自葡萄牙人踏上巴西的土地，巴西的原住民就不斷抵抗葡萄牙人的殖民統治，無奈人數少、武器落後，很多土著人被殺，餘下的土著人部落不是被葡萄牙人征服，就是退往內陸，繼續抵抗葡萄牙人。葡萄牙人將投降的土著人全部做奴隸，讓他們開耕土地，種植甘蔗、棉花、菸草、咖啡、玉米、土豆等農作物。由於土著奴隸人數較少，葡萄牙人還組織了“獵奴隊”深入內陸，抓捕逃亡的土著人，來補充奴隸數量。一旦奴隸幹活時有點怠慢，就會遭到鞭笞、虐待、捱餓，甚至被殺害。葡萄牙人還給土著人帶來了天花，大量土著奴隸死於這種病毒。土著人忍無可忍，被迫不斷髮動起義，反抗葡萄牙人的殖民統治。
巴西殖民地土著人發動的起義有：
嘉靖三十四年（1555年），土著人塔莫約部落發動起義；嘉靖三十七年（1558年），土著艾莫雷人發動了起義；嘉靖四十年（1561年），土著圖皮人發動起義；隆慶六年（1572年），土著人發動了大起義；萬曆五年（1577年），土著卡斯特部落發動起義等。
在這些起義中，規模比較大的有3個。
第一個是土著艾莫雷人發動的起義。艾莫雷人曾有幾十個部落，在與葡萄牙人的作戰中被殺了幾萬人，活下來的艾莫雷人被迫投降，做了葡萄牙人的奴隸。他們在殖民者的農場裡受盡欺負、壓榨，於是就與周邊的幾個部落聯合起來發動了起義，一度將葡萄牙人趕出了2個“封地”，可最終遭到了殖民者的血腥鎮壓。
第二個是土著圖皮人發動的起義。圖皮人主要生活在巴西沿海一帶，分成數百個部落，有些部落甚至還相互敵視。葡萄牙人到來後，利用圖皮人語言相通的特點，採取征服、分化等措施，征服了大批圖皮人，佔領了圖皮人的大片土地。被征服的圖皮人不得不成為葡萄牙人的奴隸，他們與艾莫雷人一樣不堪忍受葡萄牙人的殘酷剝削、壓榨，終於聯合了幾十個部落發動了起義，可最終還是被殖民者鎮0壓了。
第三個是隆慶六年土著人發動的大起義。參加這次起義的不僅有塔莫約人、艾莫雷人、圖皮人，還有瓜拉尼人、阿拉瓦克人、卡亞波人。這次起義聲勢浩大，曾佔領了葡萄牙人的300多個農場，與葡萄牙殖民軍持續了7年的戰爭，最終還被葡萄牙人鎮0壓了。
由於土著人不斷逃亡、發動起義，導致葡萄牙人在佔領的地區缺乏足夠的勞動力。葡萄牙人為了有足夠勞力來開耕土地，種植農作物，不得不從非洲運來大批黑奴。
萬曆十三年（1585年），葡萄牙在巴西殖民地還只有1.4萬名黑奴。
萬曆二十八年（1600年），葡萄牙在巴西殖民地的黑奴多達有15萬。
崇禎五年（1532年），也即葡萄牙在巴西建立第一個殖民點之後的100年，巴西地區的黑奴高達60萬。
被販賣而來的黑奴成了當地的主要勞動力。這些黑奴與土著奴隸一樣，大量死於天花，或被葡萄牙農場主殘酷折磨而死，他們終於也被迫發動了多次起義。
在黑奴的起義中，最著名的是萬曆二十八年（1600年），伯南布哥地區的黑人發動的“帕爾馬雷斯（Palmares）”起義。
葡萄牙人來到巴西東海岸前，沿海的圖皮人經常駕駛著獨木舟，穿過珊瑚礁的孔洞去捕魚，他們把這些孔洞稱為“Paranambuco”，意為“海中孔洞”。葡萄牙人來到巴西東海岸後，就把佔領的地方稱為伯南布哥（Pernambuco）。伯南布哥地區的大部分圖皮人被葡萄牙人殺死後，葡萄牙就從非洲運來了大批黑奴。很多黑奴忍受不了農場主的虐待、壓榨，紛紛逃入內陸的棕櫚樹叢林，建立了幾十個據點。這些據點稱為“逃奴堡”，比較大的有塔皮卡斯、蘇庫皮拉、馬卡科等。“逃奴堡”的黑人經常堡外的葡萄牙人農場主，解救農場裡的黑奴。萬曆二十八年，伯南布哥地區的“逃奴”為了抵禦葡萄牙殖民軍的進攻，成立了“帕爾馬雷斯”聯盟，在葡萄牙語中，“Palmares”是“棕櫚樹”的意思，因此“帕爾馬雷斯”聯盟也稱“棕櫚樹聯盟”。聯盟第一任執政者是甘加·祖巴（Ganga Zuba），他是一位來自非洲安哥拉（Angola）地區的黑奴。祖巴就任後，按照老家安哥拉的部落習俗，將土地分配給聯盟成員，讓他們種植莊稼。祖巴訓練了一支有1萬人的軍隊，實行耕戰結合，也經常與周邊的土著人部落聯合，與葡萄牙殖民軍戰鬥。由於聯盟內居民之間的關係平等，聯盟盟主又是民主選舉產生的，因此“帕爾馬雷斯聯盟”又往往被稱為“帕爾馬雷斯共和國”。
葡萄牙殖民當局對“帕爾馬雷斯”聯盟十分害怕，組織了幾次圍剿，都沒能剿滅他們。“帕爾馬雷斯”聯盟反而在戰鬥中不斷壯大，繳獲了不少火槍、火炮，以取代早前使用的木質、骨質弓箭和長矛，到了崇禎三年（1630年），聯盟的人口達到了3萬。
這一年，荷蘭進攻巴西東海岸，佔領了葡萄牙人建造的奧林達城、累西腓城。“帕爾馬雷斯”聯盟一開始與荷蘭人結盟，打擊伯南布哥地區的葡萄牙人的農場，也趁機吸收了更多的黑奴。不久，“帕爾馬雷斯”聯盟發現荷蘭人並不是來解救他們的，而是與葡萄牙人一樣來殖民的，於是他們又與荷蘭殖民軍作戰。一直到今天，“帕爾馬雷斯”聯盟的軍隊還在與荷蘭人作戰。
最先與葡萄牙人爭奪巴西殖民地的是法國人。
弘治十七年（1504年），也即在葡萄牙人卡拉布爾發現巴西后的第4年，一支原計劃去印度洋的法國艦隊也被風暴吹到了巴西東海岸。他們登陸後也發現了“巴西紅木”，然後裝滿紅木返回法國。此後，大批法國商人來到巴西，盜伐紅木。
葡萄牙人得知情況後，迅速做出反應，派出一直遠征隊來到巴西海岸巡邏，但巴西海岸實在太長，葡萄牙人的巡邏效果甚微。
法國人也迅速採取對策，一邊繼續派艦船侵擾巴西，一邊派出艦船在亞速爾（Azores）群島、直布羅陀（Gibraltar）海峽伏擊航行在大西洋的葡萄牙人船隻（也包括西班牙人的船隻），每年平均有50艘葡萄牙人的船隻被劫掠。當葡萄牙駐法國大使向法國國王提出抗議時，法國國王弗朗西斯一世（Fran?ois I）聲稱那不是法國軍隊所為，而是海盜乾的。
正德十四年（1519），西班牙查理五世繼承神聖羅馬帝國皇帝后，因法國人也經常劫掠西班牙人的艦船，隨即與法國開戰，戰爭前前後後持續了27年，直到嘉靖二十三年（1544年），查理五世的軍隊攻入法國，在羅馬教皇的斡旋下，戰爭才告結束。在這一階段，法國人因忙於與西班牙的戰爭，暫停了對巴西的襲擾
嘉靖二十六年（1547年），弗朗西斯一世去世，他的次子亨利二世繼任法國國王。亨利二世繼位後，再次派艦船進攻巴西。
嘉靖二十八年（1549年），法國人進攻巴西的薩爾瓦多城；
嘉靖三十年（1551年），法國人進攻巴西的維拉鎮；
嘉靖三十四年（1555年），法國海軍軍官尼古拉斯·杜蘭·德·維勒加農（Nicolas Durand de Villegaignon）帶領了600多名戰士和殖民者，來到了里約熱內盧，在這裡建立了第一個法國人的殖民地，名為“法蘭西·昂塔爾克蒂克（France Antarctique）”。法語“Antarctique”是“地球最南端的大陸”（注：今指南極洲），“法蘭西·昂塔爾克蒂克”就是“法國最南端領土”之意。直到嘉靖四十四年（1565年），佔據里約熱內盧的法國人才被葡萄牙人趕了出去。此後的30多年，法國人沒有在染指葡萄牙人在巴西的殖民地。
萬曆三十一年（1603年），法國人捲土重來，佔領了巴西的“新里斯本城”，9年後（1612年）才被葡萄牙人趕了出去。
萬曆四十年（1612年），法國人被趕出馬蘭瓜皮尼奧河口的“新里斯本城”後，轉而來到了聖路易斯島，建造了“聖路易斯城”。三年後，葡萄牙人把法國人趕出了聖路易斯島。
法國人在與葡萄牙人爭奪巴西殖民地的同時，開始佔領蓋亞那地區。
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