葡萄牙人在巴西建立了14塊殖民地後，也開始在殖民地建造城鎮。
嘉靖十四年（1535年），葡萄牙殖民者瓦斯科·費爾南德斯·孔蒂諾（Vasco Fernandes Coutinho）在皮拉克-阿庫河（Rio Piraque Acu）河北岸建造了“聖埃斯皮裡圖城（Sao Espiritu）”，意為“聖靈鎮”。嘉靖二十八年（1549年），葡萄牙人將“聖埃斯皮裡圖城”改名為“維拉鎮（Vila Velha，也稱韋里亞鎮）”，意為“舊鎮”（今巴西聖埃斯皮裡圖州卡伊艾拉·韋里亞鎮（Caieira Velha）。嘉靖三十年（1551年），維拉鎮因遭到土著人、法國人、荷蘭人的不斷攻擊，被迫放棄該鎮，就南遷至50公里外的聖瑪利亞河（Rio Santo Maria）河口（今巴西聖埃斯皮裡圖州韋里亞鎮（Vila Velha））。
嘉靖十六年（1537年），葡萄牙人在巴西東海岸建奧林達城（Olinda），殖民者在奧林達城周圍種植甘蔗。到萬曆四十年（1612年），葡萄牙人僅在奧林達就有100多家制糖廠，使得巴西成為世界上名列前茅的蔗糖出口國。崇禎三年（1630年），荷蘭人佔領了奧林達。崇禎四年（1631年），由於奧林達的葡萄牙人不願屈服，荷蘭人對城內的葡萄牙人、奴隸進行了大屠殺，並燒燬了城市。至今，荷蘭人還佔據著奧林達城（注：歷史上，1654年葡萄牙人趕走荷蘭人後，重建了奧林達城）。
嘉靖二十一年（1542年），葡萄牙人在巴西東南部的聖卡塔琳娜島（Santa Catarina Island）的東岸建“聖母德斯特羅城（Nossa Senhora do Desterro）”，意為“聖母流放之地”（注：巴西獨立後，於1893年改名為“弗洛里亞諾波利斯城（Florianópolis）”，今巴西聖卡塔利娜州首府）。
嘉靖二十七年（1548年），葡萄牙人在奧林達城建累西腓港（Recife），因港口周圍多珊瑚礁，故用葡萄牙文“礁（Arrecife）”將港口命名為“累西腓”。嘉靖四十年（1561年）、萬曆二十三年（1595年）曾受法國海盜和英國人的襲擊。崇禎三年（1630年），荷蘭人在佔領奧林達城的同時也佔領了累西腓港，作為荷屬巴西殖民地的首府（注：歷史上，1654年，葡萄牙獲得“巴西爭奪戰”的勝利，荷蘭退出巴西，葡萄牙才重新佔領了奧林達城、累西腓港。今為巴西伯南布哥州首府）。
嘉靖二十八年（1549年），葡萄牙國王任命託梅·德·索薩（Tome de Sousa）為首任巴西總督。索薩到了巴西后，在東海岸建薩爾瓦多城堡（Salvador），葡語是“救世主城”的意思。索薩憑藉薩爾瓦多城堡，擊退了法國人、荷蘭人的多次入侵。嘉靖三十七年（1558年），第一批非洲黑奴來到這裡，從事甘蔗種植。薩爾瓦多城堡就成為了城市，城名為“聖薩爾瓦多·達·巴伊亞·德·託多斯·奧斯·桑托斯（San Salvador da Bahia de todos os Santos）”，意為“萬聖灣聖薩爾瓦多城”，因城名太長，簡稱“薩爾瓦多城”。此後，“薩爾瓦多城”一直是葡屬巴西的首府。
嘉靖三十年（1551年），葡萄牙人將韋利亞鎮從皮拉克-阿庫河河北岸移遷至聖瑪利亞河（Rio Santo Maria）河口後，又在河口的瓜納尼島（Guanaani Island）建造了“聖靈新鎮（Vila Nova do Espiritu Santo）”。不久，將城名改為“維多利亞城（Votoria）”，以紀念瓦斯科·費爾南德斯·孔蒂諾於嘉靖十四年（1535年）率軍在皮拉克-阿庫河對土著人戰爭取得的勝利（今巴西聖埃斯皮裡圖州（Espiritu Santo）首府）。
嘉靖三十二年（1553年），葡萄牙人聖文森特城（Sao Vicente）西北35公里處建聖貝爾納多·杜·坎普城（Sao Bernardo do Campo），這是葡萄牙人在巴西建造的第一個遠離海岸的城鎮（今巴西聖保羅城衛星城鎮）。
嘉靖三十三年（1554年）年初，葡萄耶穌會傳教士何塞·德·安切塔（José de Anchieta）和瑪努埃爾·達·諾佈雷加（Manuel da Nóbrega ）在聖貝爾納多·杜·坎普城北約15公里處發現了土著人的一個村莊——皮拉蒂寧加村（Piratininga），於是就在村邊建造了聖保羅經院。隨著聖貝爾納多·杜·坎普城周邊的土著人不斷被葡萄牙人征服，信封天0主0教的土著人越來越多，皮拉蒂寧卡村逐漸發展為一個城鎮，取名為“聖保羅·多斯·坎普斯·德·皮拉蒂寧加城（Sao Paulo dos Campos de Piratininga）”，簡稱“聖保羅”（今巴西聖保羅州首府）。
嘉靖三十九年（1560年），葡萄牙人在聖保羅城東北約20公里處建造了瓜魯柳斯城（Guarulhos）（今巴西聖保羅城東北部的衛星城鎮）。
萬曆七年（1579年），葡萄牙殖民者貢薩洛·貢卡爾維斯（Goncalo Goncalves）在里約熱內盧灣（即瓜納巴拉灣（Guanabara Bay））南岸建造了一座城堡，城堡建成後，以自己的姓名將城市命名為“聖貢薩洛城（Sao Goncalo）”（今里約熱內盧州第二大城市）。
萬曆八年（1580年），西班牙、葡萄牙合併，西班牙王室認為在薩爾瓦多城、奧林達城之間應再建造一座城堡，以更好地控制巴西東海岸，於是在瓦扎巴里斯河（Rio Vaza-Barris）北岸建造了“聖克里斯托旺城（Sao Cristovao，也稱聖克里斯托弗）（今為巴西塞爾希培州的一個城市）。
萬曆十三年（1585年），葡萄牙人造奧林達城北98公里的帕拉伊巴河（Rio Paraiba）河口建造了“帕拉伊巴城（Paraiba）”。三年後（1588年）改名為“費利佩亞城（Fillpeia）”，以紀念西班牙國王菲利普二世。崇禎七年（1634年）又改名為“弗雷德里克斯塔德特城（Frederikstadt），以紀念奧蘭治親王弗雷德里克亨德里克（Frederik Hendrik）”（注：歷史上，1930年改名“若昂佩索阿（Joao Pessoa）”，為巴西帕拉伊巴州首府）。
葡萄牙人在建造“帕拉伊巴城”的那年，葡萄牙人離開巴西沿海海岸向內陸挺進，來到了韋爾梅柳河（Rio Vermelho）畔，運來了大批黑奴，開拓了很多耕地，用於種植甘蔗。由於此時葡萄牙已與西班牙合併，西班牙人並沒有表示異議，還鼓勵葡萄牙人繼續向內陸開拓更多的殖民地。很快，葡萄牙人在韋爾梅柳東岸建造了“比拉沃阿鎮（Braoa，也稱巴奧鎮）”，並在鎮上建立了蔗糖廠。萬曆四十年（1612年），“巴奧鎮”因有了100多家制糖廠，成了巴西最大的製糖基地之一，便改名為“戈亞斯威而豪城（Goias Proud do Majestic）”，簡稱“戈亞斯城”。崇禎三年（1630年），戈亞斯城被荷蘭人佔領（注：歷史上，1654年葡萄牙人趕走了荷蘭人，重新佔領了戈亞斯城。1726年發現金礦後，成了礦業城鎮。巴西獨立後，曾一度為戈亞斯州首府，直到1942年才將戈亞斯州首府遷至戈亞尼亞（Goiania））。
萬曆二十一年（1593年），葡萄牙殖民者本託·路易斯·菲蓋拉（Bento Luis Figueira）在累西腓港南建造了“雅博阿唐城（Jaboatao）”，城名源自當地的一種可造船的樹“Yapoatan”（歷史上，巴西獨立後，於1989年改名為“雅博阿唐·杜斯·瓜拉拉佩斯（Jaboatao dos Guararapes）”，以紀念巴西人民於1648-1649年反抗葡萄牙統治者的“瓜拉拉佩斯”戰役。今巴西伯南布哥州城鎮）。
萬曆二十七年（1599年），葡萄牙人安東尼奧·巴倫特·達·科斯塔（Antonio Valente da Costa）來到費利佩亞城（即今若昂佩索阿城）北約154公里的佩德拉·杜·奧伊蒂塞羅河（Rio Pedra do Oitizeiro）河口建造了“福塔萊薩·達·巴拉·格蘭德里奧城堡（Fortaleza da Barra Grande Rio）”，葡萄牙語“Fortaleza”即“堡壘”之意。葡萄牙人建該城堡的目的是為了防備法國海盜和土著人的襲擊（注：巴西獨立後，將城名改為“納塔爾城（Ciudad de Natal）”，葡萄牙語“Ciudad”是“城市”的意思、“Natal”是“聖誕季”的意思，“Ciudad de Natal”意為“聖誕節城”。今北里奧格蘭德州首府）。
萬曆三十一年（1603年），葡萄牙人在巴西東北海岸的馬蘭瓜皮尼奧河（Rio Maranguapinho）河口建造了“新里斯本城（Novo Lisboa）”。城鎮建成不久就被法國人佔領。萬曆四十年（1612年），葡萄牙人趕走了法國人，將城鎮擴大，改名為“聖賽巴斯蒂昂城（Sao Sebastian）”，意為“莊嚴之城”。崇禎三年（1630年），荷蘭人入侵巴西東北部，並於崇禎十年（1637年）佔領了聖賽巴斯蒂昂城。去年（16si4年），葡萄牙人為了從荷蘭人手中奪回聖賽巴斯蒂昂城，與荷蘭人進行激戰，聖賽巴斯蒂昂城被摧毀（注：歷史上，荷蘭人於1649年重建了聖賽巴斯蒂昂城。1654年，葡萄牙人對佔據巴西東海岸的荷蘭人發起大規模反攻，從荷蘭人手裡奪回了聖賽巴斯蒂昂城。今為巴西塞阿臘（Ceara）州首府）。
萬曆四十年（1612年），法國人達尼埃爾·德·拉·圖奇（Daniel de la Touche）率遠征隊來到了巴西東北海岸的梅阿林河河口，河口灣的開口寬度達50公里，河口灣的東部有一個小島，小島的東部也有一個海灣，兩個海灣透過小島南部一條窄窄的海峽相連。圖奇在小島登陸後，將小島命名為“聖路易島（Sao Louis Island）”，將小島東部的海灣命名為“阿拉亞爾灣（Arayal Bay）”，將小島西部的海灣命名為“聖馬科斯灣（Sao Marcos Bay）”，將小島南部的海峽命名為“蚊子海峽（Estreito dos Mosquitos）”。圖奇佔領聖路易島後，在島西海岸建造了堡壘，以國王路易十三和他的聖祖路易九世的名字命名為“聖路易-德-馬里昂城（Sao Louis de Marion ）”。萬曆四十三年（1615年），葡萄牙人趕走了法國人，將“聖路易島”改名為“聖路易斯島（Sao luis Island）”，將“阿拉亞爾灣（Arayal Bay）”改名為“聖何塞灣（Sao Jose Bay）”，將“聖路易-德-馬里昂城”改名為“聖路易斯城（Sao Luis）”。崇禎三年（1630年），荷蘭人佔領了“聖路易斯城”（注：歷史上，葡萄牙人於1654年趕走了荷蘭人，再次佔領了“聖路易斯城”。今為巴西馬拉尼昂州的首府。聖路易斯城是巴西各州首府中唯一由法國人建立的城市）。
萬曆四十四年（1616年），葡萄牙人為了控制亞馬遜地區，派弗朗西斯科·卡爾代拉斯·德·卡斯特羅·布蘭科（Francisco Caldeiras de Castelo Branco）率一支軍隊來到亞馬遜河口東約125公里的馬拉若灣（Marajo Bay）設防，建普雷塞皮奧城堡（Forte do Presepio）。後在該城堡的基礎上建“菲利斯·盧西塔尼亞城（Feliz Lusitania）”，不久改稱“聖瑪利亞·德·貝倫·多格·拉·奧帕拉城（Santa Maria Belem Doge la Opara，簡稱“貝倫”城），以抵禦海盜、法國、荷蘭人的入侵（今為巴西帕拉（Para）州首府）。
