在佩滕伊察人首領坎·利瑪與郭驍勇洽談建國事宜時，巴喬國、達沃國聯軍沿著北海岸向東進入宏都拉斯地區（Honduras），蘇祿國、馬京達瑙國聯軍從中部向東進入宏都拉斯地區，德爾納特國、蒲端國、桑吉爾國聯軍沿著南海岸向東進入薩爾瓦多地區（Salvador）。
宏都拉斯地區的原住民主要是倫卡人（Lenca），薩爾瓦多地區的原住民主要是皮皮爾人。倫卡人的文化介於瑪雅人和東部的庫納人（Cuna）之間，而皮皮爾人屬於瑪雅人。嘉靖三年（1524年），科爾特斯率西班牙軍隊橫穿尤卡坦半島，征服了宏都拉斯；佩德羅·德·阿爾瓦拉多在卡克奇克爾人的帶領下，征服了薩爾瓦多地區。嘉靖十六年（1537年）——嘉靖十八年（1539年），宏都拉斯境內的印第安人發動了反抗西班牙人統治的起義，但被西班牙人殘酷鎮0壓。西班牙人平定土著人的起義後，將宏都拉斯劃歸瓜地馬拉都督區管轄。
科爾特斯征服了宏都拉斯後，在烏盧阿河（Río Ulua）河口以上5公里的地方建城，取名為“科爾特斯城”（注：宏都拉斯獨立後，於1869年將科爾特斯城遷至現址，為宏都拉斯第一大港）。科爾特斯在建“科爾特斯城”時，他的親信弗朗西斯科·德·拉斯·卡薩斯（Francesco de las Casas）在宏都拉斯北海岸建造了特魯希略港（Trujillo），他的另一個親信吉爾·岡薩雷斯·達維拉（Gil Gonzalez Dávila）在北海岸邊建造的聖吉爾·德·布埃納·維斯塔鎮（San Gil de Buena Vista。今稱阿爾迪·布埃納·維斯塔（Aldea Buena Vista））。
嘉靖五年（1526年），弗朗西斯科·德·拉斯·卡薩斯與吉爾·岡薩雷斯·達維拉在埃爾皮塔爾山（El Pital）西北麓建造了“埃爾阿西斯滕特城（El Asistente）”。由於土著人稱該地為“奧科特佩特爾（Ocotepetl）”，意為“遍佈引火松的山上”，後來就改名為“奧科特佩克（Ocotepeque）”。
嘉靖九年（1530年），西班牙人在宏都拉斯高原東部的瓜亞佩河（Rio Guayape，為帕圖卡河的支流）畔發現了砂金礦，就建造了胡蒂卡爾帕城（Juticalpa），土著語為“飯豆之地”（注：今宏都拉斯還在胡蒂卡爾帕城周邊的山谷裡開採砂金礦）。
嘉靖十四年（1535年），西班牙殖民者克里斯托瓦爾·德·拉奎瓦（Cristobal de la Cueva）在南海岸豐塞卡灣（Gulf of Fonseca）北岸建造了城市，因居民大多來自墨西哥普埃布拉地區喬盧拉的特拉斯卡拉人，便將城市命名為“赫雷斯·德·拉弗隆特拉·喬盧特卡城（Villa de Jerez de la Frontera de la Choluteca）”，簡稱“喬盧特卡城”。同年，喬盧特卡城附近的土著人查帕拉斯蒂克部落（Chaparastik）厭倦了戰爭，決定與特拉斯卡拉人和解，並建造了“納卡-奧梅鎮（Naca-Ome）”，意為“兩塊肉的融合”。不久“納卡-奧梅鎮”改名為“納考梅鎮（Nacaome）”。
嘉靖十五年（1536年），佩德羅·德·阿爾瓦拉多在“科爾特斯城”西南約50公里的地方建“聖佩德羅·德·卡瓦略港（San Pedro de Puerto Caballos）”。嘉靖十九年（1540年），西班牙人在聖佩德羅·德·卡瓦略港附近發現了金礦，就於次年將城名改為“聖佩德羅蘇拉城（Villa de San Pedro Sula）”。佩德羅·德·阿爾瓦拉多在建造“聖佩德羅·德·卡瓦略港”時，他的堂弟貢薩洛·德·阿爾瓦拉多·查韋斯（Gonzalo de Alvarado y Chavez）在宏都拉斯與尼加拉瓜交界處的東北海岸科科河（Rio Coco）河口建“格拉西亞斯·阿迪奧斯港（Gracias a Dios）”，意為“感謝上帝”。
嘉靖十六年（1637年），西班牙殖民者阿隆索·德·卡塞雷斯（Alonso de Caceres）在宏都拉斯高原中部的“蒙塔納·洛斯科馬亞瓜山（Montana los Comayagua）”西麓建“聖瑪利亞·德·科馬亞瓜鎮（Santa Maria de Comayagua）”。6年後（1543年）改名為“巴利亞多利德·康普塞西翁·科馬亞瓜城鎮（Villa de Valladolid de Concepcion de Comayagua）”，簡稱“科馬亞瓜鎮”。
嘉靖十九年（1540年），西班牙人在特魯希略港附近發現了砂金礦，特魯希略港一下子又成了採礦小鎮。20年後（1560年），特魯希略港附近的砂金礦資源枯竭後，大量礦工撤離，特魯希略港又變成了小港口。
隆慶三年（1569年），西班牙人在北約90公里的地方發現了銀礦，因開採銀礦於萬曆六年（1578年）建造了“雷亞爾比亞·聖米格爾·德·特古西加爾巴城（Real Villa de San Miguel de Tegucigalpa）”，土著語“Tegucigalpa”為“銀山”之意（注：今特古西加爾巴城為宏都拉斯的都城）。
萬曆三十二年（1604年），西班牙人在特古西加爾巴城西約116公里的地方發現了寶石礦（主要為蛋白石），就建造了埃蘭迪克鎮（Erandique）。
嘉靖三年（1524年），佩德羅·德·阿爾瓦拉多在卡克奇克爾人的帶領下，進入皮皮爾人的領地，佔領了皮皮爾人的西瓦特瓦坎城（Cihuatehuacan），皮皮爾人不得不向東退守首府庫斯卡坦城（Cuscatan）。庫斯卡坦城被西班牙人摧毀後，皮皮爾人被迫投降。次年，佩德羅·德·阿爾瓦拉多的堂弟貢薩洛·德·阿爾瓦拉多在庫斯卡坦的廢墟上重建了城市，命名為“聖薩爾瓦多城（San Salvador）”。
嘉靖九年（1530年），西班牙人在聖薩爾瓦多城東約115公里的地方建聖米格爾城（San Miguel），並將附近的火山稱為“聖米格爾火山”。不久在聖米格爾城東北約25公里的山谷裡發現了砂金礦，就建造了霍科羅鎮（Jocoro）。
嘉靖二十九年（1550年），西班牙人在聖薩爾瓦多城東北約65公里處建“森松特佩克城（Sensuntepeque）”，土著語意為“400座小山”，說明該城附近多山。
嘉靖三十一年（1552年），西班牙人在聖薩爾瓦多城西約56公里處建聖靈城（Villa of Sagrado Espiritu）。次年以流經該城的松索納特河將城市改名為“松索納特城（（Sonsonate）”。
隆慶三年（1569年），西班牙人將原皮皮爾人的西瓦特瓦坎城改名為“聖安娜城（Santa Ana）”，並將附近的火山改名為“聖安娜火山”。
崇禎八年（1635年），來自西班牙本土萊昂地區的50名農戶在聖薩爾瓦多城東約45公里的坦普斯克山中建起的一個村莊，村名為“聖維森特·德·洛倫薩納（San Vicente de Lorenzana）”，以紀念萊昂克勞迪奧修道院院長聖維森特神父。
七國聯軍摧毀了西班牙人在宏都拉斯、薩爾瓦多地區的勢力後，向東進入了尼加拉瓜地區。
早在弘治十五年（1502年），哥倫布就來到了尼加拉瓜的東海岸。嘉靖元年（1522年），西班牙人弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦斯（Francisco Hernandez de Cordobas，注：與發現尤卡坦半島的弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦幾乎同名）率100名西班牙人在東海岸登陸後，來到西部發現了到達尼加拉瓜湖（Lago Nicaragua），並佔領了土著人位於馬那瓜湖（Lago Managua）東南岸的馬那瓜村（今為尼加拉瓜都城）。
2年後（1524年），弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦斯征服了尼加拉瓜地區，在尼加拉瓜湖西北岸建格拉納達城（Granada），以紀念他的出生地。萬曆三十七年（1609年）被地震摧毀，次年重建。
弗朗西斯科·埃爾南德斯·德·科爾多瓦斯在建造格拉納達城的同時，也派人在馬那瓜湖（Lago Managua）的西北岸莫莫通博（Momotombo）火山腳下建城，以西班牙的萊昂城（Leon）命名。萬曆三十七年（1609年），尼加拉瓜發生大地震，萊昂城被地震摧毀。萬曆三十八年（1610年）西班牙人將萊昂城遷至距馬那瓜湖西北岸約30公里處。
嘉靖五年（1526年），西班牙人在尼加拉瓜湖東岸建“新哈恩城（Nueva Jaen）”，以紀念西班牙城市哈恩。1609年被地震摧毀，次年重建後命名為“聖卡洛斯城（San Carlos）”。
嘉靖二十二年（1543年），西班牙殖民者迪戈·德·卡斯塔涅達（Diego de Castaneda）在科科河（Rio Coco）西岸建造了“塞戈維亞城（Segovia）”，以當時尼加拉瓜都督羅德里戈·德·孔特雷拉斯（Rodrigo de Contreras）的家鄉塞戈維亞命名。塞戈維亞成了西班牙人在科科河畔的第一個西班牙人定居點。17世紀毀於地震後重建，改名為“別哈城（Ciudad Vieja）”（注：尼加拉瓜獨立後，改名為“維維利新塞戈維亞鎮（Wiwili de Nueva Segovia）”）。
隆慶四年（1570年），西班牙準備開鑿尼加拉瓜運河，但因資金不足被擱置。
萬曆三十九年（1611年），西班牙人在土著人奧科塔爾城（Ocotal，土著語為“松樹城”）東約15公里處建安蒂瓜城（Antigua）。
西班牙人佔領尼加拉瓜地區後，由於殖民重點都在南部、西部，加勒比海盜就經常劫掠尼加拉瓜東海岸。因東海岸居住的主要是印第安莫斯基託人（Mosquito），因此東海岸也稱莫斯基託海岸（也稱“米斯基託海岸”、“蚊子海岸”，包括宏都拉斯、哥斯大黎加的一部分東海岸），在長約500公里，寬約80公里的沿海低地生長著茂密的熱帶雨林。在莫斯基託海岸外有莫斯基託群島、馬伊斯（Maiz）群島，這二個海島成了海盜們的基地，遇到颶風時海盜們就來到莫斯基託海岸的海灣內避風，順便劫掠。
