牙。
由於那時葡萄牙人在南美洲掠奪的主要是紅木，很快“紅木（Brazil）”一詞逐漸代替了“聖十字地”，成為巴西地名並沿用至今。不過，自卡拉布爾發現巴西后的近30年內，葡萄牙人並沒有在巴西建立定居點。
此時，在亞馬遜平原、巴西高原1000多萬平方公里的地區生活著約300萬印第安人，主要是圖皮人、瓜拉尼人、阿拉瓦克人、卡里布人等，其中圖皮人就有100多萬人。這些土著人與秘魯的印加人、智利的馬普切人一樣，還處於石器時代，以狩獵、採集、農耕為生。最先接觸葡萄牙人的就是居住於沿海的圖皮人，一開始他們與登陸的葡萄牙人進行了不屈不撓的抗爭，但終因人數少、武器落後，被葡萄牙人征服了，很快改宗了天0主0教。有些不願投降的圖皮族部落，就逃離了海岸，進入了叢林。
嘉靖九年（1530年），葡萄牙國王令馬丁·阿豐索·德·索薩（Martim Afonso de Sousa）到巴西建立殖民點。
嘉靖十一年（1532年），索薩在做了充分準備後，率一支艦隊、400名移民在巴西東南海岸登陸，建立了第一個殖民點聖文森特（Sao Vicente），殖民點附近的河流被索薩命名為“聖安娜河（Rio Santo Ana）”，河口的海灣被命名為“聖巴伊亞（Baia de Santos）灣”。索薩回葡萄牙後，調任葡萄牙印度洋海0軍上0將，在印度半島建立了孟買、蘇拉特等殖民點，並把殖民勢力延伸到了我們的澳門。嘉靖二十一年（1542年）至嘉靖二十四年（1545年），出任葡屬印度總督。
自索薩在巴西建立第一個殖民點聖文森特後，葡萄牙人在短短的4年時間內就在巴西建立了14個長條形的殖民地，葡萄牙國王將這些殖民地封給了手下的12個大臣。這些殖民地最窄10裡格（50公里），最寬100裡格（500公里），殖民地的領主除了給國王上交20％的礦稅、5％的漁業稅等賦稅，並承認王室對紅木、香料的壟斷權後，領主在領地內有土地的分配權、行政權、司法權、徵稅權、防禦權。
葡萄牙在巴西建立了14塊殖民地後，限於《托爾德西利亞斯條約》的約束，葡萄牙人一直沒敢向西部拓展殖民地。不過，此時葡萄牙人麥哲倫已代表西班牙王室於正德十六年（1521年）發現麥哲倫海峽後，到了菲律賓。若昂三世聽說奧雷亞納橫穿了整條亞馬遜河後，心想麥哲倫能為西班牙人服務，發現教皇線以東的菲律賓，我為啥不能利用有西班牙人身份的奧雷亞納為自己服務呢？如他代表自己深入亞馬遜河內陸，然後葡萄牙在奧雷亞納發現的地方建立殖民地，到時即使西班牙人知道了，也是啞巴吃黃連，有苦說不出。
誰知，儘管若昂三世竭力想說服奧雷亞納，可奧雷亞納就是不願為葡萄牙人服務。若昂三世沒辦法，只得釋放了奧雷亞納。嘉靖二十五年（1546年），奧雷亞納在進入亞馬遜河進行第二次探險時，中了土著人的毒箭，他的黃金美夢，終究歸於亞馬遜河之泥土。
